Dies ist der Befehl faidx, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
faidx – Sequenzen von FASTA abrufen
ZUSAMMENFASSUNG
faidx [-h] [-b BED] [-o OUT] [-i {bed,chromsizes,nucleotid,transposed}] [-c] [-r] [-n |
-F] [-x] [-l] [-s DEFAULT_SEQ] [-d DELIMITER] [-g REGEX] [-m | -M] [--version] fasta
[Regionen [Regionen ...]]
BESCHREIBUNG
Rufen Sie Sequenzen von FASTA ab. Wenn keine Regionen angegeben sind, gelten alle Einträge in der Eingabedatei
ist zurückgekommen. Die Eingabe-FASTA-Datei muss konsistent mit Zeilenumbrüchen versehen sein, ebenso wie der Zeilenumbruch bei der Ausgabe
basiert auf den Längen der Eingabezeilen.
OPTIONAL
Positionsbezogen Argumente
fasta FASTA-Datei
Regionen
Durch Leerzeichen getrennte Bereiche der abzurufenden Sequenz, z. B. chr1:1-1000
Optional Argumente
-h, --help
Diese Hilfemeldung anzeigen und beenden
-b BETT, --Bett BED
Bettdatei der Regionen
-o AUS, --aus OUT
Name der Ausgabedatei (Standard: stdout)
-i {bed,chromsizes,nucleotid,transposed}, --verwandeln
{bed,chromsizes,nucleotid,transposed}
Transformieren Sie die angeforderten Regionen in ein anderes Format. Standard: Keine
-c, --ergänzen
ergänzen die Sequenz. Standard: Falsch
-r, --umkehren
die Reihenfolge umkehren. Standard: Falsch
-n, --Keine Namen
Sequenznamen aus der Ausgabe weglassen. Standard: Falsch
-f, --ganze Namen
Vollständige Namen inklusive Beschreibung ausgeben. Standard: Falsch
-x, --split-files
Schreiben Sie jede Region in eine separate Datei (Namen werden von Regionen abgeleitet)
-l, --faul
ausfüllen --default-seq für fehlende Bereiche. Standard: Falsch
-s DEFAULT_SEQ, --default-seq DEFAULT_SEQ
Standardbasis für fehlende Positionen und Maskierung. Standard: N
-d Trennzeichen, --Trennzeichen TRENNZEICHEN
Trennzeichen zum Aufteilen von Namen in mehrere Werte (doppelte Namen werden angezeigt).
verworfen). Standard: Keine
-g REGEX, --regex REGEX
Regulärer Ausdruck zum Filtern nicht übereinstimmender Sequenznamen. Standard: .*
-m, --mask-with-default-seq
Maskieren Sie die FASTA-Datei mit --default-seq Standard: Falsch
-M, --mask-by-case
Maskieren Sie die FASTA-Datei, indem Sie sie in Kleinbuchstaben umwandeln. Standard: Falsch
--Version
Pyfaidx-Versionsnummer ausgeben
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