Dies ist der Befehl cmtk-glm, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
glm – Allgemeines lineares Modell
ZUSAMMENFASSUNG
glm [Optionen] ctlfile imgfile_pattern [ctlfile imgfile_pattern ...]
BESCHREIBUNG
Statistische Modellierung der Pixelintensitäten in mehreren Bildern mithilfe eines allgemeinen linearen Modells.
Die unabhängigen Variablen des Modells werden in einer oder mehreren Steuerdateien definiert. Jede
Die Steuerdatei ist eine Textdatei mit einer durch Leerzeichen getrennten Spalte pro unabhängiger Variable.
Die erste Zeile der Steuerdatei definiert die Variablennamen, also die Beschriftungen, die sie verwenden
Identifizieren Sie jede Variable. Jede folgende Zeile enthält einen Wert pro unabhängiger Variable.
Beispiel:
ID-Alter, Geschlecht
01 20 0
02 30 1
Auf jeden Steuerdateinamen folgt ein Dateinamenmuster. In diesem Muster ein einzelnes „%s“
Der Platzhalter wird durch den Wert ersetzt, der in der ersten Spalte jeder Zeile der Steuerdatei steht.
Die resultierende Zeichenfolge ist der Pfad des gelesenen und mit den Modellvariablen verknüpften Bildes
in dieser bestimmten Steuerdateizeile aufgeführt.
Unter Verwendung des obigen Beispiels einer Steuerdatei würde sich das Muster „images/subject%s.nii“ zu erweitern
Die Bilddateinamen sind „images/subject01.nii“ und „images/subject02.nii“.
Es können mehrere Steuerdateien mit jeweils unterschiedlichen Bilddateimustern verwendet werden.
OPTIONAL
Global Toolkit Optionen (diese sind von Locals geführtes by alle CMTK Werkzeuge)
--help
Schreiben Sie eine Liste der grundlegenden Befehlszeilenoptionen in die Standardausgabe.
--Hilf allen
Schreiben Sie eine vollständige Liste der grundlegenden und erweiterten Befehlszeilenoptionen in die Standardausgabe.
- Wiki
Schreiben Sie eine Liste der Befehlszeilenoptionen in die Standardausgabe im MediaWiki-Markup.
--Mann
Schreiben Sie die Manpage-Quelle im 'nroff'-Markup in die Standardausgabe.
--Version
Schreiben Sie die Toolkit-Version in die Standardausgabe.
--Echo
Schreiben Sie die aktuelle Befehlszeile in die Standardausgabe.
--verbose-level
Ausführlichkeitsstufe festlegen.
- ausführlich, -v
Erhöhen Sie die Ausführlichkeitsstufe um 1 (veraltet; aus Gründen der Abwärtskompatibilität unterstützt).
--fäden
Legen Sie die maximale Anzahl paralleler Threads fest (für POSIX-Threads und OpenMP).
zufuhr Einstellungen
--Ernte , -c
Um Platz/Zeit zu sparen, schneiden Sie Bilder zu: x0,y0,z0,x1,y1,z2
Modell Einstellungen
--normalisieren, -n
Modellparameter hinsichtlich Datenvarianzen normalisieren.
--exp, -e
Verwenden Sie ein exponentielles Modell anstelle eines linearen Modells.
Auswahl of Unabhängig Variablen
--exclude-constant, -x
Automatische konstante Parameter aus dem Modell ausschließen.
--ignore-Parameter , -i
Parameter mit angegebener NUMMER (0..n-1) ignorieren. Kann wiederholt werden.
--select-parameter , -s
Wählen Sie den Parameter mit dem angegebenen NAMEN für das Modell aus. Kann wiederholt werden.
Output Einstellungen
--output-pattern , -O
Dateinamenmuster für die Ausgabe.
%s wird durch den Bildtyp („fstat“, „tstat“ oder „param“) ersetzt.
%d wird durch die unabhängige Variablennummer ersetzt (0 für das gesamte Modell)
%s wird durch den Namen der unabhängigen Variablen ersetzt („Modell“ für das gesamte Modell).
[Standard: model_%s_%02d_%s.nii ]
AUTOREN
Torsten Rohlfing, mit Beiträgen von Michael P. Hasak, Greg Jefferis, Calvin R.
Maurer, Daniel B. Russakow und Yaroslav Halchenko
Verwenden Sie cmtk-glm online über die Dienste von onworks.net
