Dies ist der Befehl autodock4, der im kostenlosen OnWorks-Hosting-Provider über eine unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, Windows-Online-Emulator oder MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
Autodock - Andocken von chemischen Liganden an Proteinrezeptoren
ZUSAMMENFASSUNG
Autodock4 [Optionen]
BESCHREIBUNG
AutoDock führt das automatisierte Andocken chemischer Verbindungen an Proteine durch, d. h. es sagt voraus
wie kleine Moleküle wie Substrate oder Wirkstoffkandidaten an einen Rezeptor mit bekanntem 3D . binden
Struktur.
Die AutoDockSuite besteht aus zwei Hauptprogrammen, von denen AutoDock das Andocken von
der Ligand zu einem Satz von Gittern, die das Zielprotein beschreiben, und AutoGrid berechnet voraus
diese Gitter.
OPTIONAL
-p Parameter_Dateiname
-l log_dateiname
-o Verwenden Sie das alte PDBQ-Format, laden Sie q in den Spalten 55-61 auf
-k Bewahren Sie die ursprünglichen Rückstandsnummern auf
-i Header-Checking ignorieren
-t Analysieren Sie die PDBQ-Datei, um Torsionen zu überprüfen, und stoppen Sie dann.
-c < command_file Befehlsmodus, nach Datei
-c | control_program Befehlsmodus, von control_program
BEISPIEL
Unter Debian bietet das Verzeichnis /usr/share/doc/autodock Ausführungsbeispiele. Ändern Sie das
Verzeichnis und entpacken (als root) die gzipped Kartendateien, dann führen Sie AutoDock wie gezeigt aus
unten:
gunzip *.map.gz
autodock4 -p 1pgp.dpf -l /tmp/1pgp.dlg
Die Interpretation der Ergebnisse wird durch die AutoDockTools-Suite unterstützt. Bitte überprüfen Sie auch die
Online-Tutorials angeboten.
Verwenden Sie autodock4 online mit den onworks.net-Diensten
