meryl - ক্লাউডে অনলাইন

কার্যক্রম:

NAME এর

মেরিল - ইন- এবং আউট-অফ-কোর কিমার গণনা এবং ইউটিলিটি

সাইনোপিসিস

আনুমানিক হিসাব স্মৃতি প্রয়োজনীয়তা
মেরিল -P -m kmersize [-c #] [-p] -s seq.fasta

মেরিল -P -m kmersize [-c #] [-p] -n mercount

ভবন a টেবিল
মেরিল -B -m kmersize [-c #] [-p] [-v] [-f|-r|-C] [-L ক্ষুদ্রতা] [-U সর্বাধিক সংঘটন]
[- থ্রেড n | {-বিভাগ অংশ | -স্মৃতি মেগাবাইটে} [-configbatch [-sge কাজের নাম]]]
-s seq.fasta -o tblprefix

মেরিল -কাউন্টব্যাচ সংখ্যা [-sgebuild "qsuboptionstring"] -o tblprefix

মেরিল - মার্জব্যাচ সংখ্যা [-sgemerge "qsuboptionstring"] -o tblprefix

করণ অপারেশন on a টেবিল
মেরিল -M অপারেশন [-v] -s tblprefix [-s tblprefix2 ...] -o আউটপুট

ডাম্পিং a টেবিল
মেরিল -ধ -s tblprefix

মেরিল -Dt -n mincount -s tblprefix

বর্ণনাঃ

মেরিল জিনোমিক সিকোয়েন্সের কিমার সামগ্রী গণনা করে। Kmer বিষয়বস্তু একটি হিসাবে উপস্থাপন করা হয়
কিমারদের তালিকা এবং প্রতিটি ইনপুট অনুক্রমে কতবার ঘটে। কিমার হতে পারে
শুধুমাত্র ফরোয়ার্ড কিমার, শুধুমাত্র বিপরীত কিমার বা ক্যানোনিকাল কিমারের মধ্যে সীমাবদ্ধ
(প্রতিটি অবস্থানে আভিধানিকভাবে ফরোয়ার্ড এবং বিপরীত কিমার থেকে ছোট)। Meryl পারেন
হিস্টোগ্রাম অফ হিস্টোগ্রাম, কিমারদের তালিকা এবং তাদের গণনা, বা সম্পাদন করতে পারে
প্রক্রিয়াকৃত ডেটা ফাইলগুলিতে গাণিতিক এবং সেট অপারেশন।

এর আউটপুট মেরিল দুটি বাইনারি ফাইল, যাকে মেরিল ডাটাবেস বলা হয়, যা দ্রুত হতে পারে
গণনার হিস্টোগ্রাম, বা প্রকৃত গণনা প্রদান করতে ডাম্প করা হয়। একটি C++ লাইব্রেরি সরবরাহ করা হয়
ফাইলগুলিতে সরাসরি অ্যাক্সেসের জন্য।

বিকল্প

-P মেমরি প্রয়োজনীয়তা অনুমান. একটি ক্রম ফাইল দেওয়া হয়েছে (-s) বা উপর একটি উচ্চ সীমা
ফাইলে মার্সের সংখ্যা (-n), টেবিলের আকার গণনা করুন (-t নির্মাণে) ছোট করতে
মেমরি ব্যবহার। এই মোডটি নিম্নলিখিত বিকল্পগুলিকে স্বীকৃতি দেয়:

-m # একটি মের আকার (প্রয়োজনীয়)

-c # হোমোপলিমার কম্প্রেশন (ঐচ্ছিক)

-p অবস্থান সক্রিয় করুন

-s seq.fasta
মার্সের সংখ্যা নির্ধারণ করতে সিকোয়েন্স ফাইল স্ক্যান করতে হবে

-n # কম্পিউট প্যারামস অনুমান ফাইল এই অনেক mers সঙ্গে

শুধুমাত্র একটি -s, -n নির্দিষ্ট করা প্রয়োজন। যদি উভয়ই দেওয়া হয়, -s অগ্রাধিকার নেয়।

-B একটি সিকোয়েন্স ফাইল দেওয়া মের-কাউন্ট টেবিলগুলি গণনা করুন (-s) এবং প্রচুর পরামিতি। দ্বারা
ডিফল্ট, উভয় strands প্রক্রিয়া করা হয়.

