এটি হল vcf_filter কমান্ড যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
vcf_filter - একটি VCF ফাইল ফিল্টার করুন
সাইনোপিসিস
vcf_filter [-এইচ] [--নো-শর্ট-সার্কিট] [--নো-ফিল্টার করা] [--আউটপুট আউটপুট] [--স্থানীয়-স্ক্রিপ্ট
LOCAL_SCRIPT] ইনপুট ফিল্টার [filter_args] [filter [filter_args]] ...
বর্ণনাঃ
এই স্ক্রিপ্টটি PyVCF এর অংশ।
বিকল্প
অবস্থানগত যুক্তি:
প্রক্রিয়া করার জন্য ইনপুট ফাইল (ব্যবহার করুন - STDIN-এর জন্য) (ডিফল্ট: কিছুই নয়)
ঐচ্ছিক যুক্তি:
-h, --help
এই সাহায্য বার্তা দেখান এবং প্রস্থান করুন. (ডিফল্ট: মিথ্যা)
--নো-শর্ট সার্কিট
কোনো ফিল্টার ট্রিগার হলে কোনো সাইটে ফিল্টার প্রক্রিয়াকরণ বন্ধ করবেন না (ডিফল্ট: মিথ্যা)
--আউটপুট আউটপুট
[STDOUT] আউটপুট করার জন্য ফাইলের নাম (ডিফল্ট: <_io.TextIOWrapper name=' 'মোড='w'
এনকোডিং='ANSI_X3.4-1968'>)
--নো-ফিল্টার করা
আউটপুট শুধুমাত্র সাইট ফিল্টার পাস (ডিফল্ট: মিথ্যা)
--স্থানীয়-লিপি LOCAL_SCRIPT
ফিল্টার ক্লাস সহ বর্তমান ওয়ার্কিং ডিরেক্টরিতে পাইথন ফাইল (ডিফল্ট: কিছুই নয়)
mgq:
শুধুমাত্র নিম্ন মানের ভেরিয়েন্ট সহ সাইটগুলি ফিল্টার করে৷ এটি একটি উচ্চ সাইট আছে সম্ভব
অনেক নিম্ন মানের কল সহ গুণমান। এই ফিল্টারটি কমপক্ষে একটি কল উপরে থাকা দাবি করে৷
একটি প্রান্তিক গুণমান।
--জিনোটাইপ-গুণমান GENOTYPE_QUALITY
এই মানের উপরে কোন জিনোটাইপ ছাড়া সাইট ফিল্টার করুন (ডিফল্ট: 50)
শুধুমাত্র snp:
শুধুমাত্র SNP ভেরিয়েন্ট নির্বাচন করুন
ডিপিএস:
নমুনা প্রতি থ্রেশহোল্ড পড়ার গভীরতা
--গভীর-প্রতি-নমুনা DEPTH_PER_SAMPLE
প্রতিটি নমুনায় ন্যূনতম প্রয়োজনীয় কভারেজ (ডিফল্ট: 5)
avg-dps:
থ্রেশহোল্ড গড় পড়ার গভীরতা প্রতি নমুনা (পড়ুন_গভীরতা / নমুনা_গণনা)
--গড়-গভীর-প্রতি-নমুনা AVG_DEPTH_PER_SAMPLE
নমুনা প্রতি ন্যূনতম প্রয়োজনীয় গড় কভারেজ (ডিফল্ট: 3)
ইবি:
ফিল্টার সাইট যেগুলি পারস্পরিক ক্রমিক ত্রুটির মত দেখায়। কিছু সিকোয়েন্সিং
প্রযুক্তি, বিশেষ করে পাইরোসেকোয়েন্সিং, মিউটেশন হটস্পট তৈরি করে যেখানে একটি
গোলমালের ধ্রুবক স্তর, কিছু রেফারেন্স এবং কিছু হেটেরোজাইগোট কল তৈরি করে। এই
ফিল্টার দ্বিপদী সম্ভাবনা তুলনা করে প্রতিটি সাইটের জন্য একটি Bayes ফ্যাক্টর গণনা করে
নিচে পর্যবেক্ষণ করা অ্যালিলিক গভীরতার: * একটি মডেল যার ধ্রুবক ত্রুটির সমান
এমএএফ * একটি মডেল যেখানে প্রতিটি নমুনা কলকারীর দ্বারা রিপোর্ট করা চালচলন। পরীক্ষা
মান হল বেস ফ্যাক্টরের লগ। উচ্চতর মান ত্রুটি হওয়ার সম্ভাবনা বেশি।
দ্রষ্টব্য: এই ফিল্টারটির জন্য rpy2 প্রয়োজন
--eblr ইবিএলআর
এই ত্রুটি লগ মতভেদ অনুপাতের উপরে সাইটগুলি ফিল্টার করুন (ডিফল্ট: -10)
বর্গ:
কম quailty সাইট ফিল্টার
--সাইট-গুণমান SITE_QUALITY
এই মানের নিচে সাইট ফিল্টার করুন (ডিফল্ট: 30)
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে vcf_filter ব্যবহার করুন
