Dies ist der Befehl bp_pairwise_kaksp, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
bp_pairwise_kaks – Skript zur paarweisen Berechnung von Ka,Ks für eine Reihe von Sequenzen
ZUSAMMENFASSUNG
bp_pairwise_kaks.PLS -it/data/worm_fam_2785.cdna [-f fasta/genbank/embl...] [-msa
tcoffee/clustal] [-kaks yn00/codeml]
BESCHREIBUNG
Dieses Skript verwendet als Eingabe einen Datensatz zur Überprüfung von cDNA-Sequenzen
dass sie keine Stoppcodons enthalten, sie im Proteinraum ausrichten,
Projizieren Sie die Ausrichtung zurück in die cDNA und schätzen Sie den Ka ab
(nicht-synonym) und Ks-(synonym) Substitutionen basierend auf dem ML
Methode von Yang mit dem PAML-Paket.
Benötigt:
* bioperl-run-Paket
* PAML-Programmcodeml oder yn00
* Mehrere Sequenzausrichtungsprogramme Clustalw ODER T-Coffee
Oft gibt es bestimmte spezifische Parameter, die Sie ausführen möchten, wenn Sie möchten
a Berechnung der Ka/Ks-Verhältnisse, also betrachten Sie dieses Skript als Ausgangspunkt und
Verlassen Sie sich nicht in jeder Situation darauf.
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