abyss-pe – Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

abyss-pe – Lesevorgänge zu Contigs zusammenfügen

ZUSAMMENFASSUNG

abgrund-pe [zur Auswahl]... [PARAMETER=BEWERTUNG]... [MAKE_TARGET] ...

BESCHREIBUNG

Stellen Sie die Lesevorgänge der Eingabedateien in Contigs zusammen. Die Lesevorgänge können in FASTA, FASTQ,
qseq-, Export-, SRA-, SAM- oder BAM-Format und kann mit gz, bz2 oder xz komprimiert werden
geteert.

abyss-pe ist ein Makefile-Skript. Alle Optionen von make können auch mit abyss-pe verwendet werden.

Parameter of abgrund-pe
Name, BERUFSBEZEICHNUNG
Der Name dieser Assembly. Die resultierenden Gerüste werden eingelagert
${name}-scaffolds.fa.

in Eingabedateien. Verwenden Sie diese Variable, wenn Sie Daten aus einer einzelnen Bibliothek zusammenstellen.

lib eine in Anführungszeichen gesetzte Liste von durch Leerzeichen getrennten Paired-End-Bibliotheksnamen. Verwenden Sie diese Variable
beim Zusammenstellen von Daten aus mehreren Paired-End-Bibliotheken. Für jeden Bibliotheksnamen in
lib muss der Benutzer in der Befehlszeile eine Variable mit demselben Namen definieren, die
gibt die gelesenen Dateien für diese Bibliothek an. Sehen Beispiele: unten für einen Beton
Anwendungsbeispiel.

pe Liste der Paired-End-Bibliotheken, die nur zum Zusammenführen von Unitigs verwendet werden
Contigs und trägt nicht zur Konsenssequenz bei.

mp Liste der Mate-Pair-Bibliotheken, die für den Gerüstbau verwendet werden. Mate-Pair-Bibliotheken
tragen nicht zur Konsenssequenz bei.

lange Liste der Bibliotheken mit langen Sequenzen, die für das erneute Gerüst verwendet werden. lange Folge
Bibliotheken tragen nicht zur Konsenssequenz bei.

se Dateien mit Single-End-Lesevorgängen

a maximale Anzahl der Zweige einer Blase [2]

b maximale Länge einer Blase (bp) [10000]

c minimale mittlere k-mer-Abdeckung einer Unitig [sqrt(Median)]

d zulässiger Fehler einer Entfernungsschätzung (bp) [6]

e minimale Erosions-K-Mer-Abdeckung [sqrt(Median)]

E minimale Erosions-k-mer-Abdeckung pro Strang [1]

j Anzahl der Threads [2]

k Größe eines k-mer (wenn K nicht festgelegt ist) oder die Spanne eines k-mer-Paares (wenn K festgelegt ist)

K Größe eines einzelnen k-mer in einem k-mer-Paar (bp)

l minimale Alignment-Länge eines Lesevorgangs (bp) [k]

m Mindestüberlappung von zwei Einheiten (bp) [30]

n Mindestanzahl von Paaren, die zum Aufbau von Contigs erforderlich sind [10]

N Mindestanzahl erforderlicher Paare für den Gerüstbau [n]

p minimale Sequenzidentität einer Blase [0.9]

q Mindestgrundqualität beim Beschneiden [3]
Schneiden Sie die Basen an den Enden von Lesevorgängen ab, deren Qualität weniger q ist.

Q Mindestbasisqualität [0]
Maskieren Sie alle Lesebasen, deren Qualität geringer als Q ist, als „N“.

s Erforderliche Mindesteinheitsgröße für den Bau von Contigs (BP) [200]
Die Saatlänge sollte mindestens das Doppelte des Wertes von k betragen. Wenn mehr Reihenfolge ist
größer als die erwartete Genomgröße ist, versuchen Sie, s zu erhöhen.

