featureCounts - Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

featureCounts – ein hocheffizientes und genaues Lesezusammenfassungsprogramm

ANWENDUNG

featureCounts [Optionen] -a -o Eingabedatei1 [Eingabedatei2]
...

Erforderliche Argumente:

-a
Name einer Anmerkungsdatei. Standardmäßig das GTF-Format. Sehen -F Option für weitere Formate.

-o
Name der Ausgabedatei einschließlich Leseanzahl. Eine separate Datei inklusive Zusammenfassung
Die Statistik der Zählergebnisse ist ebenfalls in der Ausgabe enthalten (` .Zusammenfassung')

Eingabedateien
Liste der Eingabedateien im BAM- oder SAM-Format. Benutzer müssen nicht angeben, ob es sich um BAM oder handelt
SAM.

Optionale Argumente:

-A
Name einer durch Kommas getrennten Datei, einschließlich der zum Abgleich verwendeten Chromosomen-Aliasnamen
Chromosomennamen, die in der Annotation verwendet werden, mit denen, die in der BAM/SAM-Eingabe verwendet werden, falls vorhanden
anders. Informationen zum Dateiformat finden Sie im Benutzerhandbuch.

-F
Geben Sie das Format der bereitgestellten Anmerkungsdatei an. Zu den zulässigen Formaten gehören „GTF“ und „
„SAF“. Standardmäßig „GTF“. Eine Beschreibung des SAF-Formats finden Sie im Benutzerhandbuch.

-t
Geben Sie den Feature-Typ in der GTF-Annotation an. standardmäßig „exon“. Zum Lesen verwendete Funktionen
Die Zählung wird mithilfe des bereitgestellten Werts aus der Anmerkung extrahiert.

-g
Geben Sie den Attributtyp in der GTF-Annotation an. standardmäßig „gene_id“. Verwendete Metafunktionen
Für die Lesezählung wird der bereitgestellte Wert aus der Annotation extrahiert.

-f Führen Sie eine Lesezählung auf Merkmalsebene durch (z. B. Zählen von Lesevorgängen für Exons statt
Gene).

-O Weisen Sie allen überlappenden Metafunktionen (oder Funktionen, falls vorhanden) Lesevorgänge zu -f is
spezifiziert).

-s
Führen Sie eine strangspezifische Lesezählung durch. Mögliche Werte: 0 (ungestrandet), 1
(verseilt) und 2 (umgekehrt verseilt). Standardmäßig 0.

-M Multi-Mapping-Lesevorgänge werden ebenfalls gezählt. Bei einem Multimapping-Lesevorgang wird alles gemeldet
Ausrichtungen werden gezählt. Zur Erkennung wird das Tag „NH“ in der BAM/SAM-Eingabe verwendet
Multi-Mapping-Lesevorgänge.

-Q
Der Mindestwert für die Zuordnungsqualität, den ein Lesevorgang erfüllen muss, um gezählt zu werden. Für
Bei Paired-End-Lesevorgängen sollte mindestens ein Ende dieses Kriterium erfüllen. Standardmäßig 0.

-T
Anzahl der Threads. 1 standardmäßig.

-v Ausgabeversion des Programms.

-J Zählen Sie die Anzahl der Lesevorgänge, die jede Exon-Exon-Verbindung unterstützen. Kreuzungen waren
identifiziert aus diesen Exon-übergreifenden Lesevorgängen in der Eingabe (enthält „N“ in CIGAR).
Zeichenfolge). Zählergebnisse werden in einer Datei mit dem Namen „ .jcounts'

-G
Die Fasta-Datei, die das Referenzgenom enthält, das bei der Generierung des Eingabe-SAM oder verwendet wurde
BAM-Dateien. Dieses Argument wird nur bei der Knotenzählung benötigt.

-R Geben Sie für jeden Lesevorgang ein detailliertes Zuordnungsergebnis aus. Es wird eine Textdatei für generiert
Jede Eingabedatei, einschließlich der Namen der Lesevorgänge und der gelesenen Meta-Features/Features, war
Zugewiesen an. Weitere Einzelheiten finden Sie im Benutzerhandbuch.

