Dies ist der Befehlspunkt, der im kostenlosen OnWorks-Hosting-Provider mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, Windows-Online-Emulator oder MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
dotter - Sequence Dotplots mit Bildverbesserungswerkzeugen.
ZUSAMMENFASSUNG
Punkt [Optionen] [X-Optionen]
BESCHREIBUNG
Referenz: Sonnhammer ELL & Durbin R (1995). Ein Dot-Matrix-Programm mit Dynamik
Schwellenwertkontrolle geeignet für genomische DNA- und Proteinsequenzanalyse. Gen
167(2): GC1-10.
Zulässige Typen:
Protein - Protein DNA - DNA DNA -
Proteine
Option:
-b
Batch-Modus, Punktdiagramm schreiben in
-l
Punktdiagramm laden von
-m
Speichernutzungslimit in MB (Standard 0.5)
-z
Zoomfaktor (Kompressionsfaktor) einstellen
-p
Pixelfaktor manuell einstellen (Verhältnis Pixelwert/Score)
-W
Legen Sie die Größe des Schiebefensters fest. (K => Karlin/Altschul-Schätzung)
-M
Score-Matrix einlesen von (Blast-Format; Standard: Blosum62).
-F
Einlesen von Sequenzen und Daten aus (ersetzt Sequenzdateien).
-f
Lesen Sie Feature-Segmente von
-H Berechnen Sie beim Start kein Punktdiagramm.
-R Umgekehrtes Greyramp-Tool beim Start.
-r Horizontal_sequence umkehren und ergänzen (DNA vs. Protein)
-D Bei Selbstvergleichen kein Spiegelbild anzeigen
-w Für DNA: horizontal_sequence nur oberster Strang (Watson)
-c Für DNA: horizontal_sequence nur unterer Strang (Crick)
-q
Horizontal_Sequenz-Offset
-s
Vertikaler_Sequenz-Offset
Einige X-Optionen: -acefont Hauptschriftart. -Schriftart Menü-Schriftart.
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