cmtk-convertx – Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

Convertx – Konvertieren zwischen Bilddateiformaten und Datentypen.

ZUSAMMENFASSUNG

Convertx [Optionen] Infile Outfile

BESCHREIBUNG

Dieses Tool konvertiert zwischen Bilddateiformaten und Pixeldatentypen. Es kann auch gelten
einfache, universelle Bildoperationen im Prozess. Eine beliebige Anzahl von Operationen
kann in der Befehlszeile angegeben werden, die genau in der angegebenen Reihenfolge angewendet wird.

OPTIONAL

Global Toolkit Optionen (diese sind von Locals geführtes by alle CMTK Werkzeuge)
--help
Schreiben Sie eine Liste der grundlegenden Befehlszeilenoptionen in die Standardausgabe.

--Hilf allen
Schreiben Sie eine vollständige Liste der grundlegenden und erweiterten Befehlszeilenoptionen in die Standardausgabe.

- Wiki
Schreiben Sie eine Liste der Befehlszeilenoptionen in die Standardausgabe im MediaWiki-Markup.

--Mann
Schreiben Sie die Manpage-Quelle im 'nroff'-Markup in die Standardausgabe.

--Version
Schreiben Sie die Toolkit-Version in die Standardausgabe.

--Echo
Schreiben Sie die aktuelle Befehlszeile in die Standardausgabe.

--verbose-level
Ausführlichkeitsstufe festlegen.

- ausführlich, -v
Erhöhen Sie die Ausführlichkeitsstufe um 1 (veraltet; aus Gründen der Abwärtskompatibilität unterstützt).

--fäden
Legen Sie die maximale Anzahl paralleler Threads fest (für POSIX-Threads und OpenMP).

Bild/Transformation Datenbase
--db
Pfad zur Bild-/Transformationsdatenbank, die mit dem neu erstellten aktualisiert werden soll
Bild. [Standard: KEINER]

zufuhr Bild Steuergriffe
--set-padding
Füllwert festlegen: Alle Pixel im Eingabebild, die diesen Wert haben, werden ignoriert
bei allen nachfolgenden Operationen.

--unset-padding
Auffüllwert aufheben: Bei allen nachfolgenden Vorgängen werden alle Pixel behandelt
nach ihrem Wert.

--Etiketten
Geben Sie an, dass die Bildwerte als diskrete Beschriftungen behandelt werden sollen. Dies wird zur Folge haben
im entsprechenden Absichtscode, der in Ausgabedateien im NIfTI-Format festgelegt werden soll.

--grau
Geben Sie an, dass die Bildwerte als kontinuierliche Graustufen behandelt werden sollen. Dieser Wille
Setzen Sie den Absichtscode in Dateien zurück, die aus dem NIfTI-Format gelesen wurden.

Datum Typ Umwandlung (Conversion)
--verkohlen
8 Bit, ganze Zahl mit Vorzeichen

--Byte
8 Bit, Ganzzahl ohne Vorzeichen

--kurz
16 Bit, ganze Zahl mit Vorzeichen

--ukurz
16 Bit, Ganzzahl ohne Vorzeichen

--int
32-Bit-Ganzzahl mit Vorzeichen

--uint
32-Bit-Ganzzahl ohne Vorzeichen

--schweben
32-Bit-Gleitkomma

--doppelt
64-Bit-Gleitkomma

Wert Mappings
--map-values
Wenden Sie die Zuordnungsfunktion auf Pixelwerte an. Zuordnung ist definiert als
„VAL0[,VAL1,...][:NEWVAL]“, um die Werte VAL0, VAL1 usw. dem neuen Wert NEWVAL zuzuordnen. Wenn
NEWVAL wird nicht angegeben, die Werte werden auf Auffüllung gesetzt.

--map-values-only
Wenden Sie die Zuordnungsfunktion auf Pixelwerte an und ersetzen Sie nicht zugeordnete Pixel durch Auffüllen.
Mehrere solcher Zuordnungsregeln können wie folgt verkettet werden: RULE0+RULE1[+...]; alle
Verkettete Regeln werden gleichzeitig angewendet. Die Zuordnung ist definiert als
„VAL0[,VAL1,...][:NEWVAL]“, um die Werte VAL0, VAL1 usw. dem neuen Wert NEWVAL zuzuordnen. Wenn
NEWVAL wird nicht angegeben, die Werte werden auf Auffüllung gesetzt. Es können mehrere solcher Zuordnungsregeln vorhanden sein
verkettet als REGEL0+REGEL1[+...]; Alle verketteten Regeln werden angewendet
gleichzeitig.

--replace-padding
Ersetzen Sie aufgefüllte Pixeldaten durch den angegebenen Wert.

--replace-inf-nan
Ersetzen Sie alle unendlichen und nicht-zahligen Pixel durch den angegebenen Wert.