--largestOverlap
Weisen Sie Lesevorgänge einem Meta-Feature/Feature zu, das die meisten Überlappungen aufweist
Basen.

--minOverlap
Geben Sie die Mindestanzahl überlappender Basen an, die zwischen einem Lesevorgang und einem Lesevorgang erforderlich sind
Meta-Feature/Feature, dem der Lesevorgang zugeordnet ist. 1 standardmäßig.

--read2pos <5: 3>
Reduzieren Sie die Lesevorgänge auf die 5 Fuß am weitesten entfernte Basis oder die 3 Fuß am weitesten entfernte Basis. Anschließend wird eine Lesezählung durchgeführt
basierend auf der einzelnen Basis, auf die der Lesevorgang reduziert wird.

--readExtension5 Lesevorgänge werden stromaufwärts um erweitert Basen von ihren
5' Ende.

--readExtension3 Lesevorgänge werden stromaufwärts um erweitert Basen von ihren
3' Ende.

--Fraktion
Verwenden Sie für jede gemeldete Ausrichtung eine Bruchzählung von 1/n anstelle von 1 (einer) Zählung
eines Multi-Mapping-Lesevorgangs in der Lesezählung. n ist die Gesamtzahl der gemeldeten Ausrichtungen
für den Multi-Mapping-Read. Diese Option muss zusammen mit der Option „-M“ verwendet werden.

--primär
Zählen Sie nur primäre Ausrichtungen. Primäre Ausrichtungen werden mit Bit 0x100 identifiziert
SAM/BAM-FLAG-Feld.

--ignoreDup
Ignorieren Sie doppelte Lesevorgänge bei der Lesezählung. Doppelte Lesevorgänge werden mithilfe von Bit identifiziert
Ox400 im BAM/SAM-FLAG-Feld. Das gesamte Lesepaar wird ignoriert, wenn einer der Lesevorgänge dies tut
ein doppelter Lesevorgang für gepaarte Enddaten.

--countSplitAlignmentsOnly Zählt nur geteilte Alignments (d. h. Alignments mit
CIGAR-String mit „N“). Ein Beispiel für Split-Alignments sind Exon-übergreifende Lesevorgänge
in RNA-seq-Daten.

-p Zählen Sie Fragmente (Lesepaare) anstelle einzelner Lesevorgänge. Für jedes Lesepaar ist es
Bei der BAM/SAM-Eingabe müssen zwei Lesevorgänge nebeneinander liegen.

-P Überprüfen Sie die Gültigkeit des Paired-End-Abstands, wenn Sie Lesepaare zählen. Verwenden -d und -D zu
Schwellenwerte festlegen.

-d
Mindestfragment-/Vorlagenlänge, standardmäßig 50.

-D
Maximale Fragment-/Vorlagenlänge, standardmäßig 600.

-B Zählen Sie nur Lesepaare, deren beide Enden erfolgreich ausgerichtet sind.

-S
Geben Sie die Ausrichtung von zwei Lesevorgängen aus demselben Paar an, standardmäßig „fr“.
(vorwärts, rückwärts).

-C Zählen Sie keine Lesepaare, deren beide Enden unterschiedlichen Chromosomen zugeordnet sind
oder Zuordnung zum gleichen Chromosom, aber auf unterschiedlichen Strängen.

--donotsort
Lesevorgänge in der BAM/SAM-Eingabe nicht sortieren. Beachten Sie, dass Lesevorgänge aus demselben Paar erforderlich sind
in der Eingabe nebeneinander liegen.

--maxMOp
Maximale Anzahl von „M“-Operationen, die in einer CIGAR-Zeichenfolge zulässig sind. Standardmäßig 10. Beide
„X“ und „=“ werden als „M“ behandelt und benachbarte „M“-Operationen werden im CIGAR zusammengeführt
String.

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