Dies ist der Befehl gmx-make_ndx, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
gmx-make_ndx – Indexdateien erstellen
ZUSAMMENFASSUNG
gmx make_ndx [-f [<.gro/.g96/...>]] [-n [<.ndx> [...]]] [-o [<.ndx>]]
[-Natome ] [-[kein]Zwilling]
BESCHREIBUNG
Indexgruppen sind für fast jedes GROMACS-Programm notwendig. Alle diese Programme können
Generieren Sie Standardindexgruppen. Sie müssen NUR verwenden gmx make_ndx wenn Sie das Besondere brauchen
Indexgruppen. Es gibt eine Standardindexgruppe für das gesamte System, 9 Standardindexgruppen
für Proteine, und für jeden anderen Restnamen wird eine Standardindexgruppe generiert.
Auch wenn keine Indexdatei bereitgestellt wird gmx make_ndx generiert die Standardgruppen. Mit
Im Indexeditor können Sie Atom-, Rest- und Kettennamen und -nummern auswählen. Wenn ein Lauf
Da die Eingabedatei mitgeliefert wird, können Sie auch den Atomtyp auswählen. Sie können NOT, AND und OR verwenden
kann Gruppen in Ketten, Reste oder Atome spalten. Sie können Gruppen löschen und umbenennen.
Die Atomnummerierung im Editor und in der Indexdatei beginnt bei 1.
Das -Zwilling Der Schalter dupliziert alle Indexgruppen mit einem Offset von -Natome, was nützlich ist
für computergestützte Elektrophysiologie-Doppelschichtmembranaufbauten.
OPTIONAL
Optionen zum Angeben von Eingabedateien:
-f [<.gro/.g96/...>] (conf.gro) (Optional)
Strukturdatei: gro g96 pdb brk ent insb tpr
-n [<.ndx> [...]] (index.ndx) (Optional)
Indexdatei
Optionen zum Angeben von Ausgabedateien:
-o [<.ndx>] (index.ndx)
Indexdatei
Andere Optionen:
-Natome (0)
Anzahl der Atome festlegen (Standard: aus Koordinaten- oder Indexdatei lesen)
-[kein]Zwilling (Nein)
Duplizieren Sie alle Indexgruppen mit einem Offset von -natoms
Verwenden Sie gmx-make_ndx online über die Dienste von onworks.net