Bild Flipping
--flip-x
Entlang der x-Richtung spiegeln

--flip-y
Entlang der Y-Richtung spiegeln

--flip-z
Entlang der Z-Richtung spiegeln

Bild Masking und Schwellenwert
--Maske
Name der Binärmaskendatei: Alle Bildpixel entfernen, bei denen die Maske 0 ist. Ausmaskierte Pixel
wird NICHT auf Null gesetzt, sondern durch den aktuell eingestellten Abstand ersetzt
Wert. Verwenden Sie „--set-padding 0“ vor „--mask“, um die Einstellung auf Null zu erzwingen.

--mask-inverse
Der Name der inversen Binärmaskendatei entfernt alle Bildpixel, bei denen die Maske NICHT 0 ist. Siehe
auch Hinweise zur Auffüllung unter „--mask“ oben.

--thresh-unten
Alle Werte unterhalb des Schwellenwerts auf den Schwellenwert setzen.

--thresh-above
Alle Werte über dem Schwellenwert auf den Schwellenwert setzen.

--thresh-below-to-padding
Setzen Sie alle Werte unterhalb des Schwellenwerts auf den Füllwert.

--thresh-above-to-padding
Setzen Sie alle Werte über dem Schwellenwert auf den Füllwert.

--binarize-thresh
Setzen Sie alle Werte unterhalb des Schwellenwerts auf 0, alle Werte gleich oder darüber auf 1.

--otsu-thresh
Binarisieren Sie das Bild mithilfe des mit der Otsu-Methode berechneten Schwellenwerts auf 0/1. Argument ist Zahl
von Histogramm-Bins für die Schwellenwertberechnung.

--otsu-thresh-nbins
Binarisierung mit der Otsu-Methode mit benutzerdefinierter Anzahl von Histogramm-Bins für
Schwellenberechnung.

--prune-histogram
Schwellenwertbild durch „Intensitätshistogrammbereinigung“, dh für gegebenes Argument n
[Histogramm-Bins] bestimmen Schwellenwerte, sodass der 1/n-te Bruchteil der höchsten und
Die niedrigsten Voxel werden mit einem Schwellenwert versehen.

--prune-histogram-high
Wie „--prune-histograms“, entfernt aber nur hohe Intensitäten.

--prune-histogram-low
Wie „--prune-histograms“, entfernt aber nur geringe Intensitäten.

Intensität Transformationen
--scale-to-range
Skalieren Sie die Bildintensitäten vor der Konvertierung in Byte auf den Bereich „von:bis“, z. B. „0:255“.
Daten.

--histogram-equalization
Wenden Sie den Histogrammausgleich an.

--histogram-equalization-nbins
Wenden Sie den Histogrammausgleich an mit an Anzahl der Behälter.

--match-histogramme
Transformieren Sie die Intensitäten so, dass sie der Verteilung im als Argument bereitgestellten Bild entsprechen
für diesen Befehl.

--match-mean-sdev
Skalieren Sie die Intensitäten so, dass sie dem Mittelwert und der Standardverteilung der Intensitäten in der Umgebung entsprechen
image als Argument für diesen Befehl bereitgestellt.

Morphologisch Einkauf & Prozesse
--zurückkehren
Setzen Sie eine Binärmaske zurück, dh tauschen Sie Vorder- und Hintergrund aus.

--erodieren
Morphologischer Erosionsoperator (nach Pixeln)

--erweitern
Morphologischer Dilatationsoperator (nach Pixeln)

--erode-distanz
Morphologischer Erosionsoperator (nach Entfernung). Bei anisotropen Daten oft vorzuziehen.

--erode-distance-multilabel
Morphologischer Erosionsoperator (nach Entfernung) für Karten mit mehreren Beschriftungen. Das Ergebnis wird sein
entweder Byte-, unsigned short- oder unsigned int-Daten, abhängig vom Index der
Größtes verwendetes Label in der Eingabe.

--dilate-distance
Morphologischer Dilatationsoperator (nach Entfernung). Oft vorzuziehen bei Anisotropie
Daten.

--connected-components
Erstellen Sie eine Karte verbundener Komponenten mit Regionen, die nach abnehmender Komponentengröße nummeriert sind

--boundary-map
Grenzkarte erstellen

--multi-boundary-map
Erstellen Sie eine mehrwertige Grenzkarte

--distance-map
Berechnen Sie eine vorzeichenlose euklidische Distanzkarte. Das Eingabebild wird als Binärmaske interpretiert.

--signed-distance-map
Berechnen Sie die vorzeichenbehaftete (innen=negative, außen=positive) euklidische Distanzkarte

Filter Einkauf & Prozesse
--median-filter
Medianfilter. Diese Operation verwendet den Filterradius in Pixel als Parameter. A
Eine einzelne Ganzzahl definiert den Kernradius in allen drei Dimensionen. Drei Komma-
Getrennte ganze Zahlen definieren separate Radien für die drei Dimensionen.

