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PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

hhsearch – Durchsuchen Sie eine Datenbank von HMMs mit einer Abfrageausrichtung oder einem Abfrage-HMM

ZUSAMMENFASSUNG

hhsearch -i query -d Datenbank [Optionen]

BESCHREIBUNG

HHsearch Version 2.0.16 (Januar 2013) Durchsuchen Sie eine Datenbank von HMMs mit einer Abfrageausrichtung oder
Anfrage HMM (C) Johannes Soeding, Michael Remmert, Andreas Biegert, Andreas Hauser Soding,
J. Nachweis der Proteinhomologie durch HMM-HMM-Vergleich. Bioinformatik 21:951-960 (2005).

-i
Eingabe/Abfrage mehrerer Sequenzausrichtungen (a2m, a3m, FASTA) oder HMM

-d
HMM-Datenbank mit verketteten HMMs im HHM-, HMMER- oder A3M-Format, ODER, falls die Datei vorhanden ist
Erweiterung pal, Liste der HMM-Dateinamen, einer pro Zeile. Mehrere Datenbanken, HMMs oder Kumpel
Dateien mit -d ' ...'

kann durchweg 'stdin' oder 'stdout' sein.

Ausgang Optionen:
-o
Ergebnisse im Standardformat in Datei schreiben (default= )

-Ofas
schreiben paarweise Alignments signifikanter Übereinstimmungen im FASTA-Format Analog für
Ausgabe im a3m-, a2m- und psi-Format (z. B -Oa3m)

-oa3m
Schreiben Sie MSA von signifikanten Übereinstimmungen im A3M-Format. Analog für die Ausgabe in A2M, Psi,
und hhm-Format (z. B -ohhm)

-e [0,1]
E-Wert-Grenzwert für die Aufnahme in mehrere Alignments (def=0.001)

-seq
max. Anzahl der angezeigten Abfrage-/Vorlagensequenzen (def=1) Vorsicht vor Überläufen! Alle
Diese Sequenzen werden im Speicher gespeichert.

-Nachteile Konsensussequenz als Mastersequenz der Abfrage-MSA anzeigen

-nocons
Konsenssequenz in Alignments nicht anzeigen (Standard = anzeigen)

-nopred
Vorhergesagte 2. Struktur in Ausrichtungen nicht anzeigen (Standard = anzeigen)

-nodssp
DSSP-Zweitstruktur in Alignments nicht anzeigen (Standard = anzeigen)

-ssconf
Zeigen Sie Konfidenzen für die vorhergesagte Zweitstruktur in Ausrichtungen an

-p
Mindestwahrscheinlichkeit in Zusammenfassung und Ausrichtungsliste (def=20)

-E
maximaler E-Wert in Zusammenfassung und Ausrichtungsliste (def=1E+06)

-Z
maximale Anzahl von Zeilen in der zusammenfassenden Trefferliste (def=500)

-z
Mindestanzahl von Zeilen in der zusammenfassenden Trefferliste (def=10)

-B
Maximale Anzahl von Alignments in der Alignment-Liste (def=500)

-b
Mindestanzahl von Alignments in der Alignment-Liste (def=10)

-aliw [40,..[
Anzahl der Spalten pro Zeile in der Ausrichtungsliste (def=80)

-dbstrlen
Maximale Länge der Datenbankzeichenfolge, die in der HHR-Datei gedruckt werden soll

Filtern Sie die Abfrage mehrerer Sequenzausrichtungen

-id [0,100] maximale paarweise Sequenzidentität (%) (def=90)

-Diff [0,inf[
Filtern Sie MSA, indem Sie die unterschiedlichsten Sequenzen auswählen und mindestens so viele beibehalten
seqs in jedem MSA-Block der Länge 50 (def=100)

-cov [0,100] Mindestabdeckung mit Abfrage (%) (def=0)

-qid [0,100] minimale Sequenzidentität mit Abfrage (%) (def=0)

-qsc [0,100] Mindestpunktzahl pro Spalte mit Abfrage (def=-20.0)

-neff [1,inf]
Target Diversity of Alignment (default=off)

Eingang Ausrichtung Format:
-M a2m A2M/A3M verwenden (Standard): Großbuchstaben = Übereinstimmung; Kleinbuchstaben = Einfügen; '-' = Löschen; '.' =
Lücken auf Einlagen ausgerichtet (kann weggelassen werden)

-M zuerst
Verwenden Sie FASTA: Spalten mit Resten in der 1. Sequenz sind Übereinstimmungszustände

-M [0,100]
FASTA verwenden: Spalten mit weniger als X % Lücken sind Übereinstimmungsstatus

-Stichworte Neutralisieren Sie NICHT His-, C-myc-, FLAG-Tags und Trypsin-Erkennungssequenzen
Hintergrundverteilung

HMM-HMM Ausrichtung Optionen:
-norealign
die angezeigten Treffer NICHT mit dem MAC-Algorithmus neu ausrichten (def=realign)

-makt [0,1[
Posterior-Wahrscheinlichkeitsschwelle für MAC-Neuausrichtung (def=0.350) Parameterkontrollen
Ausrichtungsgier: 0:global >0.1:lokal

-globus/-loc
Verwenden Sie den globalen/lokalen Ausrichtungsmodus für die Suche/das Ranking (def=local)

