Dies ist der Befehl disulfinder, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
Disulfinder – Prädiktor für den Disulfidbindungszustand und die Konnektivität von Cysteinen
ZUSAMMENFASSUNG
disulfinder [OPTIONEN]
BESCHREIBUNG
„Disulfinder“ dient zur Vorhersage des Disulfidbindungszustands von Cysteinen und ihren
Disulfid-Konnektivität ausgehend von der Sequenz allein. Eine große Rolle spielen Disulfidbrücken
bei der Stabilisierung des Faltungsprozesses für mehrere Proteine. Vorhersage von Disulfid
Brücken allein aus der Sequenz sind daher nützlich für die Untersuchung struktureller und funktioneller Zusammenhänge
Eigenschaften bestimmter Proteine. Darüber hinaus Kenntnisse über den Disulfidbindungszustand
von Cysteinen kann den experimentellen Strukturbestimmungsprozess unterstützen und nützlich sein
in anderen genomischen Annotationsaufgaben. „disulfinder“ sagt Disulfidmuster in zwei Teilen voraus
Rechenschritte: (1) Der Disulfidbindungszustand jedes Cysteins wird durch a vorhergesagt
Binärer Klassifikator BRNN-SVM; (2) Cysteine, von denen bekannt ist, dass sie an der Bildung beteiligt sind
von Brücken werden durch ein rekursives neuronales Netzwerk gepaart, um ein Konnektivitätsmuster zu erhalten.
REFERENZEN
A. Ceroni, A. Passerini, A. Vullo und P. Frasconi. DISULFIND: ein Disulfid-Bindungszustand
und Cysteine Connectivity Prediction Server, Nucleic Acids Research, 34 (Webserver
Ausgabe):W177-W181, 2006.
Informationen zum Disulfid-Konnektivitätsprädiktor finden Sie unter:
A. Vullo und P. Frasconi. Disulfid-Konnektivitätsvorhersage mithilfe rekursiver neuronaler Methoden
Netzwerke und evolutionäre Informationen, Bioinformatik, 20, 653-659, 2004.
Für den Cystein-Bindungszustandsprädiktor siehe:
P. Frasconi, A. Passerini und A. Vullo. Eine zweistufige SVM-Architektur zur Vorhersage des
Disulfidbindungszustand von Cysteinen, Proc. IEEE-Workshop zu neuronalen Netzen für Signale
Verarbeitung, S. 25–34, 2002.
A. Ceroni, P. Frasconi, A. Passerini und A. Vullo. Vorhersage des Disulfidbindungszustands von
Cysteine mit Kombinationen von Kernel-Maschinen, Journal of VLSI Signal Processing, 35,
287-295, 2003.
OPTIONAL
-a, --alternatives=NUMBER
Alternative Konnektivitätsmuster (Standard=3)
-o, --output=DIR
Ausgabeverzeichnis, in dem Vorhersagen gespeichert werden (Standard = $PWD)
-p, --psi2=DATEI|VERZEICHNIS
Eingabe im psi2-Format (PSI-BLAST-Matrix in ASCII), entweder eine einzelne Datei oder eine
Verzeichnis(?). Generieren Sie dies mit „blastpgp -j -Q FILE" mit N >= 2.
-r, --rootdir=DIR
Arbeitsverzeichnis (Standard=~/disulfinder)
-k, --pkgdatadir=DIR
Paketdatenverzeichnis mit Modellen (Standard=/usr/share/disulfinder)
-F, --format={html|ascii}
Ausgabeformattyp (Standard = ASCII)
-d --blastdb=DIR
Option „blastpgp -d“ (Standard=/data/sp+trembl)
-c, --cleanpred
Zwischenvorhersagedateien bereinigen (Standard=false)
-P, --usepssm
Verwenden Sie pssm anstelle von counts für Profile (Standard = false).
-C, --knownbondingstate
Gehen Sie davon aus, dass der Bindungsstatus bekannt ist (eine Datei für jede Kette im Verzeichnis).
/Predictions/Bondstate/Viterbi) (Standard=false)
-v, --version
Disulfinder-Version
-?, --Hilfe
Hilfebildschirm
Beispiele:
"disulfinder -a 1 -p /usr/share/doc/disulfinder/examples/res_id_41483.blastPsiMatTmb -o
./disulfinder_results_dir"
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