Dies ist der Befehlsauszug, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
Digest – Berichte über Protein-proteolytische Enzym- oder Reagenz-Spaltungsstellen
ZUSAMMENFASSUNG
verdauen -Fortsetzung Fortsetzung -mwdata Datendatei -Speisekarte Liste -Mono boolean -ungünstig boolean
-zerlumpt boolean -termini Liste -Überlappung boolean -allpartials boolean
-outfile berichten
verdauen -Hilfe
BESCHREIBUNG
verdauen ist ein Kommandozeilenprogramm von EMBOSS („the European Molecular Biology Open
Software-Suite“). Es ist Teil der Befehlsgruppe(n) „Protein:Motifs“.
OPTIONAL
zufuhr Abschnitt
-Fortsetzung Fortsetzung
-mwdata Datendatei
Molekulargewichtsdaten für Aminosäuren Standardwert: Emolwt.dat
Erforderlich Abschnitt
-Speisekarte Liste
Standardwert: 1
-Mono boolean
Standardwert: N
Fortgeschrittener Abschnitt
-ungünstig boolean
Trypsin schneidet normalerweise nicht nach „KR“, wenn darauf „KRIFLP“ folgt.
Lys-C schneidet normalerweise nicht nach „K“, wenn darauf ein „P“ folgt. Arg-C wird nicht
Normalerweise wird nach „R“ abgeschnitten, wenn darauf ein „P“ folgt. V8-Bicarb schneidet normalerweise nicht nach
„E“, wenn darauf ein „KREP“ folgt. V8-Phosphat schneidet normalerweise nicht nach „DE“, wenn
ihnen folgt ein „P“. Wenn dies der Fall ist, schneidet Chymotrypsin normalerweise nicht nach „FYWLM“.
gefolgt von „P“. Wenn Sie „Unbevorzugt“ angeben, werden diese ungünstigen Schnitte sowie die angezeigt
favorisierte.
-zerlumpt boolean
Ermöglicht semispezifische und unspezifische Verdauung. Diese Option ist besonders nützlich
zum Erstellen von Listen von Peptidsequenzen zur Proteinidentifizierung
Massenspektrometer.
-termini Liste
Standardwert: 1
Output Abschnitt
-Überlappung boolean
Wird zur Teilverdauung verwendet. Zeigt alle Schnitte von bevorzugten Schnittstellen plus 1..3, 2..4,
3..5 usw., aber nicht (z. B.) 2..5. Überlappungen sind also Fragmente mit genau einem
potenzielle Schnittstelle darin.
-allpartials boolean
Was die Überlappung anbelangt, sind jedoch auch Fragmente enthalten, die mehr als eine potenzielle Schnittstelle enthalten.
-outfile berichten
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