স্ক্র্যাম্বল - ক্লাউডে অনলাইন

কার্যক্রম:

NAME এর

হামাগুড়ি দিয়া আরোহণ - SAM, BAM এবং CRAM ফাইল ফরম্যাটের মধ্যে রূপান্তর করে।

সাইনোপিসিস

হামাগুড়ি দিয়া আরোহণ [অপশন] [ইনপুট ফাইল [আউটপুট ফাইল]]

বর্ণনাঃ

হামাগুড়ি দিয়া আরোহণ বিভিন্ন পরবর্তী-জেন সিকোয়েন্সিং অ্যালাইনমেন্ট ফাইল ফরম্যাটের মধ্যে রূপান্তর করে, সহ
SAM, BAM এবং CRAM। এটি হয় একটি পাইপ রিডিং stdin এবং stdout-এ লেখার মতো কাজ করতে পারে, অথবা অন
নামযুক্ত ফাইল।

পাইপ হিসাবে কাজ করার সময় ইনপুট টাইপ SAM বা BAM-তে ডিফল্ট হয়, যার প্রয়োজন হয় -I ঠুসা
ইনপুট নির্দেশ করার বিকল্পটি CRAM বিন্যাসে উপযুক্ত। আউটপুট ডিফল্ট BAM, কিন্তু
ব্যবহার করে সামঞ্জস্য করা যেতে পারে -O বিন্যাস বিকল্প ফাইলের নাম দেওয়া হলে ফাইলের ধরন হয়
ফাইলের নাম প্রত্যয়ের উপর ভিত্তি করে স্বয়ংক্রিয়ভাবে নির্বাচিত।

বিকল্প

-I বিন্যাস
ইনপুট বিন্যাস নির্বাচন করে, যেখানে বিন্যাস স্যাম, ব্যাম বা ক্র্যামের মধ্যে একটি। এই যখন ব্যবহার করুন
যদি সনাক্ত করার চেষ্টা করার সময় ইনপুট বাইট গ্রাস করা এড়াতে একটি পাইপের মাধ্যমে পড়া
ইনপুট SAM বা BAM ফরম্যাটে আছে।

-O বিন্যাস
আউটপুট বিন্যাস নির্বাচন করে, যেখানে বিন্যাস স্যাম, ব্যাম বা ক্র্যামের মধ্যে একটি।

-1 থেকে -9
কম্প্রেশন লেভেল 1 (কম কম্প্রেশন, দ্রুত) থেকে 9 (উচ্চ কম্প্রেশন,
ধীরে) BAM বা CRAM বিন্যাসে লেখার সময়। এটি শুধুমাত্র লেখার সময় ব্যবহার করা হয়।

-0 or -u
সংকুচিত ডেটা লেখে। BAM-এ এটি এখনও BGZF কন্টেইনার ব্যবহার করে, কিন্তু নেই
অভ্যন্তরীণ কম্প্রেশন। CRAM-এ এটি পরিবর্তে RAW ফরম্যাটে ব্লক সংরক্ষণ করে। ইচ্ছা
SAM আউটপুটে কোন প্রভাব নেই।

-j শুধুমাত্র CRAM এনকোডিং। সম্ভাব্যভাবে ব্যবহৃত কম্প্রেশন কোডের তালিকায় bzip2 যোগ করুন
CRAM তৈরির সময়।

-Z শুধুমাত্র CRAM এনকোডিং। সম্ভাব্যভাবে ব্যবহৃত কম্প্রেশন কোডের তালিকায় lzma যোগ করুন
CRAM তৈরির সময়। Lzma এর ধীর সংকোচন গতি দেওয়া, এটি শুধুমাত্র হতে পারে
ব্যবহার করা হয় যেখানে এটি zlib বা bzip2 এর তুলনায় একটি উল্লেখযোগ্য সুবিধা দেয়, কিন্তু উচ্চতর
কম্প্রেশন মাত্রা (-7) এই ওজনকে উপেক্ষা করা হয় কারণ LZMA ডিকম্প্রেশন গতি
গ্রহণযোগ্য, যদিও এখনও zlib এর চেয়ে ধীর।

-m শুধুমাত্র CRAM ডিকোডিং। MD:Z: এবং NM:I: এর উপর ভিত্তি করে সহায়ক ক্ষেত্র তৈরি করুন
রেফারেন্স-ভিত্তিক কম্প্রেশন।

-M শুধুমাত্র CRAM এনকোডিং। জোর করে একাধিক রেফারেন্স থেকে একই মধ্যে ক্রম প্যাক
টুকরা একটি রেফারেন্স থেকে পরিবর্তন করার সময় সাধারণত CRAM একটি নতুন স্লাইস শুরু করবে
অন্য, কিন্তু এখনও স্বয়ংক্রিয়ভাবে বহু-রেফারেন্স স্লাইসে স্যুইচ হবে যদি
প্রতি স্লাইস ক্রম সংখ্যা খুব ছোট হয়ে যায়.

