পটি - ক্লাউডে অনলাইন

কার্যক্রম:

NAME এর

পটি - Raster3D আণবিক গ্রাফিক্স প্যাকেজ রিবন-ড্রয়ার

সাইনোপিসিস

"ফিতা" [-h] [-d[0123456]] pdbfile
or
"ফিতা" [-h] -d[0123456] - (stdin থেকে PDB রেকর্ড নিতে)

ফিতামত একটি PDB স্থানাঙ্ক ফাইল পড়ে এবং রাস্টার3D ধারণকারী stdout-এ একটি ফাইল তৈরি করে
একটি ত্রিভুজাকার জাল থেকে নির্মিত একটি ফিতার উপস্থাপনার জন্য বর্ণনাকারী রেকর্ড। দ্য
দ্বারা উত্পাদিত ফাইল ফিতামত সরাসরি খাওয়ানো যেতে পারে পারিশ্রমিক প্রদান করা অথবা এর সাথে মিলিত হতে পারে
অন্যান্য Raster3D ইউটিলিটি দ্বারা উত্পাদিত বর্ণনাকারী ফাইল।

উদাহরণ

সম্পূর্ণ প্রোটিন চেইনটিকে নীল থেকে মসৃণভাবে রঙ করা একটি একক ফিতা হিসাবে বর্ণনা করতে
C-টার্মিনাসে N-টার্মিনাস লাল থেকে লাল:

পটি -d2 protein.pdb | রেন্ডার > chain_picture.png

প্রতিটি চেইনের জন্য নির্দিষ্ট রঙ সহ একটি মাল্টি-চেইন প্রোটিন রঙ করতে:

cat chaincolors.pdb protein.pdb | পটি -d5 -> chains.r3d

বিকল্প

-h

আউটপুটে হেডার রেকর্ড দমন করুন। গতানুগতিক ফিতামত একটি আউটপুট ফাইল তৈরি করবে যা
স্কেলিং এবং প্রক্রিয়াকরণ বিকল্পগুলির একটি ডিফল্ট সেট ধারণকারী হেডার রেকর্ড দিয়ে শুরু হয়।
সার্জারির -h ফ্ল্যাগ এই হেডার রেকর্ডগুলিকে দমন করবে যাতে আউটপুট ফাইলটি কেবলমাত্র থাকে
ত্রিভুজ বর্ণনাকারী। এই বিকল্পটি শুধুমাত্র অংশ বর্ণনা করে এমন ফাইল তৈরির জন্য উপযোগী
একটি দৃশ্যের, এবং যা পরে অন্যদের দ্বারা উত্পাদিত বর্ণনাকারী ফাইলের সাথে একত্রিত করা হবে
প্রোগ্রাম।

-d[0123456]

গতানুগতিক ফিতামত ফিতা পরামিতি এবং রঙ নির্বাচন করতে ইন্টারেক্টিভ ইনপুট প্রয়োজন
তথ্য পাঁচটি ডিফল্ট রঙের স্কিম বাস্তবায়িত হয়, তবে, এবং এটি হতে পারে
কোনো ইন্টারেক্টিভ ইনপুট বাইপাস করার জন্য একটি কমান্ড লাইন বিকল্প হিসেবে নির্বাচিত।

-d বা -d0 নীচে -d2 এর মতো

-d1 কঠিন রঙের ফিতা (ডিফল্ট থেকে নীল)

N-টার্মিনাসে নীল থেকে C-টার্মিনাসে লাল পর্যন্ত -d2 শেড

-d3 ফিতার একটি পৃষ্ঠ নীল, অন্য পৃষ্ঠটি ধূসর

-d4 শেড সামনের পৃষ্ঠ নীল থেকে লাল, পিছনের পৃষ্ঠটি ধূসর

ধারাবাহিক রঙের কার্ড ব্যবহার করে -d5 রঙের আলাদা চেইন
ইনপুট স্ট্রীম থেকে। মনে রাখবেন যে রঙের রেকর্ডে প্যাটার্ন ম্যাচিং _not_ করা হয়েছে;
নতুন চেইনের সম্মুখীন হওয়ার সাথে সাথে রঙগুলি ক্রমানুসারে নেওয়া হয়।

-d6 নিকটতম CA পরমাণু দ্বারা রঙ যেমন রঙ থেকে নেওয়া হয়েছে
ইনপুট ফাইলের মাথায় রেকর্ড

বর্ণনাঃ

ইনপুট ফিতামত রঙের তথ্য ধারণকারী একটি একক পাঠ্য ফাইল গঠিত
[ঐচ্ছিক] এবং PDB ডেটা ব্যাঙ্ক বিন্যাসে পারমাণবিক স্থানাঙ্ক। শুধুমাত্র CA এবং কার্বনিল O পরমাণু
রেকর্ড প্রয়োজন; অন্য সব ইনপুট পরমাণু উপেক্ষা করা হয়. ফিতা পরামিতি এবং রং
প্রোগ্রাম চালানো হলে ইন্টারেক্টিভভাবে নির্দিষ্ট করা হয়। কীবোর্ড মিথস্ক্রিয়া দ্বারা বাইপাস হতে পারে
-d পতাকা ব্যবহার করে একটি ডিফল্ট রঙের স্কিম নির্বাচন করা। একটি ত্রিভুজাকার জাল
Raster3D বর্ণনাকারী রেকর্ড হিসাবে ফিতা আউটপুট হয়. ডিফল্টরূপে আউটপুট ফাইলে a থাকে
দ্বারা প্রয়োজনীয় হেডার রেকর্ডের সেট পারিশ্রমিক প্রদান করা কার্যক্রম. শিরোনাম নির্মাণ করা হয়
ফাইলে থাকা রূপান্তর ম্যাট্রিক্সের সাথে সম্পর্কিত একটি TMAT ম্যাট্রিক্স অন্তর্ভুক্ত করুন
setup.matrix (যদি এটি বিদ্যমান থাকে), বা ফাইলে থাকা ইউলারিয়ান কোণগুলিতে setup.angles (যদি
এটি বিদ্যমান).

ফিতামত প্রোটিন মেরুদণ্ডের একটি অবিচ্ছিন্ন মসৃণ ট্রেস তৈরি করে। আরো জটিল জন্য
প্রোটিন গৌণ কাঠামোর উপস্থাপনা একটি ভিন্ন প্রোগ্রাম ব্যবহার করা ভাল,
যেমন MOLSCRIPT, পরিবর্তে ফিতামত.

পরিবেশ

ফাইল setup.matrix এবং setup.angles, যদি তারা বিদ্যমান থাকে, উত্পাদিত হেডার রেকর্ডগুলিকে প্রভাবিত করে
by ফিতামত.

উৎস

নামবিহীন FTP ওয়েবসাইট:
ftp.bmsc.washington.edu

ওয়েব URL টি:
http://www.bmsc.washington.edu/raster3d/raster3d.html

যোগাযোগ:
ইথান এ মেরিট
ওয়াশিংটন বিশ্ববিদ্যালয়, সিয়াটেল WA 98195
[ইমেল সুরক্ষিত]

onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে রিবন ব্যবহার করুন