Dies ist der Befehl correct_abundances, der im kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks über eine unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, Windows-Online-Emulator oder MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
correct_abundances - Führen Sie den Schritt zur Korrektur der Ähnlichkeit der Genomhäufigkeit durch
ZUSAMMENFASSUNG
korrekt_abundances NAMEN
BESCHREIBUNG
Führen Sie den Ähnlichkeitskorrekturschritt aus.
Hinweis: Es ist zwar möglich, die Read Mapper von Hand auszuführen oder die Ähnlichkeit zu erstellen
Matrix manuell, empfehlen wir dringend, die bereitgestellten Python-Skripte 'run_mappers.py' zu verwenden.
und 'create_similarity_matrix.py'.
OPTIONAL
NAMEN: Dateiname der Namensdatei; Die Datei mit den Klartextnamen sollte einen Namen pro enthalten
Leitung. Der Name wird im gesamten Algorithmus als Bezeichner verwendet.
-h, --help
Diese Hilfemeldung anzeigen und beenden
-m SMAT, --Ähnlichkeitsmatrix=SMAT
Pfad zur Ähnlichkeitsmatrixdatei. Die Ähnlichkeitsmatrix muss mit dem gleichen erstellt werden
NAMES-Datei. [Standard: ./similarity_matrix.npy]
-s SAM, --samfiles=SAM
Muster, das auf die vom Mapper erstellten SAM-Dateien verweist. Platzhalter für den Namen
ist "%s". [Standard: ./SAM/%s.sam]
-b STIEFEL, --bootstrap-Beispiele=BOOT
Legen Sie die Anzahl der Bootstrap-Samples fest. Verwenden Sie 1, um Bootstrapping zu deaktivieren [Standard: 100]
-o AUS, --Ausgabe=OUT
Nur-Text-Ausgabedatei mit den Ergebnissen. [Standard: ./results.txt]
Verwenden Sie correct_abundances online mit den onworks.net-Diensten