-untere
Zeigen Sie bis zu diesen vielen signifikanten alternativen Ausrichtungen an (def=2)

-vit Viterbi-Algorithmus für Suche/Ranking verwenden (Standard)

-Mac Verwenden Sie den MAC-Algorithmus (Maximum Accuracy) für die Suche/Rangfolge

-nach vorne
Verwenden Sie die Vorwärtswahrscheinlichkeit für die Suche

-exkl
Abfragepositionen aus der Ausrichtung ausschließen, z. B. „1-33,97-168“

-Verschiebung [-1,1]
Score-Offset (def=-0.03)

-korr [0,1]
Gewichtung des Termes für Paarkorrelationen (def=0.10)

-SC Aminosäure-Score (tja: Vorlage HMM in Spalte j) (def=1)

0 = log2 Sum(tja*qia/pa) (pa: aa Hintergrundfrequenzen)

1 = log2 Summe(tja*qia/pqa) (pqa = 1/2*(pa+ta) )

2 = log2 Sum(tja*qia/ta) (ta: av. aa freqs in der Vorlage)

3 = log2 Sum(tja*qia/qa) (qa: av. aa freqs in der Abfrage)

5 Korrektur der lokalen Aminosäurezusammensetzung

-ssm {0,..,4}
0: keine ss-Bewertung 1,2: ss-Bewertung nach oder während der Ausrichtung [default=2] 3,4: ss
Scoring nach oder während der Ausrichtung, vorhergesagt vs. vorhergesagt

-sw [0,1] Gewichtung des SS-Scores im Vergleich zum Spaltenscore (def=0.11)

-sa [0,1] SS-Substitutionsmatrix = (1-ssa)*I + ssa*vollständige SS-Substitutionsmatrix
[def=1.00)

Lücke kosten Optionen:
-Lücke [0,inf[
Übergangs-Pseudozähler-Beimischung (def=1.00)

-Lücke [0,inf[
Übergangs-Pseudozähler-Beimischung für offene Lücke (Standard = 0.15)

-klaffen [0,1.5]
Übergangs-Pseudozähler-Beimischung für Lücke erweitern (def=1.00)

-lücke ]0,inf]
Faktor zum Erhöhen/Reduzieren der Lückenöffnungsstrafe für Löschungen (def=0.60)

-lücke ]0,inf]
Faktor zum Erhöhen/Reduzieren der Lückenöffnungsstrafe für Einfügungen (def=0.60)

-lücke ]0,inf]
Faktor zum Erhöhen/Reduzieren der Lücke, Strafe für Löschungen verlängern (def=0.60)

-gapi ]0,inf]
Faktor zur Vergrößerung/Verkleinerung der Lücke, Strafe für Einfügungen verlängern (def=0.60)

-egq [0,inf[ Strafe (Bits) für Endlücken, die auf Abfragereste ausgerichtet sind (def=0.00)

-egt [0,inf[ Strafe (Bits) für Endlücken, die an Vorlagenresten ausgerichtet sind (def=0.00)

Pseudoanzahl (Stück) Optionen:
-pcm {0,..,3}
Positionsabhängigkeit der PC-Beimischung 'tau' (PC-Modus, Standard=2) 0: keine Pseudozählungen:
tau = 0 1: konstant tau = a 2: diversitätsabhängig: tau = a/(1 +
((Neff[i]-1)/b)^c) (Neff[i]: Anzahl der effektiven Sequenzen im lokalen MSA um Spalte i)
3: Pseudocounts mit konstanter Diversität

-PCA [0,1] Gesamt-Pseudozahl-Beimischung (def=1.0)

-Leiterplatte [1,inf[ Neff-Schwellenwert für -pcm 2 (Def=1.5)

-pcc [0,3] Exponentialexponent c für -pcm 2 (Def=1.0)

Kontextspezifisch Pseudozahlen:
-nocontxt
Substitutionsmatrix anstelle kontextspezifischer Pseudozählungen verwenden

-Kontext Kontextdatei zum Berechnen kontextspezifischer Pseudozahlen
(Standard=./data/context_data.lib)

-cslib
Spaltenstatusdatei für schnelle Datenbankvorfilterung (default=./data/cs219.lib)

-csw [0,inf] Gewicht der zentralen Position im CS-Pseudocount-Modus (def=1.6)

-csb [0,1] Gewichtsabfallparameter für Positionen im CS-PC-Modus (def=0.9)

Andere Optionen:
-Zentralprozessor
Anzahl der zu verwendenden CPUs (für Shared Memory SMPs) (Standard=1)

-v
ausführlicher Modus: 0:keine Bildschirmausgabe 1:nur Warnungen 2: ausführlich

-maxres
maximale Anzahl von HMM-Spalten (def=15002)

-maxim [1,inf[ max. verfügbarer Speicher in GB (def=3.0)

-Scores schreibe Ergebnisse für alle paarweisen Vergleiche in die Datei

-Ruhe {0,..,3} empirische Score-Kalibrierung von 0:Abfrage 1:Vorlage 2:beide

Standard 3: neuronale Netzwerk-basierte Schätzung von EVD-Parametern

Beispiel: hhsearch -i a.1.1.1.a3m -d scop70_1.71.hhm

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