Dies ist der Befehl hmm2fetch, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
hmm2fetch – ein HMM aus einer HMM-Datenbank abrufen
ZUSAMMENFASSUNG
hmm2fetch [Optionen] Datenbank Name
BESCHREIBUNG
hmm2fetch ist ein kleines Dienstprogramm, das ein HMM namens abruft Name aus einer HMMER-Modelldatenbank
namens Datenbank. in einem neuen Format und druckt dieses Modell auf der Standardausgabe. Zum Beispiel,
hmm2fetch Pfam Rm Ruft das RRM-Modell (RNA-Erkennungsmotiv) von Pfam ab, wenn das
Die Umgebungsvariable HMMERDB wird auf den Speicherort der Pfam-Datenbank gesetzt. Das abgerufene
Die HMM-Datei ist im HMMER 2 ASCII-Format geschrieben.
Die Datenbank muss über eine zugehörige GSI-Indexdatei verfügen. Um eine HMM-Datenbank zu indizieren, verwenden Sie die
Programm hmm2index.
OPTIONAL
-h Kurze Hilfe ausdrucken; enthält Versionsnummer und Zusammenfassung aller Optionen, einschließlich
Expertenoptionen.
-n Interpretieren Name als HMM-Nummer anstelle eines Namens. Die Nummerierung beginnt bei 0. Für
Zum Beispiel, um das erste HMM aus einer aufgerufenen HMM-Datenbank abzurufen foo, Du würdest
hmm2fetch -n 0 foo.
Verwenden Sie hmm2fetch online über die Dienste von onworks.net
