Dies ist der unauslöschliche Befehl, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
unauslöschlich – leistungsstarker und flexibler Simulator der biologischen Evolution
ZUSAMMENFASSUNG
unauslöschlich
Über die Kommandozeile können keine Optionen übergeben werden.
BESCHREIBUNG
unauslöschlich kann die Entwicklung von mehrfach unterteilten Nukleotiden, Aminosäuren oder Codons simulieren
Datensätze durch die Prozesse des Einfügens, Löschens und Ersetzens in kontinuierlicher Weise
Zeit. Alle gängigen Evolutionsmodelle werden unterstützt.
Die vollständige Dokumentation für unauslöschlich ist verfügbar unter
/usr/share/doc/indelible/help/index.html.
CONFIGURATION
unauslöschlich liest die Einstellungen für einen Simulationslauf aus einer Datei namens control.txt der
Aktuelles Verzeichnis. Die Datei ist in Blöcke aufgeteilt, wobei jeder Block einen steuert
besonderen Aspekt der Simulation. Blöcke können weitere Unterblöcke enthalten. Kommentare können
im C- oder C++-Stil angegeben werden. Wenn unauslöschlich wird ohne vorhandene Steuerdatei ausgeführt, an
Beispieldatei wird generiert.
[TYP] tippe
Jede Steuerdatei muss mit a beginnen TYP Block. Die möglichen Typen sind NUKLEOTID,
AMINOSÄURE und KODON.
[DIE EINSTELLUNGEN]
Dieser Block gibt nicht wesentliche Benutzereinstellungen wie Ausgabedateitypen und an
Formate, Seeds für den Zufallszahlengenerator und ob detailliert ausgegeben werden soll
Berichten.
[MODELL] Modellname
Dieser Block startet ein neues Evolutionsmodell, das für die Simulation verwendet werden soll. Der
bestimmte Parameter einschließlich Substitutionsmodelle, Indelraten und Codon-Site
Modelle werden über Untermodelle gesteuert. Modellname kann ein beliebiger Name Ihrer Wahl sein.
[BAUM] Baumname Newick
Dieser Block wird verwendet, um einen Führungsbaum mit dem angegebenen Namen anzugeben Baumname.
Evolutionsabstände werden als Astlängen für den Baum dargestellt NEWICK
Format.
[GEÄST]
Mit diesen Bausteinen werden instationäre und inhomogene Prozesse simuliert.
Auf unterschiedlichen Zweigen des Führungsbaums können unterschiedliche Modelle spezifiziert werden
Zweige sollen unterschiedliche Substitutionsmodelle, Indellängenverteilung und Rate haben
Heterogenität, Grundzusammensetzung etc.
[PARTITIONEN] Partitionsname
Während jedes Laufs können mehrere Sequenzpartitionen simuliert werden. Für jede Partition
Der Leitbaum, das Evolutionsmodell und die Sequenzlänge müssen angegeben werden.
[SICH ENTWICKELN]
Innerhalb dieses Blocks können mehrere Replikate einer Partition erstellt werden.
COPYRIGHT
Copyright © 2010 William Fletcher Lizenz GPLv3+: GNU GPL Version 3 oder höher.
Dies ist freie Software: Es steht Ihnen frei, sie zu ändern und weiterzugeben. Es gibt KEINE GARANTIE,
soweit gesetzlich zulässig. Der vollständige Lizenztext ist verfügbar unter
<http://gnu.org/licenses/gpl.html>.
Danksagung
William Fletcher und Ziheng Yang (2009). UNLÖSCHBAR: Ein flexibler biologischer Simulator
Sequenzentwicklung, Molekular- Biologie und Evolution 26(8): 1879-1888.
Verwenden Sie unauslöschliche Dokumente online mit den Diensten von onworks.net