S Erforderliche Mindestcontig-Größe für den Bau von Gerüsten (bp) [s]

SS SS=--SS zum Zusammenstellen im strangspezifischen Modus
Erfordert, dass alle Bibliotheken strangspezifische RNA-Seq-Bibliotheken sind. Geht davon aus
Der erste Lesevorgang in einem Lesepaar wird bezüglich der Sequenzierung der Transkripte umgekehrt.

t Mindestspitzengröße (bp) [2k]

v v=-v, um die ausführliche Protokollierung zu aktivieren

np, NSLOTS
die Anzahl der Prozesse einer MPI-Assembly

mpirun Der Weg zu Mpirun

ausrichten
Das Programm, das zum Ausrichten der Lesevorgänge an den Contigs [map] verwendet werden soll.
Zulässige Werte sind: Map, Kaligner, BWA, Bwasw, Bowtie, Bowtie2, Dida. Siehe die
DIDA Weitere Informationen zur Dida-Option finden Sie im folgenden Abschnitt.

cs Konvertieren Sie Farbraum-Contigs nach dem Zusammenbau in Nukleotid-Contigs

Optionen of um
-n, --Probelauf
Geben Sie die Befehle aus, die ausgeführt werden würden, führen Sie sie jedoch nicht aus.

Marke Ziele für abgrund-pe
Standard
Entspricht „scaffolds scaffolds-dot stats“.

Unitigs
Bauen Sie die Einheiten zusammen.

Unitigs-Punkt
Geben Sie das einheitliche Überlappungsdiagramm aus.

pe-sam Ordnen Sie Paired-End-Lesevorgänge den Unitigs zu und geben Sie eine SAM-Datei aus. SAM-Datei wird nur
enthalten die Zuordnung von Lesevorgängen zu verschiedenen Contigs sowie die Lese-ID, -sequenz und -qualität
Zeichenfolgen werden durch „*“-Zeichen ersetzt.

Pe-Bam Ordnen Sie Paired-End-Lesevorgänge den Unitigs zu und geben Sie eine BAM-Datei aus. BAM-Datei wird nur
enthalten die Zuordnung von Lesevorgängen zu verschiedenen Contigs sowie die Lese-ID, -sequenz und -qualität
Zeichenfolgen werden durch „*“-Zeichen ersetzt.

pe-index
Generieren Sie einen Index der von abyss-map verwendeten Einheiten.

Contigs
Contigs zusammenstellen.

contigs-dot
Geben Sie das Contig-Überlappungsdiagramm aus.

mp-sam Ordnen Sie Mate-Pair-Lesevorgänge den Contigs zu und geben Sie eine SAM-Datei aus. SAM-Datei wird nur
enthalten die Zuordnung von Lesevorgängen zu verschiedenen Contigs sowie die Lese-ID, -sequenz und -qualität
Zeichenfolgen werden durch „*“-Zeichen ersetzt.

mp-bam Ordnen Sie Mate-Pair-Lesevorgänge den Contigs zu und geben Sie eine BAM-Datei aus. BAM-Datei wird nur
enthalten die Zuordnung von Lesevorgängen zu verschiedenen Contigs sowie die Lese-ID, -sequenz und -qualität
Zeichenfolgen werden durch „*“-Zeichen ersetzt.

MP-Index
Generieren Sie einen Index der von abyss-map verwendeten Contigs.

Gerüste
Gerüste aufbauen.

Gerüste-Punkt
Geben Sie das Gerüstüberlappungsdiagramm aus.

scaftigs
Gerüste aufbrechen und AGP-Datei generieren.

Langgerüste
Neugerüst unter Verwendung von RNA-Seq-assemblierten Contigs.

long-scaffs-dot
Geben Sie das RNA-Gerüst-Überlappungsdiagramm aus.

Statistik Statistiken zur Zusammengehörigkeit von Baugruppen anzeigen.

reinigen Zwischendateien entfernen.

Version
Zeigt die Version von abyss-pe an.

Versionen
Zeigt die Versionen aller von abyss-pe verwendeten Programme an.

Hilfe Zeigt eine hilfreiche Nachricht an.

DIDA

ABySS unterstützt die Verwendung von DIDA (Distributed Indexing Dispatched Alignment), einem MPI-basierten Verfahren
Alignment-Framework zur Berechnung von Sequenzausrichtungen über mehrere Maschinen hinweg. Benutzen
DIDA mit ABySS, laden Sie zuerst DIDA herunter und installieren Sie es
http://www.bcgsc.ca/platform/bioinfo/software/dida, dann geben Sie „dida“ als Wert von an
ausrichten Parameter abgrund-pe.

DIDA-bezogen abgrund-pe Parameter
DIDA_MPIRUN
Der Befehl „mpirun“, der zum Ausführen von DIDA-Jobs verwendet wird.

