Dies ist der Befehl gmx-hbond, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
gmx-hbond – Berechnen und analysieren Sie Wasserstoffbrückenbindungen
ZUSAMMENFASSUNG
gmx hbond [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]]
[-num [<.xvg>]] [-g [<.log>]] [-ac [<.xvg>]]
[-Distanz [<.xvg>]] [-ang [<.xvg>]] [-hx [<.xvg>]]
[-hbn [<.ndx>]] [-hbm [<.xpm>]] [-Don [<.xvg>]]
[-Dan [<.xvg>]] [-Leben [<.xvg>]] [-nhbdist [<.xvg>]]
[-b ] [-e ] [-DT ] [-Sie ]
[-xvg ] [-a ] [-r ] [-[nein]da]
[-r2 ] [-ein Eimer ] [-rbin ] [-[no]nitacc]
[-[kein Kontakt] [-Schale ] [-fitstart ]
[-fitend ] [-Temp ] [-Dump ]
[-max_hb ] [-[nicht]zusammenführen] [-acflen ]
[-[no]normalisieren] [-P ] [-fitfn ]
[-Beginfit ] [-Endfit ]
BESCHREIBUNG
gmx hbond berechnet und analysiert Wasserstoffbrückenbindungen. Wasserstoffbrückenbindungen werden basierend auf bestimmt
Grenzwerte für den Winkel Wasserstoff – Donor – Akzeptor (Nullpunkt wird erweitert) und den Abstand
Donor-Akzeptor (oder Wasserstoff-Akzeptor). -noda). Als OH- und NH-Gruppen gelten
Donoren, O ist immer ein Akzeptor, N ist standardmäßig ein Akzeptor, dies kann jedoch geändert werden
mit automatisierten -nitacc. Es wird angenommen, dass Scheinwasserstoffatome mit dem ersten Vorgänger verbunden sind
Nicht-Wasserstoffatom.
Sie müssen zwei Gruppen für die Analyse angeben, die entweder identisch sein müssen oder
nicht überlappend. Alle Wasserstoffbrückenbindungen zwischen den beiden Gruppen werden analysiert.
Wenn Sie einstellen -Schale, werden Sie nach einer zusätzlichen Indexgruppe gefragt, die enthalten soll
genau ein Atom. In diesem Fall gibt es nur Wasserstoffbrückenbindungen zwischen Atomen innerhalb der Hülle
Dabei werden die Entfernungen von einem Atom berücksichtigt.
Mit der Option -ac können Geschwindigkeitskonstanten für die Wasserstoffbrückenbindung mit dem Modell von abgeleitet werden
Luzar und Chandler (Nature 394, 1996; J. Chem. Phys. 113:23, 2000) oder die von Markovitz
und Agmon (J. Chem. Phys 129, 2008). Wenn die Kontaktkinetik mithilfe des analysiert wird
-contact-Option, dann kann n(t) entweder als alle Paare definiert werden, die nicht in Kontakt sind
Abstand r zum Zeitpunkt t (entsprechend dem Belassen der Option -r2 auf dem Standardwert 0) oder
alle Paare, die sich innerhalb des Abstands r2 befinden (entsprechend der Festlegung eines zweiten Grenzwerts).
mit Option -r2). Weitere Einzelheiten und Definitionen finden Sie in der genannten Literatur.
Ausgang:
· -num: Anzahl der Wasserstoffbrückenbindungen als Funktion der Zeit.
· -ac: Durchschnitt über alle Autokorrelationen der Existenzfunktionen (entweder 0 oder 1)
aller Wasserstoffbrückenbindungen.
· -Distanz: Abstandsverteilung aller Wasserstoffbrückenbindungen.
· -ang: Winkelverteilung aller Wasserstoffbrücken.
· -hx: die Anzahl der n-n+i Wasserstoffbrückenbindungen als Funktion der Zeit, wobei n und n+i stehen
für Restzahlen und i reicht von 0 bis 6. Dazu gehören n-n+3, n-n+4 und
n-n+5 Wasserstoffbrücken, die mit Helices in Proteinen verbunden sind.
· -hbn: alle ausgewählten Gruppen, Donoren, Wasserstoffe und Akzeptoren für ausgewählte Gruppen, alle
wasserstoffgebundene Atome aller Gruppen und alle an der Insertion beteiligten Lösungsmittelatome.
· -hbm: Existenzmatrix für alle Wasserstoffbrücken über alle Systeme, diese enthält auch
Informationen zur Lösungsmittelinsertion in Wasserstoffbrückenbindungen. Die Bestellung ist identisch
in -hbn Indexdatei.
· -Dan: Geben Sie die Anzahl der analysierten Spender und Akzeptoren für jeden Zeitrahmen an. Das
ist besonders nützlich bei der Verwendung -Schale.
· -nhbdist: Berechnen Sie die Anzahl der H-Bindungen pro Wasserstoff, um die Ergebnisse damit zu vergleichen
Raman-Spektroskopie.
Hinweis: Optionen -ac, -Leben, -hbn und -hbm erfordern eine proportionale Speichermenge
Gesamtzahl der Spender multipliziert mit der Gesamtzahl der Akzeptoren in der/den ausgewählten Gruppe(n).
