Bälle - Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

Bälle – Präprozessor für raumfüllende Modelle im Raster3D-Molekulargrafikpaket

ZUSAMMENFASSUNG

Eier [-h]

Kugeln liest eine Datei, die Atomfarben beschreibt, und/oder eine PDB-Koordinatendatei und erzeugt eine
Datei mit Raster3D-Deskriptordatensätzen für jedes Atom in der Eingabedatei. Die Datei
hergestellt von Eier kann direkt verfüttert werden Ausbeute oder es kann mit dem Deskriptor kombiniert werden
Dateien, die von anderen Raster3D-Dienstprogrammen erstellt wurden.

Beispiele:

Um ein einfaches raumfüllendes Modell zu beschreiben, das nach Resttyp gefärbt ist:

Katze mycolours.pdb protein.pdb | Bälle | rendern > mypicture.png

Um eine vorab ausgewählte Ansichtsmatrix mit demselben Modell einzuschließen:

cp view1.matrix setup.matrix
Katze mycolours.pdb protein.pdb | Bälle | rendern > mypicture.png

So stellen Sie Kopfzeilendatensätze voran, die eine vorab ausgewählte Skala und Ansicht beschreiben:

Katze mycolours.pdb protein.pdb | Bälle -h > Bälle.r3d
cat header.r3dballs.r3d | rendern > mypicture.png

OPTIONAL

-h

Header-Datensätze in der Ausgabe unterdrücken. Standardmäßig Eier erzeugt eine Ausgabedatei, die
beginnt mit Header-Datensätzen, die einen Standardsatz von Skalierungs- und Verarbeitungsoptionen enthalten.
Das -h Flag unterdrückt diese Header-Datensätze, sodass die Ausgabedatei nur
Kugeldeskriptoren. Diese Option ist nützlich für die Erstellung von Dateien, die nur einen Teil davon beschreiben
eine Szene, und die später mit von anderen erstellten Deskriptordateien kombiniert werden sollen
Programme.

BESCHREIBUNG

Die Eingabe zu Eier besteht aus einer einzelnen Textdatei, die Farbinformationen und atomare Informationen enthält
Koordinaten im PDB-Datenbankformat. Koordinaten werden als Raster3D-Deskriptor ausgegeben
Datensätze mit zugeordneten Farben und Kugelradien gemäß den beschriebenen COLO-Datensätzen
unter. Standardmäßig werden Atomen CPK-Farben zugewiesen. Standardmäßig enthält die Ausgabedatei eine
Satz von Kopfdatensätzen, wie von den Ausbeute Programm. Der Header ist so konstruiert, dass
eine TMAT-Matrix einfügen, die der in der Datei enthaltenen Transformationsmatrix entspricht
setup.matrix (falls vorhanden) oder auf die in Datei enthaltenen Eulerschen Winkel setup.winkel (ob
Es existiert).

Farben werden Atomen mithilfe eines Matching-Prozesses zugewiesen, wobei vorangestellte COLOR-Datensätze verwendet werden
die Eingabe-PDB-Datei. Raster3D verwendet einen Pseudo-PDB-Datensatztyp mit COLO in den ersten 4
Säulen:

Spalten

1 - 4 FARBE

7 - 30 Maske (unten beschrieben)

31 - 38 Rote Komponente

39 - 46 Grüne Komponente

47 - 54 Blaue Komponente

55 - 60 Van-der-Waals-Radius in Angström

61 - 80 Kommentare

Beachten Sie, dass sich die Komponenten Rot, Grün und Blau an den gleichen Positionen befinden wie X, Y und Z
Komponenten eines ATOM- oder HETA-Datensatzes, und der Van-der-Waals-Radius tritt anstelle des
Belegung. Die Rot-, Grün- und Blau-Komponenten müssen alle im Bereich von 0 bis 1 liegen.

Das Feld „Maske“ wird im Matching-Prozess wie folgt verwendet. Zuerst liest das Programm und ein
speichert alle ATOM-, HETA- und COLOR-Datensätze in der Eingabereihenfolge. Dann geht es jeweils durch
Der gespeicherte ATOM/HETA-Datensatz wird nacheinander gespeichert und sucht nach einem COLOR-Datensatz, der mit dem übereinstimmt
ATOM/HETA-Datensatz in allen Spalten 7 bis 30. Der erste derartige COLOR-Datensatz, der gefunden wurde
bestimmt die Farbe und den Radius des Atoms.

Damit ein COLOR-Datensatz Farb- und Radiusangaben für mehr als XNUMX % bereitstellen kann
ein Atom (z. B. basierend auf Rest oder Atomtyp oder einem anderen Kriterium, für das Markierungen möglich sind).
(z. B. irgendwo in den Spalten 7 bis 30 angegeben werden), wird das Symbol „#“ als Platzhalter verwendet. Dh ein
# in einem COLOR-Datensatz entspricht einem beliebigen Zeichen in der entsprechenden Spalte in einem ATOM oder HETA
aufzeichnen. Alle anderen Zeichen müssen wörtlich übereinstimmen, um als Übereinstimmung zu gelten. Notiere dass der
Der allerletzte COLO-Datensatz in der Eingabe sollte in allen Spalten 7 bis 30 #-Symbole enthalten
um eine Farbe für jedes Atom bereitzustellen, dessen ATOM/HETA-Datensatz nicht mit einem vorherigen übereinstimmt
COLOR-Datensatz. Diese Idee, Masken an Farbspezifikationen anzupassen, ist Colin zu verdanken
Broughton.

Mehrere Dateien mit COLOR-Datensätzen, darunter eine basierend auf Bob Flettericks „Shapely Models“
und weitere, CPK-Modellteile nachahmende Teile werden als Muster bereitgestellt.

Die Dateien setup.matrix und setup.angles, sofern vorhanden, wirken sich auf die aus
Header-Datensätze erstellt von Eier.

SOURCE

anonym ftp Website:
ftp.bmsc.washington.edu

Netz URL:
http://www.bmsc.washington.edu/raster3d/raster3d.html

Kontakt:
Ethan A. Merritt
Universität von Washington, Seattle WA 98195
[E-Mail geschützt]

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