--mean-filter
Regionaler Mittelwertfilter. Bei dieser Operation wird der Filterradius in Pixeln verwendet
Parameter. Eine einzelne Ganzzahl definiert den Kernradius in allen drei Dimensionen. Drei
Durch Kommas getrennte Ganzzahlen definieren separate Radien für die drei Dimensionen.

--fast-mean-filter
Regionaler Mittelwertfilter (schnelle, lineare Zeitimplementierung). Dieser Vorgang dauert die
Filterradius in Pixel als Parameter. Eine einzelne Ganzzahl definiert den Kernelradius
in allen drei Dimensionen. Drei durch Kommas getrennte ganze Zahlen definieren separate Radien für
drei Dimensionen.

--variance-filter
Regionaler Varianzfilter. Bei dieser Operation wird der Filterradius in Pixeln verwendet
Parameter. Eine einzelne Ganzzahl definiert den Kernradius in allen drei Dimensionen. Drei
Durch Kommas getrennte Ganzzahlen definieren separate Radien für die drei Dimensionen.

--fast-variance-filter
Schneller (linearer) regionaler Varianzfilter. Diese Operation übernimmt den Filterradius
in Pixel als Parameter. Eine einzelne ganze Zahl definiert den Kernelradius in allen dreien
Maße. Drei durch Kommas getrennte Ganzzahlen definieren separate Radien für die drei
Abmessungen.

--Third-Moment-Filter
Regionaler Filter für das dritte Moment. Bei dieser Operation wird der Filterradius in Pixeln verwendet
Parameter. Eine einzelne Ganzzahl definiert den Kernradius in allen drei Dimensionen. Drei
Durch Kommas getrennte Ganzzahlen definieren separate Radien für die drei Dimensionen.

--standard-deviation-filter
Regionaler Standardabweichungsfilter. Bei dieser Operation wird der Filterradius in Pixel ermittelt
als Parameter. Eine einzelne Ganzzahl definiert den Kernradius in allen drei Dimensionen.
Drei durch Kommas getrennte Ganzzahlen definieren separate Radien für die drei Dimensionen.

--smoothness-filter
Regionaler „Glätte“-Filter. Bei dieser Operation wird der Filterradius in Pixeln verwendet
Parameter. Eine einzelne Ganzzahl definiert den Kernradius in allen drei Dimensionen. Drei
Durch Kommas getrennte Ganzzahlen definieren separate Radien für die drei Dimensionen.

--gaussian-filter-sigma
Bild mit Gauß-Kernel filtern. Diese Operation erfordert einen einzelnen reellen Wert
Parameter, der den Kernkoeffizienten Sigma in Welteinheiten [z. B. mm] angibt
der Parameter.

--gaussian-filter-fwhm
Bild mit Gauß-Kernel filtern. Diese Operation erfordert einen einzelnen reellen Wert
Parameter, der die Kernel-Vollbreite bei halbem Maximum in Welteinheiten angibt
[z. B. mm].

--laplace-filter
Filterbild mit kantenverstärkendem Laplace-Kernel.

Gitter Einkauf & Prozesse
--downsample-select
Downsampling des Bildes nach Pixelauswahl mit den achsenbezogenen Faktoren „Fx, Fy, Fz“ oder mit Single
Faktor 'Fxyz'

--downsample-average
Verkleinern Sie das Bild durch Mittelung mit den achsenbezogenen Faktoren „Fx, Fy, Fz“ oder mit Einzelfaktoren
Faktor 'Fxyz'

--resample
Neuabtastung des Bildes auf nahezu isotrope Pixel unter Beibehaltung des Bildsichtfelds.
Benötigt ein Argument, die Zielauflösung in Welteinheiten [z. B. mm]

--resample-exact
Resample das Bild auf exakt isotrope Pixel der angegebenen Auflösung und passe dabei an
Bildsichtfeld so nah wie möglich. Benötigt ein Argument, die Zielauflösung
in Welteinheiten [z. B. mm]

--crop-by-index
Bild auf einen Bereich zuschneiden, der durch einen Satz von sechs Gitterindexkoordinaten angegeben wird, angegeben als
comma-separated integers x0,y0,z0,x1,y1,z1

--crop-by-threshold
Bild auf einen Bereich zuschneiden, der über einen bestimmten Schwellenwert bestimmt wird. Das resultierende Bild wird
enthalten alle Pixel, die größer als der angegebene Parameter sind.

--crop-by-threshold-write-region
Beschneiden Sie das Bild auf einen Bereich, der über einen bestimmten Schwellenwert bestimmt wird, und schreiben Sie den Zuschneidebereich hinein
Standardausgabe.

--crop-by-threshold-write-xform
Bild auf einen über einen bestimmten Schwellenwert bestimmten Bereich zuschneiden und Zuschneiden schreiben
Umwandlung in Standardausgabe.

AUTOREN

Torsten Rohlfing, mit Beiträgen von Michael P. Hasak, Greg Jefferis, Calvin R.
Maurer, Daniel B. Russakow und Yaroslav Halchenko

Verwenden Sie cmtk-convertx online über die Dienste von onworks.net