এটি হল velvetg_63_long কমান্ড যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
velvetg_63_long - de Bruijn গ্রাফ নির্মাণ, ত্রুটি অপসারণ এবং পুনরাবৃত্তি রেজোলিউশন
(MAXKMERLENGTH = 63, LONGSEQUENCES)
বর্ণনাঃ
ব্যবহার: ./velvetg ডিরেক্টরি [বিকল্প]
ডিরেক্টরি
: কাজের ডিরেক্টরির নাম
মান বিকল্প:
-cov_cutoff
: ট্যুর বাসের পরে কম কভারেজ নোড অপসারণ বা সিস্টেমকে এটি অনুমান করার অনুমতি দিন
(ডিফল্ট: কোন অপসারণ)
-ইনস_লেংথ
: দুই জোড়া শেষ রিডের মধ্যে প্রত্যাশিত দূরত্ব (ডিফল্ট: কোন পঠিত জোড়া নেই)
-read_trkg
: সমাবেশে শর্ট রিড পজিশনের ট্র্যাকিং (ডিফল্ট: ট্র্যাকিং নেই)
-মিনিট_কন্টিগ_এলজিথ
: সর্বনিম্ন contig দৈর্ঘ্য contigs.fa ফাইলে রপ্তানি করা হয়েছে (ডিফল্ট: হ্যাশ দৈর্ঘ্য * 2)
-আমোস_ফাইল
: AMOS ফাইলে সমাবেশ রপ্তানি করুন (ডিফল্ট: রপ্তানি নেই)
-exp_cov
: অনন্য অঞ্চলের প্রত্যাশিত কভারেজ বা সিস্টেমকে এটি অনুমান করার অনুমতি দেয়
(ডিফল্ট: কোন দীর্ঘ বা জোড়া শেষ পঠিত রেজোলিউশন নেই)
-লং_কোভ_কাটঅফ : সফরের পরে কম দীর্ঘ-পঠিত কভারেজ সহ নোড অপসারণ
বাস
(ডিফল্ট: কোন অপসারণ)
অগ্রসর বিকল্প:
-ইনস_লেংথ*
: সংশ্লিষ্ট শর্ট-রিডে দুটি পেয়ারড-এন্ড রিডের মধ্যে প্রত্যাশিত দূরত্ব
ডেটাসেট (ডিফল্ট: কোন রিড পেয়ারিং নেই)
-ইনস_লেংথ_লং
: দুটি লং পেয়ারড-এন্ড রিডের মধ্যে প্রত্যাশিত দূরত্ব (ডিফল্ট: নো রিড পেয়ারিং)
-ইনস_লেংথ*_এসডি
: সংশ্লিষ্ট ডেটাসেটের আনুমানিক প্রমিত বিচ্যুতি (ডিফল্ট: অনুরূপের 10%
দৈর্ঘ্য)
['*'কে কিছুই দিয়ে প্রতিস্থাপন করুন, '2' বা '_লং' প্রয়োজনে]
-ভারা
: contigs এর ভারা ব্যবহার করা জোড়া শেষ তথ্য (ডিফল্ট: চালু)
-সর্বোচ্চ_শাখা_দৈর্ঘ্য
: বুদবুদের বেস জোড়া সর্বোচ্চ দৈর্ঘ্য (ডিফল্ট: 100)
-max_divergence : একটি বুদ্বুদে দুটি শাখার মধ্যে সর্বাধিক বিচ্যুতির হার
(ডিফল্ট: 0.2)
-সর্বোচ্চ_ব্যবধান_গণনা
: একটি বুদবুদের দুটি শাখার প্রান্তিককরণে সর্বাধিক সংখ্যক ফাঁক অনুমোদিত৷
(ডিফল্ট: 3)
-মিনিট_জোড়া_গণনা
: ন্যূনতম সংখ্যা জোড়া শেষ সংযোগ দুটি দীর্ঘ ভারা ন্যায্যতা দিতে
contigs (ডিফল্ট: 5)
-সর্বোচ্চ_কভারেজ
: ট্যুর বাসের পরে উচ্চ কভারেজ নোড অপসারণ (ডিফল্ট: কোন অপসারণ)
-কভারেজ_মাস্ক
: কনটিগসের আত্মবিশ্বাসী অঞ্চলগুলির জন্য ন্যূনতম কভারেজ প্রয়োজন (ডিফল্ট: 1)
-লং_মাল্ট_কাটঅফ
: কনটিগগুলিকে একত্রিত করতে ন্যূনতম সংখ্যক দীর্ঘ পাঠের প্রয়োজন (ডিফল্ট: 2)
-unused_reads
: UnusedReads.fa ফাইলে অব্যবহৃত রিড রপ্তানি করুন (ডিফল্ট: না)
- প্রান্তিককরণ
: রেফারেন্স সিকোয়েন্সে কনটিগ সারিবদ্ধতার একটি সারাংশ রপ্তানি করুন (ডিফল্ট: না)
-রপ্তানি ফিল্টার করা
: কভারেজ ফিল্টার দ্বারা মুছে ফেলা দীর্ঘ নোডগুলি রপ্তানি করুন (ডিফল্ট: না)
-পরিষ্কার
: সমস্ত মধ্যস্থতাকারী ফাইলগুলি সরান যা পুনঃগণনার জন্য অকেজো (ডিফল্ট:
না)
-খুব পরিষ্কার
: সমস্ত মধ্যস্থতাকারী ফাইলগুলি সরান (কোনও পুনঃগণনা সম্ভব নয়) (ডিফল্ট: না)
-জোড়া_এক্সপ_ভগ্নাংশ
: নির্দিষ্ট ভগ্নাংশের চেয়ে কম সমস্ত জোড়া শেষ সংযোগগুলি সরান৷
প্রত্যাশিত গণনা (ডিফল্ট: 0.1)
-শর্টমেট পেয়ারড*
: mate-pair লাইব্রেরিগুলির জন্য, নির্দেশ করুন যে লাইব্রেরিটি দূষিত হতে পারে৷
পেয়ারড-এন্ড রিডস (ডিফল্ট নম্বর)
-সংরক্ষণ দীর্ঘ
: লম্বা রিড সহ ক্রম সংরক্ষণ করুন (ডিফল্ট নম্বর)
আউটপুট:
ডিরেক্টরি/contigs.fa
: দ্বিগুণ হ্যাশ দৈর্ঘ্যের চেয়ে দীর্ঘ কনটিগসের ফাস্টা ফাইল
ডিরেক্টরি/stats.txt
: পরিসংখ্যান ফাইল (ট্যাব-স্পেস) উপযুক্ত কভারেজ কাটঅফ নির্ধারণের জন্য দরকারী
ডিরেক্টরি/লাস্টগ্রাফ
: চূড়ান্ত গ্রাফের সমস্ত তথ্য সহ বিশেষ বিন্যাসিত ফাইল
ডিরেক্টরি/velvet_asm.afg
: (যদি অনুরোধ করা হয়) AMOS সামঞ্জস্যপূর্ণ সমাবেশ ফাইল
onworks.net পরিষেবাগুলি ব্যবহার করে অনলাইনে velvetg_63_long ব্যবহার করুন৷
