এটি লিনাক্স অনলাইনে চালানোর জন্য CPAT নামের একটি লিনাক্স অ্যাপ যার সর্বশেষ রিলিজটি Human_coding_transcripts_mRNA.fa.gz হিসাবে ডাউনলোড করা যেতে পারে। এটি ওয়ার্কস্টেশনের জন্য বিনামূল্যের হোস্টিং প্রদানকারী OnWorks-এ অনলাইনে চালানো যেতে পারে।
অনলাইনে OnWorks-এর সাথে Linux-এ চালানোর জন্য CPAT নামের এই অ্যাপটি ডাউনলোড করুন এবং চালান।
এই অ্যাপটি চালানোর জন্য এই নির্দেশাবলী অনুসরণ করুন:
- 1. আপনার পিসিতে এই অ্যাপ্লিকেশনটি ডাউনলোড করুন৷
- 2. আমাদের ফাইল ম্যানেজারে প্রবেশ করুন https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX আপনি যে ইউজারনেম চান।
- 3. এই ধরনের ফাইল ম্যানেজারে এই অ্যাপ্লিকেশনটি আপলোড করুন।
- 4. এই ওয়েবসাইট থেকে OnWorks Linux অনলাইন বা Windows অনলাইন এমুলেটর বা MACOS অনলাইন এমুলেটর শুরু করুন।
- 5. OnWorks Linux OS থেকে আপনি এইমাত্র শুরু করেছেন, আমাদের ফাইল ম্যানেজারে যান https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX আপনার পছন্দের ব্যবহারকারীর নাম সহ।
- 6. অ্যাপ্লিকেশনটি ডাউনলোড করুন, এটি ইনস্টল করুন এবং এটি চালান।
লিনাক্সে অনলাইনে চালানোর জন্য CPAT
Ad
বর্ণনাঃ
RNA-seq ব্যবহার করে, হাজার হাজার অভিনব ট্রান্সক্রিপ্ট এবং আইসোফর্ম শনাক্ত করা হয়েছে (Djebali, et al Nature, 2012 , Carbili et al, Gene & Development, 2011) এই লুকানো ট্রান্সক্রিপ্টের আবিষ্কার কোডিং এবং ননকোডিং RNA আলাদা করার প্রয়োজনীয়তাকে পুনরুজ্জীবিত করে . যাইহোক, বেশিরভাগ পূর্ববর্তী কোডিং সম্ভাব্য ভবিষ্যদ্বাণী পদ্ধতিগুলি প্রবলভাবে সারিবদ্ধকরণের উপর নির্ভর করে, হয় প্রোটিন প্রমাণ অনুসন্ধানের জন্য জোড়া সারিবদ্ধকরণ বা ফাইলোজেনেটিক সংরক্ষণ স্কোর (যেমন CPC, PhyloCSF এবং RNACode) গণনা করার জন্য একাধিক প্রান্তিককরণ। এর কারণ হল প্রোটিন কোডিং RNA এবং সংক্ষিপ্ত, হাউসকিপিং/নিয়ন্ত্রক আরএনএ যেমন snRNA, snoRNA এবং tRNA সহ পূর্বে চিহ্নিত ট্রান্সক্রিপ্টগুলি অত্যন্ত সংরক্ষিত। যদিও এখনও খুব দরকারী, এই পদ্ধতির বেশ কয়েকটি সীমাবদ্ধতা রয়েছে:বেশিরভাগ lncRNA কম সংরক্ষিত এবং বংশগতভাবে নির্দিষ্ট হওয়ার প্রবণতা রয়েছে যা প্রান্তিককরণ-ভিত্তিক পদ্ধতির বৈষম্য ক্ষমতাকে ব্যাপকভাবে সীমিত করে। উদাহরণস্বরূপ, জেব্রাফিশ থেকে 550টি lncRNA সনাক্ত করা হয়েছে, তাদের মধ্যে মাত্র 29টির সনাক্তযোগ্য ক্রম ছিল
পাঠকবর্গ
বিজ্ঞান/গবেষণা
ব্যবহারকারী ইন্টারফেস
ওয়েব-ভিত্তিক, কমান্ড-লাইন
প্রোগ্রামিং ভাষা
পাইথন
এটি একটি অ্যাপ্লিকেশন যা https://sourceforge.net/projects/rna-cpat/ থেকেও আনা যেতে পারে। আমাদের বিনামূল্যের অপারেটিভ সিস্টেমগুলির মধ্যে একটি থেকে সবচেয়ে সহজ উপায়ে অনলাইনে চালানোর জন্য এটি OnWorks-এ হোস্ট করা হয়েছে।
