Dies ist der Befehl freecontact, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
freecontact – schneller Proteinkontakt-Prädiktor
ZUSAMMENFASSUNG
kostenloser Kontakt [OPTION]
freecontact --parprof [evfold|psicov|psicov-sd] <align.aln>contacts.out
/usr/share/freecontact/a2m2aln --query '^RASH_HUMAN/(\d+)' <align.fa | kostenloser Kontakt
--parprof evfold >contacts.out
freecontact --ali=ALIFILE --apply-gapth=BOOL --clustpc=NUM --density=NUM --cov20=BOOL
--estimate-ivcov=BOOL --gapth=NUM --icme-timeout=NUM --input-format=[flat|xml]
--mincontsep=NUM --Ausgabeformat=[evfold|pfrmat_rr|bioxsd] --pseudocnt=NUM
--pscount-weight=NUM --rho=NUM --threads=NUM --veczw=BOOL
freecontact --help --debug --quiet --version
BESCHREIBUNG
FreeContact ist ein auf Geschwindigkeit optimierter Proteinrückstandskontakt-Prädiktor. FreeContact kann
Funktion als beschleunigtes Drop-In für die veröffentlichten Kontaktprädiktoren EVfold-mfDCA von
DS. Marks et al. (2011) [1] und PSICOV von D. Jones et al. (2011) [2].
FreeContact wird durch eine Kombination aus Vektoranweisungen, mehreren Threads und beschleunigt
schnellere Umsetzung wichtiger Teile. Je nach Ausrichtung 8-fache oder höhere Beschleunigungen
möglich sind.
Für aussagekräftige Ergebnisse ist eine ausreichend große Ausrichtung erforderlich. Zumindest ein
Ausrichtung mit einer effektiven (nachgewichteten) Sequenzanzahl, die größer als die Länge der ist
Die Abfragesequenz sollte verwendet werden. Ausrichtungen mit Zehntausenden von (effektiven) Sequenzen
gelten als guter Input.
Jackhmmer(1) oder hhblits(1) kann beispielsweise zur Generierung der Alignments verwendet werden.
[1] PLoS One. 2011;6(12):e28766. doi: 10.1371/journal.pone.0028766. Epub 2011, 7. Dezember.
3D-Struktur eines Proteins, berechnet aus evolutionärer Sequenzvariation. Marks DS, Colwell LJ,
Sheridan R, Hopf TA, Pagnani A, Zecchina R, Sander C.
[2] Bioinformatik. 2012. Januar 15;28(2):184-90. Epub 2011, 17. November. PSICOV: präzise
Strukturkontaktvorhersage unter Verwendung einer spärlichen inversen Kovarianzschätzung für große Vielfache
Sequenzausrichtungen. Jones DT, Buchan DW, Cozzetto D, Pontil M.
zufuhr
Die folgenden Formate werden unterstützt:
Wohnung
Das folgende einfache Eingabedateiformat wird verwendet:
# querystart=5
# query=QUERYwithinsertionSEQUENCEWITHNOGAPSORINSERTIONS
ABFRAGESEQUENZOHNE GAPPS ODER EINFÜGE
-ALIGNED---SEQUENCE--WITH-GAPS-----
EINE ANDERE AUSGERICHTETE------------SEQUENZ
Die „#“-Kopfzeilen sind optional. Kopfzeilen werden zur Berechnung des Kontaktrückstands verwendet
Zahlen und zum Nachschlagen entsprechender Abfragereste für bestimmte Ausgabeformate.
Wenn keine Abfrage definiert ist, wird die erste Sequenz im Alignment als Abfrage verwendet
Reihenfolge. Die Abfragesequenz darf keine Lücken im Alignment enthalten.
Alle Ausrichtungszeilen müssen die gleiche Länge haben und dürfen nur enthalten
[ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ-]. [B] ist auf [D] abgebildet, [Z] ist auf [E] abgebildet, [JOUX] ist zugeordnet
auf [X] abgebildet. [X] stimmt für das gesamte Programm nur mit sich selbst überein.
A2M-Eingabeausrichtungen können mit in das oben genannte Format konvertiert werden
/usr/share/freecontact/a2m2aln. a2m2aln kann verwendet werden, um die Ausrichtung direkt zu verrohren
in den Freikontakt.
xml XML-Dokument mit einemhttp://rostlab.org/freecontact/xsd"/>
Element, definiert im FreeContact-Schema [4], abgeleitet von BioXSD [5].
Beispiel: /usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.xml.
Output
Das ursprüngliche EVfold-mfDCA- oder PSICOV-Ausgabeformat wird standardmäßig verwendet, wenn das jeweilige
Parameterprofil ausgewählt ist.
evfold (EVfold-mfDCA)
5 K 6 L 0.332129 3.59798
| | | | | + korrigierter Norm-Kontaktwert (CN).
| | | | + Wert für gegenseitige Information (MI).
| | | + Kontakt-Aminosäurerestcode
| | + Kontaktrückstandsnummer
| + Kontakt-Aminosäurerestcode
+ Kontaktrückstandsnummer
Kontakte werden nach Restnummer sortiert.
pfrmat_rr (PSICOV)
Format der CASP-Rest-Rest-Trennungsvorhersage (PFRMAT RR) [3]:
+55 67 0 8
| | | | + Kontaktpunktzahl
| | +-+ Bereich [Å] des für das Restpaar vorhergesagten Cb-Cb-Abstands
| | (C-alpha für Glycine)
| | Diese beiden Felder sind in der Ausgabe unveränderlich.
| + Kontaktrückstandsnummer
+ Kontaktrückstandsnummer
Die Kontakte werden nach Punktzahl absteigend sortiert.
