ClonalFrame – Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

ClonalFrame – Inferenz der bakteriellen Mikroevolution mithilfe von Multilocus-Sequenzdaten

ZUSAMMENFASSUNG

ClonalFrame [OPTIONEN] Eingabedatei Ausgabedatei

BESCHREIBUNG

ClonalFrame identifiziert die klonalen Beziehungen zwischen den Mitgliedern einer Stichprobe
Außerdem wird die chromosomale Position homologer Rekombinationsereignisse geschätzt
die klonale Vererbung gestört.

Zubehör:

-x NUM Legt die Anzahl der Iterationen nach dem Einbrennen fest (Standard ist 50000).

-y NUM Legt die Anzahl der Einbrenn-Iterationen fest (Standard ist 50000).

-z NUM Legt die Anzahl der Iterationen zwischen Stichproben fest (Standard ist 100).

-e NUM Legt die Anzahl der Verzweigungswechselbewegungen pro Iteration fest (Standard ist die Hälfte davon).
die Zeit wird mit Zweigwechseln verbracht)

-m NUM Setzt den Anfangswert von Theta auf NUM (Standard ist Watterson-Schätzung)

-d NUM Setzt den Anfangswert von Delta auf NUM (Standard ist 0.001)

-n NUM Setzt den Anfangswert von nu auf NUM (Standard ist 0.01)

-r NUM Setzt den Anfangswert von R auf NUM (Standard ist Anfangs-Theta/10)

-M Aktualisieren Sie den Wert von Theta

-D Aktualisieren Sie den Wert von Delta nicht

-N Aktualisieren Sie den Wert von nu nicht

-R Aktualisieren Sie den Wert von R nicht

-T Aktualisieren Sie die Topologie nicht

-A Aktualisieren Sie nicht das Alter der Knoten

-G Entfernen Sie alle Lücken

-H Entfernen Sie alle Lücken an nicht polymorphen Positionen

-t NUM Geben Sie an, welcher Anfangsbaum verwendet werden soll: 0 für einen Nullbaum, 1 für einen einheitlich gewählten Baum
Koaleszenzbaum und 2 für UPGMA-Baum (Standard)

-w FILE
Verwenden Sie die Newick-Datei für den anfänglichen Baum

-a NUM Legt den ersten Parameter der Beta-Prior-Verteilung von nu fest

-b NUM Legt den zweiten Parameter der Beta-Prior-Verteilung von nu fest

-U Verwenden Sie einheitliche Prioritäten für Rho, Theta und Delta

-B Im BURST-Modus ausführen

-C Führen Sie es im UPGMA-Modus mit einem Site-by-Site-Bootstrap-Verfahren aus

-c Im UPGMA-Modus mit einem Fragment-für-Fragment-Bootstrap-Verfahren ausführen

-S NUM Setzt den Startwert für den Zufallszahlengenerator auf NUM

-E NUM Legt die Rate des exponentiellen Wachstums fest (Standard ist 0)

-I Ignoriert den ersten Block in der Ausrichtung

-L Bereinigen Sie die Ausrichtung, bevor Sie ClonalFrame ausführen

-l Mindestabstand zwischen zwei Referenzstandorten (Standard ist 50)

-v Ausführlicher Modus

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