Dies ist der Befehl bp_revtrans-motifp, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
bp_revtrans-motif – Rückübersetzung eines Profam-ähnlichen Proteinmotivs
VERSION
Version 0.01
ZUSAMMENFASSUNG
Aus einer Datei:
bp_revtrans-motif.pl -i Motive.txt
Verwendung von Rohren:
bp_revtrans-motif.pl < Motive.txt > Ausgabe.txt
Interaktive Verwendung an der Eingabeaufforderung:
$ bp_revtrans-motif.pl
MAAEEL[VIKP]
1. ATGGCNGCNGARGARYTNVHN
[^P]H(IW){2,3}
2. NDNCAY(ATHTGG){2,3}
BESCHREIBUNG
Dieses Skript verwendet ein Proteinmotiv als Eingabe und gibt ein degeneriertes Oligonukleotid zurück
entsprechende Reihenfolge. Der Hauptgrund dafür ist die Entartung des Designs
Primer, die ein bestimmtes Sequenzmuster verstärken.
Das Eingabemotiv besteht aus einer Folge von Ein-Buchstaben-Resten mit einem der folgenden Elemente
syntaktische Elemente:
[...] : Redundante Position.
Eine Position, in der mehr als ein Rest zulässig ist. Beispiel:
[TS]YW[RKSD]
^^ ^^^^
[^...] : Negierte Position.
Eine Position, in der alle Reste zulässig sind, außer denen zwischen Klammern. Beispiel:
[^PW]MK[LAE]
^^
(...){n,m,...} : Wiederholtes Motiv.
Ein Motiv, das sich wiederholt n or m mal. Es kann jede der vorherigen Syntaktiken haben
Elemente. Beispiel:
A[SN]C(TXX){2,4,8}
^^^
Zulässig sind die Buchstaben, die den 20 natürlichen Aminosäuren entsprechen, plus:
B = N + D
Z = Q + E
X = Alle
OPTIONAL
-i Eingabedatei:
Eine Datei mit einer Liste von Motiven zur Rückübersetzung.
-h
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