Dies ist der Befehlsfuchs, der im kostenlosen OnWorks-Hosting-Provider über eine unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, Windows-Online-Emulator oder MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
fox - ab-initio-Strukturbestimmung aus Beugungsdaten
ZUSAMMENFASSUNG
Fuchs [Optionen] [Datei.xml]
BESCHREIBUNG
Das Fuchs (Free Objects for Crystallography) Programm wurde für den Ab-initio-Kristall erstellt
Strukturlösung aus Beugungsdaten. Seine interessantesten Funktionen für ab initio
Strukturbestimmung sind:
* vielseitige Beschreibung des Kristallinhalts;
* automatische Korrektur für spezielle Positionen und gemeinsame Atome zwischen Polyedern;
* die Fähigkeit, gleichzeitig mehrere Pulvermuster zu verwenden;
* intelligente globale Optimierungsalgorithmen;
* eine grafische Oberfläche mit einer 3D-Kristallstrukturansicht und Live-Updates während der
Optimierungsprozess.
OPTIONAL
Dieses Programm kann mit oder ohne Kommandozeilenoptionen oder Eingabedatei (file.xml) ausgeführt werden.
Es folgt der üblichen GNU-Befehlszeilensyntax mit langen Optionen, die mit zwei Bindestrichen beginnen
(`-'). Nachfolgend finden Sie eine Zusammenfassung der Optionen. Eine vollständige Beschreibung finden Sie beim Fuchs
Wiki http://objcryst.sourceforge.net/Fox/Manual
--help Zusammenfassung der Optionen anzeigen.
--loadfouriergrd Karte.grd
'map.grd' Fourier-Karte mit (erster) Kristallstruktur laden und anzeigen
--loadfourierdsn6 Karte.DN6
Laden und Anzeigen einer DSN6-Fourier-Karte mit (erster) Kristallstruktur
- nogui
Ohne GUI ausführen, startet automatisch die Optimierung --nogui kann begleitet werden von
die folgenden Optionen:
-n 10000
Höchstens 10000 Versuche ausführen (Standard: 1000000)
--nbrun 5
Führen Sie 5 Läufe durch, randomisieren Sie vor jedem Lauf (Standard: 1), verwenden Sie -1, um auf unbestimmte Zeit zu laufen
-o aus.xml
Ausgabe in 'out.xml'
- randomisieren
Zufällige Erstkonfiguration
--Leise
Erzeuge (fast) keine Textausgabe
--Endkosten 0.15
Optimierung ausführen bis Kosten < 0.15
--cif2pattern 1.5406 170 5000 .1
Muster für Eingangskristall simulieren, Wellenlänge = 1.5406 bis 170° mit 500 Punkten
undeine Spitzenbreite von 0.1°
Beispiele:
Fox Silikon.xml
Laden Sie die Datei 'silicon.xml' und starten Sie die GUI.
Fox Cimetidin-Pulver.xml - nogui - randomisieren -n 1000000 -o beste.xml
Datei 'ktartrate.xml' laden, randomisieren, dann 1 Optimierung von 1 Million Versuchen durchführen,
und speichern Sie die beste Struktur in 'best.xml'.
Fox Cimetidin-Pulver.xml - nogui - randomisieren -n 10000000 --nbrun 10 -o beste.xml
Laden Sie die Datei 'Cimetidine-powder.xml' und machen Sie dann 10 Durchläufe (beginnend mit einem zufälligen
Struktur) von 10 Millionen Versuchen (jeder Lauf speichert eine xml-Datei) und speichern Sie die besten
Struktur in 'best.xml'.
Fox Cimetidin-Pulver.xml - nogui --Leise - randomisieren -n 10000000 --nbrun 10 --Endkosten
200000 -o beste.xml
Laden Sie die Datei 'Cimetidine-powder.xml' und führen Sie dann 10 stille Läufe mit 10 Millionen Versuchen durch
(jeder Lauf speichert eine xml-Datei) und speichern Sie die beste Struktur in 'best.xml'. Für jeden
ausgeführt wird, stoppt die Optimierung, wenn die Kosten unter 200000 sinken.
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