Dies ist der Befehl altree-convertp, der im kostenlosen OnWorks-Hosting-Provider mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, Windows-Online-Emulator oder MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
altree-convert - Titel...
ZUSAMMENFASSUNG
altree-convert [Optionen]
Zubehör:
--version Programmversion
--short-help|h kurze Hilfemeldung
--help Hilfemeldung mit Optionsbeschreibungen
--man vollständige Dokumentation
--first-input-file|i Eingabedatei 1
--second-input-file|j Eingabedatei 2 (nicht obligatorisch)
--output-file|o Ausgabedatei
--case-control-output|c Ausgabe, die die Anzahl der Fälle/Kontrollen enthält
--data-type|t DNA|NUM
--phylo-prog|p PAUP|PHYLIP
--reconstruct-prog|r PHASE|FAMHAP
--data-quali|q Datentyp: qualitativ oder quantitativ
--nbind-threshold|s Mindestanzahl der erfassten Individuen, um einen Haplotyp beizubehalten
OPTIONAL
--Version
Drucken Sie die Programmversion und beenden Sie das Programm.
--short-help
Drucken Sie eine kurze Hilfenachricht und beenden Sie das Programm.
--help Drucken Sie eine Hilfemeldung mit Optionsbeschreibungen und Exits.
--Mann Druckt die Handbuchseite und wird beendet.
--first-input-file|i
Eingabedatei 1 (Ausgabe des Haplotyp-Rekonstruktionsprogramms)
--second-input-file|j
Eingabedatei 2 (zweite Ausgabe von Famhap oder Datei mit dem Krankheitsstatus)
--output-file|o
Ausgabedatei
--case-control-output|c
Ausgabedatei mit der Anzahl der Fälle und Kontrollen, die jeden Haplotyp tragen
--data-type|t „DNA“|„SNP“
Datentyp: DNA (ATGCU) oder SNP (0-1)
--phylo-prog|p „phylip“|„paup“
Programm zur Rekonstruktion der Phylogenie
rekonstruieren-prog|r „famhap|phase“
Programm zur Haplotyp-Rekonstruktion
data-quali|q „qualitativ|quantitativ“
Art der analysierten Daten
nbind-threshold|s
Es ist eine minimale Anzahl von Personen erforderlich, die einen Haplotyp tragen, um ihn aufzubewahren
weitere Analyse. Wenn Sie alle Haplotypen behalten möchten, müssen Sie hier 0 einstellen
Variable
BESCHREIBUNG
Dieser Programm liest die angegebene(n) Eingabedatei(en) und generiert eine Eingabedatei für die
Phylogenetische Rekonstruktionssoftware Paup oder Phylip/Paml
Verwenden Sie altree-convertp online über die Dienste von onworks.net
