Dies ist der Befehl gmx-spol, der im kostenlosen OnWorks-Hosting-Provider über eine unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, Windows-Online-Emulator oder MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
gmx-spol - Analysieren Sie die Orientierung und Polarisation von Lösungsmitteldipolen um gelöste Stoffe
ZUSAMMENFASSUNG
gmx spol [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ] [-DT ] [-[jetzt]
[-xvg ] [-[kein COM] [-fett ] [-min ]
[-rmax ] [-tauchen ] [-sw ]
BESCHREIBUNG
gmx Geschlecht analysiert Dipole um einen gelösten Stoff; es ist besonders nützlich für polarisierbares Wasser.
Eine Gruppe von Referenzatomen oder eine Schwerpunktreferenz (Option -mit) und eine Gruppe von
Lösungsmittelatome erforderlich. Das Programm zerlegt die Gruppe der Lösungsmittelatome in Moleküle.
Für jedes Lösungsmittelmolekül ist der Abstand zum nächsten Atom in der Referenzgruppe oder zum
COM wird bestimmt. Eine kumulative Verteilung dieser Distanzen ist aufgetragen. Für jeden
Abstand zwischen -min und -rmax das innere Produkt aus Distanzvektor und Dipol
des Lösungsmittelmoleküls bestimmt. Für Lösungsmittelmoleküle mit Nettoladung (Ionen) ist die
die Nettoladung des Ions wird bei der Auswahl jedes Ions gleichmäßig von allen Atomen abgezogen.
Der Durchschnitt dieser Dipolkomponenten wird gedruckt. Das gleiche wird für die Polarisation gemacht,
wobei der durchschnittliche Dipol vom momentanen Dipol abgezogen wird. Die Größe der
durchschnittlicher Dipol wird mit der Option eingestellt -tauchen, die Richtung wird durch den Vektor von
das erste Atom in der ausgewählten Lösungsmittelgruppe bis zur Mitte zwischen dem zweiten und dem
drittes Atom.
OPTIONAL
Optionen zum Angeben von Eingabedateien:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Flugbahn: xtc trr cpt gro g96 pdb tng
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Tragbare xdr-Eingabedatei ausführen
-n [<.ndx>] (index.ndx) (Optional)
Indexdatei
Optionen zum Angeben von Ausgabedateien:
-o [<.xvg>] (scdist.xvg)
xvgr/xmgr-Datei
Andere Optionen:
-b (0)
Erster Frame (ps), der von der Flugbahn gelesen werden soll
-e (0)
Letzter Frame (ps), der von der Flugbahn gelesen werden soll
-DT (0)
Frame nur verwenden, wenn t MOD dt = erstes Mal (ps)
-[jetzt (Nein)
Ausgabe ansehen .xvg, .xpm, .eps und .pdb Dateien
-xvg
xvg-Plotformatierung: xmgrace, xmgr, none
-[kein COM (Nein)
Verwenden Sie den Massenmittelpunkt als Referenzposition
-fett (1)
Das Referenzatom des Lösungsmittelmoleküls
-min (0)
Maximaler Abstand (nm)
-rmax (0.32)
Maximaler Abstand (nm)
-tauchen (0)
Der durchschnittliche Dipol (D)
-sw (0.01)
Die Behälterbreite
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