DIDA_RUN_OPTIONS
Laufzeitoptionen wie die Anzahl der Threads pro MPI-Rang und Werte für die Umgebung
Variablen (z. B. PATH, LD_LIBRARY_PATH). Führen Sie „abyss-dida --help“ aus, um eine Liste zu erhalten
Verfügbare Optionen.

DIDA_OPTIONS
Optionen, die direkt an die DIDA-Binärdatei übergeben werden. Dies kann beispielsweise genutzt werden
um den minimalen Schwellenwert für die Ausrichtungslänge zu steuern. Führen Sie „dida-wrapper --help“ für a aus
Liste der verfügbaren Optionen.

MPI KOMPATIBILITÄT
Aufgrund der Verwendung von Multithreading sind bei DIDA Deadlocking-Probleme mit OpenMPI bekannt. Benutzen
Die MPICH MPI-Bibliothek wird dringend empfohlen, wenn Baugruppen mit DIDA ausgeführt werden. Testen
wurde mit MPICH 3.1.3 erstellt, kompiliert mit --enable-threads=funneled.

BEISPIEL
Die empfohlene Laufzeitkonfiguration für DIDA ist 1 MPI-Rang pro Maschine und 1 Thread pro
CPU-Kern. Um beispielsweise eine Assembly über drei Clusterknoten mit jeweils 3 Kernen auszuführen, gehen Sie wie folgt vor:

abyss-pe k=64 name=ecoli in='reads1.fa reads2.fa' aligner=dida
DIDA_RUN_OPTIONS='-j12' DIDA_MPIRUN='mpirun -np 3 -ppn 1 -bind-to board'

In diesem Beispiel werden die MPICH-Befehlszeilenoptionen für „mpirun“ verwendet. Hier gibt „-np 3“ an
die Anzahl der MPI-Ränge, „-ppn 1“ gibt die Anzahl der MPI-Ränge pro „Knoten“ an und
„-bind-to board“ definiert einen „Knoten“ als Motherboard (also eine vollständige Maschine).

VARIABLEN

Jeder Parameter, der in der Befehlszeile angegeben werden kann, kann auch in einem angegeben werden
variable Umgebung

PATH muss das Verzeichnis enthalten, in dem die ausführbaren ABySS-Dateien installiert sind. Verwenden Sie „Abyss-“
pe-Versionen`, um zu überprüfen, ob PATH korrekt konfiguriert ist.

TMPDIR Gibt ein Verzeichnis an, das für temporäre Dateien verwendet werden soll

Scheduler Integration
ABySS lässt sich gut in Cluster-Job-Scheduler integrieren, wie zum Beispiel:
* SGE (Sun Grid Engine)
* Tragbares Batch-System (PBS)
* Load Sharing Facility (LSF)
* IBM LoadLeveler

Die SGE-Umgebungsvariablen JOB_NAME, SGE_TASK_ID und NSLOTS können zur Angabe verwendet werden
Parametername, k bzw. np und ähnlich für andere Scheduler.

Beispiele:

Eins gepaartes Ende Bibliothek
abyss-pe k=64 name=ecoli in='reads1.fa reads2.fa'

Mehrere gepaartes Ende Bibliotheken
abyss-pe k=64 name=ecoli lib='lib1 lib2' \
lib1='lib1_1.fa lib1_2.fa' lib2='lib2_1.fa lib2_2.fa' \
se='se1.fa se2.fa'

Gepaartes Ende und Partnerpaar Bibliotheken
abyss-pe k=64 name=ecoli lib='pe1 pe2' mp='mp1 mp2' \
pe1='pe1_1.fa pe1_2.fa' pe2='pe2_1.fa pe2_2.fa' \
mp1='mp1_1.fa mp1_2.fa' mp2='mp2_1.fa mp2_2.fa' \
se='se1.fa se2.fa'

Einschließlich RNA-Seq Baugruppen
abyss-pe k=64 name=ecoli lib=pe1 mp=mp1 long=long1 \
pe1='pe1_1.fa pe1_2.fa' mp1='mp1_1.fa mp1_2.fa' \
long1=long1.fa

MPI
abyss-pe np=8 k=64 name=ecoli in='reads1.fa reads2.fa'

SGE
qsub -N ecoli -t 64 -pe openmpi 8 \
abyss-pe n=10 in='reads1.fa reads2.fa'

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