Dies ist der Befehl gmx-filter, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
gmx-filter – Frequenzfilter-Trajektorien, nützlich für die Erstellung flüssiger Filme
ZUSAMMENFASSUNG
GMX-Filter [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-ol [<.xtc/.trr/...>]] [-Oh [<.xtc/.trr/...>]]
[-b ] [-e ] [-DT ] [-[jetzt] [-nf ]
[-[Nicht alle] [-[no]nojump] [-[passt nicht]
BESCHREIBUNG
gmx Filter führt eine Frequenzfilterung auf einer Trajektorie durch. Die Filterform ist cos(pi t/A)
+ 1 von -A bis +A, wobei A durch die Option gegeben ist -nf mal den Zeitschritt in der Eingabe
Flugbahn. Dieser Filter reduziert Schwankungen bei Periode A um 85 %, bei Periode 2*A um 50 %
und mit Periode 3*A um 17 % für die Tiefpassfilterung. Sowohl ein Tiefpass- als auch ein Hochpassfilter
Flugbahn kann geschrieben werden.
Option -ol schreibt eine tiefpassgefilterte Flugbahn. Es wird jeweils ein Frame geschrieben -nf Varianten des Eingangssignals:
Rahmen. Dieses Verhältnis von Filterlänge und Ausgabeintervall gewährleistet eine gute Unterdrückung von
Aliasing von Hochfrequenzbewegungen, was für die Erstellung flüssiger Filme nützlich ist. Auch Durchschnittswerte
von Eigenschaften, die in den Koordinaten linear sind, bleiben erhalten, da alle Eingaberahmen
werden in der Ausgabe gleich gewichtet. Wenn alle Rahmen benötigt werden, verwenden Sie die -alles .
Option -Oh schreibt eine hochpassgefilterte Flugbahn. Die hochpassgefilterten Koordinaten sind
zu den Koordinaten aus der Strukturdatei hinzugefügt. Bei Verwendung einer Hochpassfilterung verwenden -passen
Oder stellen Sie sicher, dass Sie eine Flugbahn verwenden, die an die Koordinaten in der Struktur angepasst wurde
Datei.
OPTIONAL
Optionen zum Angeben von Eingabedateien:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Flugbahn: xtc trr cpt gro g96 pdb tng
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (Optional)
Struktur+Masse(db): tpr gro g96 pdb brk ent
-n [<.ndx>] (index.ndx) (Optional)
Indexdatei
Optionen zum Angeben von Ausgabedateien:
-ol [<.xtc/.trr/...>] (lowpass.xtc) (Optional)
Flugbahn: xtc trr gro g96 pdb tng
-Oh [<.xtc/.trr/...>] (highpass.xtc) (Optional)
Flugbahn: xtc trr gro g96 pdb tng
Andere Optionen:
-b (0)
Erster Frame (ps), der von der Flugbahn gelesen werden soll
-e (0)
Letzter Frame (ps), der von der Flugbahn gelesen werden soll
-DT (0)
Frame nur verwenden, wenn t MOD dt = erstes Mal (ps)
-[jetzt (Nein)
Ausgabe ansehen .xvg, .xpm, .eps und .pdb Dateien
-nf (10)
Legt die Filterlänge sowie das Ausgabeintervall für die Tiefpassfilterung fest
-[Nicht alle (Nein)
Schreiben Sie alle tiefpassgefilterten Frames
-[no]nojump (Ja)
Entferne Sprünge von Atomen über die Box
-[passt nicht (Nein)
Passen Sie alle Frames an eine Referenzstruktur an
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