gmx-eneconv – Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

gmx-eneconv – Energiedateien konvertieren

ZUSAMMENFASSUNG

gmx eneconv [-f [<.edr> [...]]] [-o [<.edr>]] [-b ] [-e ]
[-DT ] [-Versatz ] [-[keine] Settime] [-[no]sortieren]
[-[no]rmdh] [-scalefac ] [-[kein Fehler]

BESCHREIBUNG

Mit der mehrere Dateien angegeben für die -f Option:

Verkettet mehrere Energiedateien in sortierter Reihenfolge. Bei doppelten Zeitfenstern beträgt die
eine in der späteren Datei wird verwendet. Durch Angabe -Zeit einstellen Sie werden nach der Startzeit gefragt
jeder Datei. Die Eingabedateien werden von der Befehlszeile übernommen, sodass der Befehl gmx
eneconv -f *.edr -o behoben.edr sollte den Trick machen.

Mit der dank One Datei angegeben für -f:

Liest eine Energiedatei und schreibt eine andere und wendet dabei die an -DT, -Versatz, -t0 und -Zeit einstellen
Optionen und Konvertierung in ein anderes Format, falls erforderlich (erkennbar an Dateierweiterungen).

-Zeit einstellen wird dann zuerst angewendet -DT/-Versatz gefolgt von -b und -e um die Frames auszuwählen
zu schreiben.

OPTIONAL

Optionen zum Angeben von Eingabedateien:

-f [<.edr> [...]] (ener.edr)
Energiedatei

Optionen zum Angeben von Ausgabedateien:

-o [<.edr>] (fixed.edr)
Energiedatei

Andere Optionen:

-b (-1)
Zum ersten Mal im Einsatz

-e (-1)
Letztes Mal zu verwenden

-DT (0)
Frame nur ausschreiben, wenn t MOD dt = Offset

-Versatz (0)
Zeitversatz für -DT zu erhalten

-[keine] Settime (Nein)
Startzeit interaktiv ändern

-[no]sortieren (Ja)
Energiedateien sortieren (keine Frames)

-[no]rmdh (Nein)
Entfernen Sie die Blockdaten für freie Energie

-scalefac (1)
Energieanteil mit diesem Faktor multiplizieren

-[kein Fehler (Ja)
Stoppen Sie bei Fehlern in der Datei

BEKANNT PROBLEME

· Beim Kombinieren von Trajektorien werden Sigma und E^2 (notwendig für Statistiken) nicht aktualisiert
korrekt. Nur die tatsächliche Energie ist korrekt. Man muss also Statistiken berechnen
ein anderer Weg.

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