-f শুধুমাত্র ফরোয়ার্ড স্ট্র্যান্ড জন্য নির্মাণ

-r শুধুমাত্র বিপরীত স্ট্র্যান্ড জন্য নির্মাণ

-C ক্যানোনিকাল মার্স ব্যবহার করুন (উভয় স্ট্র্যান্ড ধরে নেয়)

-L # # বারের কম ঘটে এমন মারস সংরক্ষণ করবেন না

-U # # বারের বেশি ঘটতে থাকা মারস সংরক্ষণ করবেন না

-m # একটি মের আকার (প্রয়োজনীয়)

-c # হোমোপলিমার কম্প্রেশন (ঐচ্ছিক)

-p অবস্থান সক্রিয় করুন

-s seq.fasta
জন্য টেবিল নির্মাণের ক্রম

-o tblprefix
আউটপুট টেবিল উপসর্গ

-v ব্যবহারকারীকে বিনোদন দিন

সার্জারির মেরিল প্রক্রিয়া একটি বড় মেমরি ব্যাচে চলতে পারে, অনেক ছোট মেমরি ব্যাচে,
অথবা SGE নিয়ন্ত্রণের অধীনে, সমস্তই একাধিক CPU কোর ব্যবহার করে বা ছাড়া। গতানুগতিক,
গণনা একটি বড় অনুক্রমিক প্রক্রিয়া হিসাবে সম্পন্ন করা হয়. মাল্টি-থ্রেডেড অপারেশন
সম্ভব, অতিরিক্ত মেমরি খরচে, যেমন সেগমেন্টেড অপারেশন, অতিরিক্ত
I/O খরচ।

সগুণ অপারেশন
গণনাকে n-এ প্রায় সমান আকারের টুকরোগুলিতে ভাগ করুন। এটি একটি অতিরিক্ত ব্যবহার করে
h MB (থেকে -P) থ্রেড প্রতি।

- থ্রেড n
ব্যবহার n থ্রেড নির্মাণ করতে

বিভক্ত, অনুক্রমিক অপারেশন
গণনাকে টুকরো টুকরো করে বিভক্ত করুন যা m MB এর বেশি হবে না
মেমরি, বা n সমান আকারের টুকরা মধ্যে. প্রতিটি টুকরা ক্রমানুসারে গণনা করা হয়,
এবং ফলাফল শেষে একত্রিত করা হয়. শুধুমাত্র একটি -স্মৃতি এবং -বিভাগ is
প্রয়োজন ছিল।

-স্মৃতি m
সর্বাধিক ব্যবহার m প্রতি সেগমেন্টে মেমরির MB

-বিভাগ n
ব্যবহার n অংশ

বিভক্ত, ব্যাচড অপারেশন
অনুক্রমিক হিসাবে একই, এটি ব্যতীত প্রতিটি সেগমেন্টকে ম্যানুয়ালি চালানোর অনুমতি দেয়
সমান্তরাল. শুধুমাত্র একটি -স্মৃতি এবং -বিভাগ প্রয়োজন হয়. এছাড়াও দেখুন
EXAMPLE টি এই পৃষ্ঠায় বিভাগ।

-স্মৃতি m
সর্বাধিক ব্যবহার m প্রতি সেগমেন্টে মেমরির MB

-বিভাগ n
ব্যবহার n অংশ

-configbatch
ব্যাচ তৈরি করুন

-কাউন্টব্যাচ n
ব্যাচ নম্বর চালান n

- মার্জব্যাচ
ব্যাচগুলি একত্রিত করুন

ব্যাচড মোড গ্রিডে চলতে পারে।

-sge কাজের নাম
এই নির্বাহের জন্য অনন্য কাজের নাম। Meryl নাম সহ চাকরি জমা দেবে
mpকাজের নাম, ncকাজের নাম, nmকাজের নাম, পর্যায়গুলির জন্য প্রস্তুত করুন, গণনা করুন এবং একত্রিত করুন।

-sgebuild "বিকল্প"

-sgemerge "বিকল্প"
কোন অতিরিক্ত বিকল্প qsub(1) (যেমন, "-পৃ -153 -পিই থ্রেড 2 -A
merylaccount") NB - -N উপেক্ষা করা হবে NB - উদ্ধৃত করতে ভুলবেন না
অপশন

