এটি TransDecoder. Predict কমান্ড যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
ট্রান্সডিকোডার - ট্রান্সক্রিপ্টোম প্রোটিন পূর্বাভাস
, USAGE
আবশ্যক:
-টি transscripts.fasta
সাধারণ বিকল্প:
-- ধরে রাখা_লং_অরফস অন্য কোনো প্রমাণ না থাকলেও এই বহু নিউক্লিওটাইডের চেয়ে সমান বা দীর্ঘ পাওয়া সমস্ত ORF ধরে রাখুন
এটিকে কোডিং হিসাবে চিহ্নিত করে (ডিফল্ট: 900 bp => 300aa)
--পেফাম_হিটগুলি ধরে রাখুন অনুসন্ধান করতে /path/to/pfam_db.hmm
hmmscan ব্যবহার করে (যা আপনার PATH সেটিং এর মাধ্যমে অ্যাক্সেসযোগ্য হওয়া উচিত)
-- ধরে রাখা_ব্লাস্ট_হিট
উন্নত বিকল্প
--ট্রেন প্রোটিন শনাক্তকরণের জন্য মার্কভ মডকে প্রশিক্ষণ দিতে ORF-এর সাথে FASTA ফাইল; অন্যথায়
দীর্ঘতম অ-অপ্রয়োজনীয় ORF ব্যবহার করা হয়
-টি যদি না হয় --ট্রেন, মার্কভ মডেলকে প্রশিক্ষণ দেওয়ার জন্য শীর্ষ দীর্ঘতম ওআরএফগুলি (হেক্সামার পরিসংখ্যান) (ডিফল্ট: 500)
2015-12-28 TRANSDECODER.PREDICT(1)
TransDecoder ব্যবহার করুন। onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে ভবিষ্যদ্বাণী করুন
