idfetch – Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

idfetch – biologische Daten vom NCBI-ID1-Server abrufen

ZUSAMMENFASSUNG

idfetch [-] [-F str] [-G Dateinamen] [-Q Dateinamen] [-c N] [-d str] [-e N] [-f str] [-g N]
[-i N] [-l Dateinamen] [-n] [-o Dateinamen] [-q str] [-s str] [-t N]

BESCHREIBUNG

idfetch ist ein Client für den ID1-Server von NCBI, der eine große Datenbank mit Anmerkungen enthält
biologische Sequenzen.

OPTIONAL

Nachfolgend finden Sie eine Zusammenfassung der Optionen.

- Nutzungsnachricht drucken

-F str Fügen Sie die angegebenen Feature-Typen hinzu (durch Kommas getrennt); Zulässige Werte sind CDD, SNP,
SNP_graph, MGC, HPRD, STS, tRNA und microRNA.

-G Dateinamen
Datei mit Liste der GIs, (versionierten) Akzessionen und FASTA-SeqIDs zum Dump

-Q Dateinamen
Generieren Sie eine GI-Liste nach Entrez-Abfrage in Dateinamen; erfordert -dn or -dp.

-c N Maximale Komplexität:
0 Holen Sie sich den gesamten Blob (Standard)
1 Holen Sie sich die Biosequenz von Interesse
2 Holen Sie sich den minimalen Bioseq-Satz, der den interessierenden Bioseq enthält
3 Holen Sie sich den minimalen Nuk-Prot, der die interessierende Biosequenz enthält
4 Holen Sie sich das minimale Pub-Set, das die interessierende Biosequenz enthält

-d str Zu verwendende Datenbank (mit -q, Kann beides sein n für Nukleotide bzw p für Proteine).

-e N Entitätsnummer (Abrufnummer), die ausgegeben werden soll

-f str Abgeflachte SeqId. Mögliche Formate:
tippe([Name][,[Beitritt][,[Release][,Version]]]) als „5(HUMHBB)“
tippe=Beitritt
tippe:Anzahl
(tippe ist eine Zahl, die den ASN.1 Seq-id-Subtyp angibt.)

-g N GI-ID für eine einzelne Entität zum Dumpen

-i N Art der Suche:
0 Seq-Eintrag abrufen (Standard)
1 GI-Status abrufen (Ausgabe an stderr)
2 SeqIds erhalten
3 GI-Verlauf abrufen (nur Sequenzänderung)
4 Revisionsverlauf abrufen (jede Änderung an ASN.1)

-l Dateinamen
Logdatei

-n Nur die Liste der GIs ausgeben (mit -q und -Q).

-o Dateinamen
Dateiname für die Ausgabe (Standard = stdout)

-q str Generieren Sie eine Gi-Liste anhand der Entrez-Abfrage. Erfordert -dn or -dp.

-s str SeqId im FASTA-Stil in Anführungszeichen eingeschlossen. Formate:
lcl|int or str
bbs|int
bbm|int
gb|acc|loc
emb|acc|loc
pir|acc|Name
sp|acc|Name
pat|Land|Patent|ff
gi|int
dbj|acc|loc
prf|acc|Name
pdb|Eintrag|Kette

-t N Ausgabetyp:
1 Text ASN.1 (Standard)
2 binäre ASN.1
3 GenBank (nur Seq-Eintrag)
4 GenPept (nur Seq-Eintrag)
5 FASTA (Tabelle zur Historie)
6 Qualitätswerte (nur Seq-Eintrag)
7 Entrez DocSums
8 FASTA-Umkehrkomplement

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