gmx-sham – Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

gmx-sham – Berechnen Sie freie Energien oder andere Histogramme aus Histogrammen

ZUSAMMENFASSUNG

GMX-Schein [-f [<.xvg>]] [-geben Sie [<.xvg>]] [-ene [<.xvg>]] [-Distanz [<.xvg>]]
[-histo [<.xvg>]] [-Behälter [<.ndx>]] [-LP [<.xpm>]]
[-ls [<.xpm>]] [-lsh [<.xpm>]] [-lss [<.xpm>]]
[-ls3 [<.pdb>]] [-g [<.log>]] [-[jetzt] [-xvg ]
[-[Keine Zeit] [-b ] [-e ] [-ttol ]
[-n ] [-[nicken] [-[keine] Täuschung] [-tsham ]
[-pmin ] [-dim ] [-ngrid ]
[-xmin ] [-xmax ] [-pmax ]
[-gmax ] [-emin ] [-emax ]
[-nStufen ]

BESCHREIBUNG

gmx Schein erstellt mehrdimensionale Darstellungen der freien Energie, der Enthalpie und der Entropie. gmx Schein liest
ein oder mehr .xvg Dateien und analysiert Datensätze. Der grundlegende Zweck von gmx Schein ist zu plotten
Gibbs-freie Energielandschaften (Option -ls) von Bolzmann invertiert mehrdimensional
Histogramme (Option -LP), aber es kann auch Enthalpie erzeugen (Option -lsh) und Entropie (Option
-lss) Grundstücke. Die Histogramme können für alle vom Benutzer eingegebenen Mengen erstellt werden. Eine Zeile rein
Die Eingabedatei kann mit einer Uhrzeit beginnen (siehe Option -Zeit) und beliebig viele y-Werte können
folgen. Mehrere Sätze können auch gelesen werden, wenn sie durch & (Option) getrennt werden -n), in diesem
Fall nur eins y-value wird aus jeder Zeile gelesen. Alle Zeilen, die mit # und @ beginnen, sind
übersprungen.

Option -geben Sie kann verwendet werden, um eine Datei mit freien Energien zu versorgen, wenn das Ensemble keine ist
Boltzmann-Ensemble, muss aber durch diese freie Energie beeinflusst werden. Ein Wert für freie Energie ist
für jeden (mehrdimensionalen) Datenpunkt im erforderlich -f Eingang.

Option -ene kann verwendet werden, um eine Datei mit Energien zu versorgen. Diese Energien werden als verwendet
Gewichtungsfunktion in der Einzelhistogramm-Analysemethode von Kumar et al. Wann
Temperaturen werden angegeben (als zweite Spalte in der Datei), eine experimentelle Gewichtung
Schema angewendet wird. Darüber hinaus werden die Werte zur Erstellung von Enthalpie- und Entropiediagrammen verwendet.

Mit der Option -dimFür Abstände können Maße angegeben werden. Wenn ein Abstand 2- oder beträgt
Dreidimensional nimmt der von zwei Partikeln abgetastete Umfang oder die Oberfläche mit zu
zunehmende Entfernung. Je nachdem, was man zeigen möchte, kann man sich für eine Korrektur entscheiden
das Histogramm und die freie Energie für diesen Volumeneffekt. Die Wahrscheinlichkeit wird durch r normalisiert
und r^2 für die Dimensionen 2 bzw. 3. Der Wert -1 wird verwendet, um anzugeben
Winkel in Grad zwischen zwei Vektoren: Es wird eine Sin(Winkel)-Normalisierung angewendet. Note
dass für Winkel zwischen Vektoren das innere Produkt oder der Kosinus die natürliche Größe ist
verwenden, da dadurch Behälter mit dem gleichen Volumen entstehen.

OPTIONAL

Optionen zum Angeben von Eingabedateien:

-f [<.xvg>] (Grafik.xvg)
xvgr/xmgr-Datei

-geben Sie [<.xvg>] (gibbs.xvg) (Optional)
xvgr/xmgr-Datei

-ene [<.xvg>] (esham.xvg) (Optional)
xvgr/xmgr-Datei

Optionen zum Angeben von Ausgabedateien:

-Distanz [<.xvg>] (ener.xvg) (Optional)
xvgr/xmgr-Datei

-histo [<.xvg>] (edist.xvg) (Optional)
xvgr/xmgr-Datei

-Behälter [<.ndx>] (bindex.ndx) (Optional)
Indexdatei

-LP [<.xpm>] (prob.xpm) (Optional)
X PixMap-kompatible Matrixdatei

-ls [<.xpm>] (gibbs.xpm) (Optional)
X PixMap-kompatible Matrixdatei

-lsh [<.xpm>] (enthalpy.xpm) (Optional)
X PixMap-kompatible Matrixdatei

-lss [<.xpm>] (entropy.xpm) (Optional)
X PixMap-kompatible Matrixdatei

-ls3 [<.pdb>] (gibbs3.pdb) (Optional)
Proteindatenbankdatei

-g [<.log>] (shamlog.log) (Optional)
Logdatei

Andere Optionen:

-[jetzt (Nein)
Ausgabe ansehen .xvg, .xpm, .eps und .pdb Dateien

-xvg
xvg-Plotformatierung: xmgrace, xmgr, none

-[Keine Zeit (Ja)
Erwarten Sie eine Zeit in der Eingabe

-b (-1)
Zum ersten Mal vom Set gelesen

-e (-1)
Letztes Mal, um vom Set zu lesen

-ttol (0)
Zeittoleranz in geeigneten Einheiten (normalerweise ps)

-n (1)
Lesen Sie diese Anzahl von Sätzen, getrennt durch Zeilen, die nur ein kaufmännisches Und enthalten

-[nicken (Nein)
Verwenden Sie die Ableitung

-[keine] Täuschung (Ja)
Schalten Sie die Energiegewichtung aus, auch wenn Energien angegeben sind

-tsham (298.15)
Temperatur für die Analyse eines einzelnen Histogramms

-pmin (0)
Minimale Wahrscheinlichkeit. Alles, was darunter liegt, wird auf Null gesetzt

-dim (1 1 1)
Bemaßungen für Abstände, die zur Volumenkorrektur verwendet werden (max. 3 Werte, Bemaßungen > 3).
erhält den gleichen Wert wie der letzte)

-ngrid (32 32 32)
Anzahl der Bins für Energielandschaften (maximal 3 Werte, Dimensionen > 3 erhalten die
gleicher Wert wie der letzte)

-xmin (0 0 0)
Minimum für die Achsen in der Energielandschaft (siehe oben für > 3 Dimensionen)

-xmax (1 1 1)
Maximum für die Achsen in der Energielandschaft (siehe oben für > 3 Dimensionen)

-pmax (0)
Maximale Wahrscheinlichkeit in der Ausgabe, Standard ist Berechnen

-gmax (0)
Maximale freie Energie im Ausgang, Standard ist „Berechnen“.

-emin (0)
Minimale Enthalpie in der Ausgabe, Standard ist „Berechnen“.

-emax (0)
Maximale Enthalpie in der Ausgabe, Standard ist „Berechnen“.

-nStufen (25)
Anzahl der Ebenen für die Energielandschaft

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