Dies ist der Befehl gt-ltrharvest, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
gt-ltrharvest – LTR-Retrotransposons vorhersagen.
ZUSAMMENFASSUNG
gt ltrharvest [Option ...] -index
BESCHREIBUNG
-Index [Schnur]
Geben Sie den Namen des erweiterten Suffix-Array-Index an (erforderlich) (Standard: undefiniert)
-Angebot [Anfang Ende]
Geben Sie den Bereich in der/den Eingabesequenz(en) an, in dem nach LTR-Paaren gesucht wird (Standard:
[0..0])
-Samen [Wert]
Geben Sie die minimale Seed-Länge für exakte Wiederholungen an (Standard: 30)
-minlenltr [Wert]
Geben Sie die Mindestlänge für jede LTR an (Standard: 100).
-maxlenltr [Wert]
Geben Sie die maximale Länge für jeden LTR an (Standard: 1000).
-mindistltr [Wert]
Geben Sie den Mindestabstand der LTR-Startpositionen an (Standard: 1000)
-maxdistltr [Wert]
Geben Sie den maximalen Abstand der LTR-Startpositionen an (Standard: 15000)
-ähnlich [Wert]
Geben Sie den Ähnlichkeitsschwellenwert im Bereich [1..100 %] an (Standard: 85.000000)
-mintsd [Wert]
Geben Sie die Mindestlänge für jedes TSD an (Standard: 4)
-maxtsd [Wert]
Geben Sie die maximale Länge für jedes TSD an (Standard: 20)
-Motiv [Schnur]
Geben Sie 2 Nukleotide als Startmotiv + 2 Nukleotide als Endmotiv an: ** (Standard: undefiniert)
-Motivmis [Wert]
Geben Sie die maximale Anzahl von Nichtübereinstimmungen im Motiv an [0,3] (Standard: 4)
-vic [Wert]
Geben Sie die Anzahl der Nukleotide (links und rechts) an, die durchsucht werden sollen
für TSDs und/oder Motive um die 5'- und 3'-Grenze der vorhergesagten LTR-Retrotransposons
(Standard: 60)
-Überschneidungen [...]
Geben Sie no|best|all an (Standard: best)
-xdrop [Wert]
Geben Sie xdropbelowscore für die Erweiterungsausrichtung an (Standard: 5)
-Matte [Wert]
Geben Sie den Matchscore für die Erweiterungsausrichtung an (Standard: 2).
-Miss [Wert]
Geben Sie den Mismatchscore für die Erweiterungsausrichtung an (Standard: -2).
-ins [Wert]
Geben Sie den Einfügungswert für die Erweiterungsausrichtung an (Standard: -3).
-des [Wert]
Geben Sie den Deletionscore für die Erweiterungsausrichtung an (Standard: -3)
-v [ja|nein]
Ausführlicher Modus (Standard: Nein)
-tüber [ja|nein]
erklären alt tabellarische Ausgabe statt GFF3 auf stdout (Standard: ja)
-seqids [ja|nein]
Verwenden Sie Sequenzbeschreibungen anstelle von Sequenznummern in der GFF3-Ausgabe (Standard: Nein).
-md5 [ja|nein]
MD5-Hashes zu Seqids in der GFF3-Ausgabe hinzufügen (Standard: Nein)
-lange Ausgabe [ja|nein]
zusätzliche Motiv-/TSD-Ausgabe (Standard: nein)
-aus [Schnur]
Geben Sie den Namen der FASTA-Ausgabedatei an (Standard: undefiniert)
-outinner [Schnur]
Geben Sie den Namen der FASTA-Ausgabedatei für innere Regionen an (Standard: undefiniert).
-gff3 [Schnur]
Geben Sie den Namen der GFF3-Ausgabedatei an (Standard: undefiniert)
-Versatz [Wert]
Offset zu GFF3-Koordinaten hinzugefügt (Standard: 0)
-Scan [ja|nein]
Scannen Sie den Index nacheinander, anstatt ihn vollständig im Speicher abzubilden (Standard: Ja).
-Hilfe
Hilfe für grundlegende Optionen anzeigen und beenden
-Hilfe+
Hilfe zu allen Optionen anzeigen und beenden
-Ausführung
Versionsinformationen anzeigen und beenden
ZUSÄTZLICH INFORMATIONEN
Detaillierte Informationen finden Sie im Handbuch von ltrharvest.
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