Dies ist der Befehl gmx-gyrate, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
gmx-gyrate – Berechnet den Gyrationsradius
ZUSAMMENFASSUNG
gmx gyrate [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-acf [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-DT ] [-[jetzt] [-xvg ] [-nmol ] [-[nein]q]
[-[nein]S] [-[nein]moi] [-nz ] [-acflen ]
[-[no]normalisieren] [-P ] [-fitfn ]
[-Beginfit ] [-Endfit ]
BESCHREIBUNG
gmx Kreisel berechnet den Gyrationsradius eines Moleküls und die Gyrationsradien um
die x-, y- Und z-Achsen als Funktion der Zeit. Die Atome sind explizit massegewichtet.
Die Achsenkomponenten entsprechen dem massengewichteten Effektivwert der Radien
Komponenten orthogonal zu jeder Achse, zum Beispiel:
Rg(x) = sqrt((sum_i m_i (R_i(y)^2 + R_i(z)^2))/(sum_i m_i)).
Mit der -nmol Mit dieser Option wird der Gyrationsradius für mehrere Moleküle berechnet
Aufteilen der Analysegruppe in gleich große Teile.
Mit der Option -nz 2D-Trägerradien im xy Ebene der Scheiben entlang der z-Achse sind
berechnet.
OPTIONAL
Optionen zum Angeben von Eingabedateien:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Flugbahn: xtc trr cpt gro g96 pdb tng
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Struktur+Masse(db): tpr gro g96 pdb brk ent
-n [<.ndx>] (index.ndx) (Optional)
Indexdatei
Optionen zum Angeben von Ausgabedateien:
-o [<.xvg>] (gyrate.xvg)
xvgr/xmgr-Datei
-acf [<.xvg>] (moi-acf.xvg) (Optional)
xvgr/xmgr-Datei
Andere Optionen:
-b (0)
Erster Frame (ps), der von der Flugbahn gelesen werden soll
-e (0)
Letzter Frame (ps), der von der Flugbahn gelesen werden soll
-DT (0)
Frame nur verwenden, wenn t MOD dt = erstes Mal (ps)
-[jetzt (Nein)
Ausgabe ansehen .xvg, .xpm, .eps und .pdb Dateien
-xvg
xvg-Plotformatierung: xmgrace, xmgr, none
-nmol (1)
Die Anzahl der zu analysierenden Moleküle
-[nein]q (Nein)
Verwenden Sie als Gewichtungsfaktor den Absolutwert der Ladung eines Atoms anstelle der Masse
-[nein]S (Nein)
Berechnen Sie die Trägheitsradien um die Hauptachsen.
-[nein]moi (Nein)
Berechnen Sie die Trägheitsmomente (definiert durch die Hauptachsen).
-nz (0)
Berechnen Sie die 2D-Gyrationsradien dieser Anzahl von Scheiben entlang der Z-Achse
-acflen (-1)
Länge des ACF, Standard ist die halbe Anzahl der Frames
-[no]normalisieren (Ja)
ACF . normalisieren
-P (0)
Ordnung des Legendre-Polynoms für ACF (0 bedeutet keines): 0, 1, 2, 3
-fitfn (Keine)
Fit-Funktion: keine, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9
-Beginfit (0)
Zeitpunkt, an dem die exponentielle Anpassung der Korrelationsfunktion beginnt
-Endfit (-1)
Zeitpunkt, an dem die exponentielle Anpassung der Korrelationsfunktion beendet wird, -1 ist bis zum
Ende
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