Dies ist der Befehl delta2maf, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
delta2blocks – zusätzliches Tool für Mummer von Patch of Mugsy zum Sortieren von Ausrichtungen
delta2maf – zusätzliches Tool für Mummer von Patch of Mugsy zum Sortieren von Ausrichtungen
ZUSAMMENFASSUNG
delta2blocks [Optionen]<refID><qryID>
delta2maf [Optionen]<refID><qryID>
BESCHREIBUNG
-h Hilfeinformationen anzeigen
-q Ausrichtungen nach der Startkoordinate der Abfrage sortieren
-r Sortieren Sie Ausrichtungen nach der Referenzstartkoordinate
-w int Legt die Bildschirmbreite fest – der Standardwert ist 60
-x int Legt den Matrixtyp fest – Standard ist 2 (BLOSUM 62), andere Optionen umfassen 1 (BLOSUM 45)
und 3 (BLOSUM 80)
Hinweis: wirkt sich nur auf Aminosäure-Alignments aus
Eingabe ist die .delta-Ausgabe von entweder dem "nucmer"- oder dem "promer"-Programm, das an die
Befehlszeile.
Die Ausgabe erfolgt auf stdout und besteht aus allen Ausrichtungen zwischen der Abfrage und der Referenz
Sequenzen, die in der Befehlszeile identifiziert werden.
HINWEIS: Standardmäßig erfolgt keine Sortierung, daher werden die Ausrichtungen wie in gefunden
das Eingang.
Nutzen Sie delta2maf online über die Dienste von onworks.net
