Dies ist der Befehls-Demux, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
demux – XPLOR-Abstandsbeschränkungen in das Gromacs-Format konvertieren
ZUSAMMENFASSUNG
demux md0.log extra
BESCHREIBUNG
Wenn Sie Ihre Flugbahnen wieder kontinuierlich machen möchten, können Sie Folgendes verwenden: demux lesen
Ihre md0.log-Datei (Sie können bei Bedarf mehrere verketten) und einige Ausgaben erzeugen
Dateien. Eine davon ist eine .xvg-Datei (replik_ndx.xvg), an die übergeben werden kann trjcat(1) entlang
mit den ursprünglichen Trajektoriendateien, um kontinuierliche Trajektorien zu erzeugen. Das andere
Datei (replik_temp.xvg) enthält die Temperaturen für jedes Replikat, beginnend bei
ursprüngliche Temperatur. Wenn Ihre Replik von Interesse beispielsweise bei 300 K beginnt, können Sie folgen
seine Flugbahn durch den Temperaturraum. Es wäre interessant, einige hinzuzufügen
Funktionalität zum Erstellen von Histogrammen der Temperaturverteilungen für jedes Replikat
sollte laut den meisten Autoren flach sein. Die demuxierten Flugbahnen können mit verwendet werden
g_kinetics(1) um Proteinfaltungskinetiken aus REMD-Trajektorien zu erhalten.
OPTIONAL
md0.log Protokolldatei des Trajektorienlaufs, den Sie kontinuierlich durchführen möchten. Es können mehrere Dateien vorhanden sein
zusammengefügt.
extra Häufigkeit, mit der jeder Eintrag in der Protokolldatei kopiert wird. (Ganze Zahl)
EINSCHRÄNKUNGEN
Wenn Ihr Austausch alle N Ps betrug und Sie alle M Ps gespart haben, können Sie die fehlenden ausgleichen
Frames nach Einstellung extra bis (N/M - 1). Wenn N/M keine ganze Zahl ist, haben Sie Pech und Sie
wird Ihre Flugbahnen überhaupt nicht demuxen können.
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