[3]http://predictioncenter.org/casp10/index.cgi?page=format>
bioxsd
XML-Dokument mit einemhttp://rostlab.org/freecontact/xsd"/>
Element, definiert im FreeContact-Schema [4], abgeleitet von BioXSD [5].
Beispiel: /usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.evfold.50.xml.
Hinweis: Da BioXSD in Zusammenarbeit mit FreeContact aktiv weiterentwickelt wird, ist das
Das FreeContact-Schema könnte tatsächlich von einer Version abgeleitet sein, die unter [5] noch nicht verfügbar ist.
[4]
[5]http://bioxsd.org>
Die Ausgabe listet möglicherweise nicht alle möglichen Kontakte auf.
REFERENZEN
Eingereicht. FreeContact: schnelle und kostenlose direkte Rückstand-Rückstand-Kontaktvorhersage.
Kaján L, Sustik MA, Marks DS, Hopf TA, Kalaš M, Rost B.
OPTIONAL
-a [ --threads ] arg
Zu verwendende Threads [0-). 0 bedeutet so viele wie Kerne.
--apply-gapth arg
Wenn „true“, Restspalten und -zeilen mit einer gewichteten Lückenhäufigkeit > ausschließen --Lücke
aus der Kovarianzmatrix [Boolean].
-c [ --clustpc ] arg
BLOSUM-Cluster-Prozentsatz [0–100].
--cov20 arg
Wenn dies zutrifft, lassen Sie eine Aminosäure aus der Kovarianzmatrix weg, damit sie nicht überbestimmt ist
[Boolescher Wert].
-d [ --density ] arg
Zielpräzisionsmatrixdichte [0-1]. Satz 0 um die Dichte nicht zu kontrollieren.
--debuggen
Aktivieren Sie das Debuggen.
--estimate-ivcov arg
Verwenden Sie die inverse Kovarianzmatrixschätzung anstelle der Matrixinversion [Boolesch].
-f [ --ali ] arg (=-)
Ausrichtungsdatei [Pfad]. Wenn „-“, Standardeingabe. Standard: '-'.
-g [ --gapth ] arg
Gewichteter Schwellenwert für die Lückenhäufigkeit (0–1).
-h [ --help ]
Erstellen Sie diese Hilfenachricht.
-i [ --input-format ] arg (=flat)
Eingabeformat [flat|xml].
--icme-timeout arg (=1800)
Timeout für die Schätzung der inversen Kovarianzmatrix in Sekunden [0-). Auf jede Iversion angewendet
selbstständig anrufen. Wenn eine Zeitüberschreitung auftritt, wird das Programm mit dem Status beendet 2.
--mincontsep arg
Minimaler sequenzweiser Abstand von Kontaktrestpaaren, angegeben in Aminosäuren als
(ji>=arg). 1 für benachbarte Reste. [1-).
-o [ --output-format ] arg
Ausgabeformat [evfold|pfrmat_rr|bioxsd].
--parprof arg (=Standard)
Parameterprofil (optional) [default|evfold|psicov]. Das Standardprofil ist evfold.
Befehlszeilenargumente können zum Überschreiben von Profilwerten verwendet werden.
evfold
Löst den EVfold-mfDCA [1]-Kompatibilitätsmodus aus.
psikov
Löst den PSICOV [2]-Kompatibilitätsmodus aus.
psikov-sd
Löst PSICOV [2] sinnvollen Standardmodus aus: festes Standard-Rho, keine Dichtekontrolle.
-w [ --pscount-weight ] arg
Pseudocount-Gewicht [0-1].
-p [ --pseudocnt ] arg
Pseudocount [0-).
--Pep
Effektive Parameter auf Standardfehler drucken. Verwenden Sie diese Option, um die Parameter anzuzeigen
kostenloser Kontakt(1) wird im Detail ausgeführt. Dies ist besonders nützlich, wenn die --parprof
Option wird in Kombination mit anderen Optionen verwendet.
--rho arg
Anfangswert des Glasso-Regularisierungsparameters [0-). Wenn negativ, wählen Sie den Wert
automatisch.
--quiet arg (=0)
Gibt bei Standardfehlern nur Fehlermeldungen aus. Betrifft nicht --debuggen.
--veczw arg
Verwenden Sie die vektorisierte Sequenzgewichtung, sofern verfügbar [Boolean].
--Version
Druckversion.
EXIT STATUS
0 Kein Fehler - Erfolg.
1 Unspezifizierter Fehler.
2 Eine Zeitüberschreitung (siehe --icme-timeout) aufgetreten.
Beispiele:
/usr/share/freecontact/a2m2aln --query '^RASH_HUMAN/(\d+)' < '/usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.fa' | \
freecontact --parprof evfold > PF00071_v25_1000.evfold
freecontact --parprof evfold -i xml -o bioxsd < '/usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.xml' > PF00071_v25_1000.evfold.xml
freecontact --parprof psicov < /usr/share/doc/freecontact/examples/demo_1000.aln > demo_1000.psicov
ANMERKUNG
Für eine optimale Leistung verwenden Sie die Automatically Tuned Linear Algebra Software (ATLAS).
Bibliothek kompiliert on Maschine wo freecontact ausgeführt wird.
Nutzen Sie Freecontact online über die Dienste von onworks.net