-M টেবিলের একটি তালিকা দেওয়া, একটি গণিত, লজিক্যাল বা থ্রেশহোল্ড অপারেশন সঞ্চালন. যদি না
নির্দিষ্ট করা হয়েছে, সমস্ত অপারেশন যেকোনো সংখ্যক ডাটাবেস নেয়। গণিত অপারেশন হল:

মিনিট গণনা হল সমস্ত ডাটাবেসের জন্য সর্বনিম্ন গণনা। যদি মের বিদ্যমান না থাকে
সমস্ত ডেটাবেস, মের একটি শূন্য গণনা আছে, এবং আউটপুটে নেই।

minexist
গণনা হল মের ধারণ করা সমস্ত ডাটাবেসের জন্য সর্বনিম্ন গণনা

সর্বোচ্চ গণনা হল সমস্ত ডাটাবেসের জন্য সর্বাধিক গণনা

যোগ গণনা হল সমস্ত ডাটাবেসের জন্য গণনার সমষ্টি

উপ গণনা হল প্রথম বিয়োগ দ্বিতীয় (শুধুমাত্র বাইনারি)

ABS গণনা হল প্রথম বিয়োগের পরম মান দ্বিতীয় (শুধুমাত্র বাইনারি)

লজিক্যাল অপারেশন হল:

এবং আউটপুট mer যদি এটি সমস্ত ডাটাবেসে বিদ্যমান থাকে

নন্দ আউটপুট mer যদি এটি অন্তত একটি, কিন্তু সব ডাটাবেস মধ্যে বিদ্যমান আছে

or এটা অন্তত একটি ডাটাবেসে বিদ্যমান থাকলে mer আউটপুট

XOR এটি একটি বিজোড় সংখ্যক ডাটাবেসে বিদ্যমান থাকলে তা আউটপুট করে

থ্রেশহোল্ড অপারেশন হল:

কম x
আউটপুট mer IF এটা গণনা < x আছে

তুলনামূলক কম x
আউটপুট mer iff এটা আছে গণনা <= x

অপেক্ষা বৃহত্তর x
আউটপুট mer যদি এটা গণনা আছে > x

বৃহত্তর অথবা সমান x
আউটপুট mer যদি এটা গণনা আছে >= x

সমান x
আউটপুট mer iff এটা আছে count == x

থ্রেশহোল্ড অপারেশন ঠিক একটি ডাটাবেসে কাজ করে।

-s tblprefix
ব্যবহার tblprefix একটি ডাটাবেস হিসাবে

-o tblprefix
এই আউটপুট তৈরি করুন

-v ব্যবহারকারীকে বিনোদন দিন

-D ডাম্প টেবিল (এই সব কাজ করে না)

-ডিডি একই মার্সের মধ্যে দূরত্বের একটি হিস্টোগ্রাম ডাম্প করুন।

-Dt ডাম্প Mers >= একটি প্রান্তিক. ব্যবহার করুন -n থ্রেশহোল্ড নির্দিষ্ট করতে।

-ডিসি Mers সংখ্যা গণনা, স্বতন্ত্র Mers এবং অনন্য Mers.

-ধ mer গণনার একটি হিস্টোগ্রাম ডাম্প করুন (stdout থেকে)।

-s এখান থেকে গণনা টেবিলটি পড়ুন (.mcdat বা .mcidx ছেড়ে দিন)।

EXAMPLE টি

দল সৃষ্টি of a টেবিল
দিয়ে গণনা শুরু করুন -configbatch, যার জন্য সমস্ত বিল্ড বিকল্প প্রয়োজন। সব চালানো
-কাউন্টব্যাচ চাকরি, তারপর - মার্জব্যাচ শেষ করতে.

মেরিল -configbatch -B [বিকল্প] -o ফাইল
মেরিল -কাউন্টব্যাচ 0 -o ফাইল
মেরিল -কাউন্টব্যাচ 1 -o ফাইল
...
মেরিল -কাউন্টব্যাচ N -o ফাইল
মেরিল - মার্জব্যাচ N -o ফাইল

onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে মেরিল ব্যবহার করুন