এই কমান্ড sirnae যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
sirna - mRNA-তে siRNA ডুপ্লেক্স খুঁজে পায়
সাইনোপিসিস
সিরনা -ক্রম seqall [-পলি বুলিয়ান] [-আ বুলিয়ান] [-tt বুলিয়ান] [-পলিবেস বুলিয়ান]
-আউটফাইল রিপোর্ট -আউটসেক seqoutall [-প্রসঙ্গ বুলিয়ান]
সিরনা -হেল্প
বর্ণনাঃ
সিরনা এটি EMBOSS ("ইউরোপীয় মলিকুলার বায়োলজি ওপেন সফটওয়্যার) থেকে একটি কমান্ড লাইন প্রোগ্রাম
সুইট"). এটি "নিউক্লিক: কার্যকরী সাইট, নিউক্লিক: 2D কাঠামো" কমান্ডের অংশ
দল(গুলি)।
বিকল্প
ইনপুট অধ্যায়
-ক্রম seqall
ক্রম ইনপুট অপশন
-পলি বুলিয়ান
এই বিকল্পটি আপনাকে শুধুমাত্র 21টি বেস প্রোব নির্বাচন করতে দেয় যা একটি পিউরিন দিয়ে শুরু হয় এবং
তাই Pol III এক্সপ্রেশন ভেক্টর থেকে প্রকাশ করা যেতে পারে। এই হল NARN(17)YNN প্যাটার্ন
যে Tuschl et al দ্বারা প্রস্তাবিত হয়েছে. ডিফল্ট মান: N
-আ বুলিয়ান
এই বিকল্পটি আপনাকে শুধুমাত্র 23টি বেস অঞ্চল নির্বাচন করতে দেয় যা AA দিয়ে শুরু হয়। যদি
এই বিকল্পটি নির্বাচিত না হলে AA দিয়ে শুরু হওয়া অঞ্চলগুলি প্রদানের পক্ষপাতী হবে৷
তাদের একটি উচ্চ স্কোর, কিন্তু যে অঞ্চলগুলি AA দিয়ে শুরু হয় না সেগুলিও রিপোর্ট করা হবে।
ডিফল্ট মান: N
-tt বুলিয়ান
এই বিকল্পটি আপনাকে শুধুমাত্র সেই 23টি বেস অঞ্চল নির্বাচন করতে দেয় যা TT দিয়ে শেষ হয়। এই যদি
বিকল্পটি নির্বাচন করা হয় না, তাহলে TT দিয়ে শেষ হওয়া অঞ্চলগুলিকে একটি দিয়ে পছন্দ করা হবে
উচ্চ স্কোর, কিন্তু যে অঞ্চলে TT দিয়ে শেষ হয় না সেগুলিও রিপোর্ট করা হবে। ডিফল্ট
মান: এন
-পলিবেস বুলিয়ান
যদি এই বিকল্পটি FALSE হয় তবে কেবলমাত্র সেই 23টি বেস অঞ্চল যেখানে 4 বা এর পুনরাবৃত্তি নেই
একটি সারিতে কোনো ঘাঁটি আরো রিপোর্ট করা হবে. কোন অঞ্চলে যে রিপোর্ট করা হবে না
একটি সারিতে 4 বা তার বেশি G আছে। ডিফল্ট মান: Y
আউটপুট অধ্যায়
-আউটফাইল রিপোর্ট
আউটপুট হল 21 বেস siRNA ডুপ্লেক্সের সামনের এবং বিপরীত অংশগুলির একটি টেবিল।
ফরোয়ার্ড এবং রিভার্স উভয় ক্রমই 5' থেকে 3' লেখা হয়, অর্ডার করার জন্য প্রস্তুত। দ্য
শেষ দুটি ঘাঁটি 'dTdT' দ্বারা প্রতিস্থাপিত হয়েছে। 23 বেসের শুরুর অবস্থান
অঞ্চল এবং %GC বিষয়বস্তুও দেওয়া আছে। আপনি যদি সম্পূর্ণ 23 বেস দেখতে চান
ক্রম, তারপর হয় অন্য আউটপুট ফাইলের ক্রম দেখুন, অথবা ব্যবহার করুন
কোয়ালিফায়ার '-প্রসঙ্গ' যা এতে ফরোয়ার্ড সিকোয়েন্সের 23টি বেস প্রদর্শন করবে
বন্ধনীতে প্রথম দুটি বেস সহ রিপোর্ট করুন। এই প্রথম দুটি ঘাঁটি অংশ গঠন করে না
siRNA তদন্তের আদেশ দিতে হবে।
-আউটসেক seqoutall
এটি 23টি বেস অঞ্চলের ক্রমগুলির একটি ফাইল যা siRNA গুলি নির্বাচন করা হয়েছে
থেকে আপনি এটি নিশ্চিত করতে mRNA ডেটাবেস (যেমন REFSEQ) অনুসন্ধান করতে এটি ব্যবহার করতে পারেন
আপনি যে জিনের উপর এটি ব্যবহার করতে চান তার জন্য প্রোবগুলি অনন্য।
-প্রসঙ্গ বুলিয়ান
আউটপুট রিপোর্ট ফাইলটি 21টি বেস siRNA অঞ্চলের ক্রম প্রস্তুত করে
আদেশ এটি আপনাকে 2টি ঘাঁটির আগে 21টি ঘাঁটির একটি ইঙ্গিত দেয় না। এটা
প্রস্তাবিত সম্ভাব্য অনুসন্ধান অঞ্চলগুলির মধ্যে কোনটি 'AA' আছে তা দেখতে প্রায়ই আকর্ষণীয়
তাদের সামনে (অর্থাৎ 23টি বেস অঞ্চলের মধ্যে কোনটি একটি দিয়ে শুরু হয় তা দেখতে দরকারী
'এএ')। এই বিকল্পটি প্রথম দুটি ঘাঁটি সহ অঞ্চলের পুরো 23টি ঘাঁটি প্রদর্শন করে
বন্ধনীতে, যেমন '(AA)' আপনাকে প্রোব অঞ্চলের জন্য কিছু প্রসঙ্গ দিতে। তোমার উচিত না
আপনি যখন প্রোবের জন্য একটি অর্ডার দেন তখন বন্ধনীতে দুটি বেস অন্তর্ভুক্ত করুন। ডিফল্ট
মান: এন
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে sirnae ব্যবহার করুন
