Dies ist der Befehl hhmake, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
hhmake – Erstellen Sie ein HMM aus einer Eingabeausrichtung oder konvertieren Sie zwischen dem HMMER-Format und HHsearch
Format
ZUSAMMENFASSUNG
hhmake -i Datei [Optionen]
BESCHREIBUNG
HHmake Version 2.0.16 (Januar 2013) Erstellen Sie ein HMM aus einer Eingabeausrichtung in A2M, A3M oder
FASTA-Format oder Konvertierung zwischen HMMER-Format (.hmm) und HHsearch-Format (.hhm). Remmert
M, Biegert A, Hauser A und Soding J. HHblits: Blitzschnelle iterative Proteinsequenz
Suche nach HMM-HMM-Ausrichtung. Nat. Methoden 9:173-175 (2011). (C) Johannes Soeding,
Michael Remmert, Andreas Biegert, Andreas Hauser
-i
Abfrageausrichtung (A2M, A3M oder FASTA) oder Abfrage-HMM
Output Optionen:
-o
HMM-Datei, in die geschrieben werden soll (Standard= )
-a
HMM-Datei, an die angehängt werden soll
-v
ausführlicher Modus: 0:keine Bildschirmausgabe 1:nur Warnungen 2: ausführlich
-seq
max. Anzahl der angezeigten Abfrage-/Vorlagensequenzen (def=10) Vorsicht vor Überläufen! Alle
Diese Sequenzen werden im Speicher gespeichert.
-Nachteile Machen Sie die Konsenssequenz zur Mastersequenz der Abfrage-MSA
-Name
Verwenden Sie diesen Namen für HMM (Standard: Name der ersten Sequenz verwenden)
Filtern Sie die Abfrage mehrerer Sequenzausrichtungen
-id [0,100] maximale paarweise Sequenzidentität (%) (def=90)
-Diff [0,inf[
Filtern Sie MSA, indem Sie die unterschiedlichsten Sequenzen auswählen und mindestens so viele beibehalten
seqs in jedem MSA-Block der Länge 50 (def=100)
-cov [0,100] Mindestabdeckung mit Abfrage (%) (def=0)
-qid [0,100] minimale Sequenzidentität mit Abfrage (%) (def=0)
-qsc [0,100] Mindestpunktzahl pro Spalte mit Abfrage (def=-20.0)
-neff [1,inf]
Target Diversity of Alignment (default=off)
zufuhr Ausrichtung Format:
-M a2m A2M/A3M verwenden (Standard): Großbuchstaben = Übereinstimmung; Kleinbuchstaben = Einfügen; '-' = Löschen; '.' =
Lücken auf Einlagen ausgerichtet (kann weggelassen werden)
-M zuerst
Verwenden Sie FASTA: Spalten mit Resten in der 1. Sequenz sind Übereinstimmungszustände
-M [0,100]
FASTA verwenden: Spalten mit weniger als X % Lücken sind Übereinstimmungsstatus
Pseudoanzahl (Stück) Optionen:
-pcm 0-2 Positionsabhängigkeit der PC-Beimischung „Tau“ (PC-Modus, Standard = 0)
0: keine Pseudozählungen:
Tau = 0
1: konstant
tau = a
2: Diversitätsabhängig: tau = a/(1 + ((Neff[i]-1)/b)^c) (Neff[i]: Anzahl von
Effektive Sequenzen im lokalen MSA um Spalte i) 3: Pseudocounts mit konstanter Diversität
-PCA [0,1] Gesamt-Pseudozahl-Beimischung (def=1.0)
-Leiterplatte [1,inf[ Neff-Schwellenwert für -pcm 2 (Def=1.5)
-pcc [0,3] Exponentialexponent c für -pcm 2 (Def=1.0)
-pre_pca [0,1]
PREFILTER Pseudocount-Beimischung (def=0.8)
-pre_pcb [1,inf[ PREFILTER-Schwellenwert für Neff (def=1.8)
Kontextspezifisch Pseudozahlen:
-nocontxt
Substitutionsmatrix anstelle kontextspezifischer Pseudozählungen verwenden
-Kontext Kontextdatei zum Berechnen kontextspezifischer Pseudozahlen
(Standard=./data/context_data.lib)
-cslib
Spaltenstatusdatei für schnelle Datenbankvorfilterung (default=./data/cs219.lib)
Beispiel: hhmake -i test.a3m
Nutzen Sie hhmake online über die Dienste von onworks.net