-R পরিসর
বর্তমানে শুধুমাত্র CRAM ইনপুটের জন্য, কিন্তু SAM/BAM সমর্থন মুলতুবি আছে। এটি একটি নির্দেশ করে
রেফারেন্স সিকোয়েন্স নাম এবং ঐচ্ছিকভাবে এর মধ্যে একটি শুরু এবং শেষ অবস্থান
রেফারেন্স, সিনট্যাক্স ব্যবহার করে ref_name or ref_name:শুরু-শেষ. দক্ষ অপারেশন জন্য
CRAM ফাইলের একটি .crai ফরম্যাট সূচক প্রয়োজন (এটি ব্যবহার করে নির্মিত cram_index কার্যক্রম).

-r ref.fa
শুধুমাত্র CRAM এনকোডিং। রেফারেন্স ফাস্টা ফাইলটি নির্দিষ্ট করতে এটি ব্যবহার করুন। উল্লেখ্য যে যদি
ইনপুট SAM বা BAM ফাইল a ফাইল: অথবা স্থানীয় ফাইল সিস্টেম ভিত্তিক URI-তে উল্লেখ করা হয়েছে
@SQ হেডার তাহলে এই বিকল্পটি প্রয়োজনীয় নাও হতে পারে।

-s সংখ্যা
শুধুমাত্র CRAM এনকোডিং। স্লাইস প্রতি অনুক্রমের সংখ্যা নির্দিষ্ট করে। ডিফল্ট থেকে
10000.

-S সংখ্যা
শুধুমাত্র CRAM এনকোডিং। প্রতি পাত্রে স্লাইসের সংখ্যা নির্দিষ্ট করে। ডিফল্ট 1.

-t শুধুমাত্র BAM এবং CRAM। কম্প্রেশন বা ডিকম্প্রেশন থ্রেডের সংখ্যা নির্দিষ্ট করে,
এনকোডিং এবং ডিকোডিং উভয়ের মধ্যে অভিযোজিতভাবে ভাগ করা হয়েছে। ডিফল্ট 1 (নং
থ্রেডিং)।

-V সংস্করণ_স্ট্রিং
শুধুমাত্র CRAM এনকোডিং। CRAM ফাইল ফরম্যাট সংস্করণ সেট করে। সমর্থিত মান হল "2.0",
"2.1" এবং "3.0"।

-e শুধুমাত্র CRAM এনকোডিং। প্রতিটি স্লাইসে রেফারেন্স সিকোয়েন্সের স্নিপেট এম্বেড করুন। এই
মানে রেফারেন্স ফাস্টা ফাইল নির্দিষ্ট করার প্রয়োজন ছাড়াই ফাইলগুলি ডিকোড করা যেতে পারে।

-x শুধুমাত্র CRAM এনকোডিং। রেফারেন্স ভিত্তিক কম্প্রেশন বাদ দিন এবং এর পরিবর্তে এর বিবরণ সংরক্ষণ করুন
প্রতিটি ভিত্তি শব্দচয়ন.

-B পরীক্ষামূলক, শুধুমাত্র এনকোডিং। মানের মান সংরক্ষণ করার সময়, 8 বিযুক্ত করুন
মান (প্লাস 0), যেমনটি সাধারণত আধুনিক ইলুমিনা যন্ত্র দ্বারা ব্যবহৃত হয়। (উল্লেখ্য যে
বিনগুলি সঠিকভাবে একই পরিসর নাও হতে পারে।)

-! CRAM v3.0 এবং তার উপরে শুধুমাত্র ডিকোডিং। সিআরসি চেক করবেন না। এই বিকল্পটি শুধুমাত্র হওয়া উচিত
ডেটা দুর্নীতি থেকে পুনরুদ্ধার করার চেষ্টা করার সময় ব্যবহৃত হয়।

উদাহরণ

রেফারেন্স MT.fa ব্যবহার করে stdout-এ একটি BAM ফাইল stdin থেকে CRAM-তে রূপান্তর করতে।

কিছু_আদেশ | scramble -I bam -O cram -r MT.fa | কিছু_আদেশ

ডিফল্ট CRAM আউটপুট ফর্ম্যাট সংস্করণ 3.0, তাই কখন কোন সংস্করণ নির্দিষ্ট করার প্রয়োজন নেই
2.1 থেকে 3.0 এ রূপান্তর করা হচ্ছে। বিপরীত ব্যবহার সম্পাদন করতে:

scramble -V 2.1 in.cram out.cram

onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে স্ক্র্যাম্বল ব্যবহার করুন