OPTIONAL
Optionen zum Angeben von Eingabedateien:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Flugbahn: xtc trr cpt gro g96 pdb tng
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Tragbare xdr-Eingabedatei ausführen
-n [<.ndx>] (index.ndx) (Optional)
Indexdatei
Optionen zum Angeben von Ausgabedateien:
-num [<.xvg>] (hbnum.xvg)
xvgr/xmgr-Datei
-g [<.log>] (hbond.log) (Optional)
Logdatei
-ac [<.xvg>] (hbac.xvg) (Optional)
xvgr/xmgr-Datei
-Distanz [<.xvg>] (hbdist.xvg) (Optional)
xvgr/xmgr-Datei
-ang [<.xvg>] (hbang.xvg) (Optional)
xvgr/xmgr-Datei
-hx [<.xvg>] (hbhelix.xvg) (Optional)
xvgr/xmgr-Datei
-hbn [<.ndx>] (hbond.ndx) (Optional)
Indexdatei
-hbm [<.xpm>] (hbmap.xpm) (Optional)
X PixMap-kompatible Matrixdatei
-Don [<.xvg>] (Spender.xvg) (Optional)
xvgr/xmgr-Datei
-Dan [<.xvg>] (danum.xvg) (Optional)
xvgr/xmgr-Datei
-Leben [<.xvg>] (hblife.xvg) (Optional)
xvgr/xmgr-Datei
-nhbdist [<.xvg>] (nhbdist.xvg) (Optional)
xvgr/xmgr-Datei
Andere Optionen:
-b (0)
Erster Frame (ps), der von der Flugbahn gelesen werden soll
-e (0)
Letzter Frame (ps), der von der Flugbahn gelesen werden soll
-DT (0)
Frame nur verwenden, wenn t MOD dt = erstes Mal (ps)
-Sie (ps)
Einheit für Zeitwerte: fs, ps, ns, us, ms, s
-xvg
xvg-Plotformatierung: xmgrace, xmgr, none
-a (30)
Grenzwinkel (Grad, Wasserstoff – Donor – Akzeptor)
-r (0.35)
Abschneideradius (nm, X – Akzeptor, siehe nächste Option)
-[nein]da (Ja)
Verwenden Sie den Abstand Donor-Akzeptor (falls TRUE) oder Wasserstoff-Akzeptor (FALSE).
-r2 (0)
Zweiter Abschneideradius. Hauptsächlich nützlich mit -Kontakt und -ac
-ein Eimer (1)
Binwidth-Winkelverteilung (Grad)
-rbin (0.005)
Binwidth-Abstandsverteilung (nm)
-[no]nitacc (Ja)
Betrachten Sie Stickstoffatome als Akzeptoren
-[kein Kontakt (Nein)
Suchen Sie nicht nach Wasserstoffbrückenbindungen, sondern lediglich nach Kontakten innerhalb der Grenzentfernung
-Schale (-1)
wenn > 0, berechnen Sie nur Wasserstoffbrückenbindungen innerhalb der # nm-Hülle um ein Teilchen
-fitstart (1)
Zeit (ps), ab der mit der Anpassung der Korrelationsfunktionen begonnen werden soll, um sie zu erhalten
die Vorwärts- und Rückwärtsgeschwindigkeitskonstanten für das Brechen und Formen von HB. Mit -gemfit
wir schlagen vor -fitstart 0
-fitend (60)
Zeit (ps), bis zu der die Anpassung der Korrelationsfunktionen beendet werden muss, um die zu erhalten
Vorwärts- und Rückwärtsgeschwindigkeitskonstanten für HB-Bruch und -Bildung (nur mit
-gemfit)
-Temp (298.15)
Temperatur (K) zur Berechnung der Gibbs-Energie entsprechend dem HB-Bruch und
reformieren
-Dump (0)
Entsorgen Sie die ersten N-Wasserstoffbrücken-ACFs in einem einzigen .xvg Datei zum Debuggen
-max_hb (0)
Theoretische maximale Anzahl von Wasserstoffbrückenbindungen, die zur Normalisierung von HB verwendet werden
Autokorrelationsfunktion. Kann nützlich sein, falls das Programm es falsch schätzt
-[nicht]zusammenführen (Ja)
H-Brücken zwischen demselben Donor und Akzeptor, jedoch mit unterschiedlichem Wasserstoff
als eine einzelne H-Bindung behandelt. Hauptsächlich wichtig für die ACF.
-acflen (-1)
Länge des ACF, Standard ist die halbe Anzahl der Frames
-[no]normalisieren (Ja)
ACF . normalisieren
-P (0)
Ordnung des Legendre-Polynoms für ACF (0 bedeutet keines): 0, 1, 2, 3
-fitfn (Keine)
Fit-Funktion: keine, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9
-Beginfit (0)
Zeitpunkt, an dem die exponentielle Anpassung der Korrelationsfunktion beginnt
-Endfit (-1)
Zeitpunkt, an dem die exponentielle Anpassung der Korrelationsfunktion beendet wird, -1 ist bis zum
Ende
BEKANNT PROBLEME
· Die Option -Salz Das, was früher bei ausgewählten hbonds funktionierte, ist außer Betrieb und daher nicht
vorerst verfügbar.
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