EnglischFranzösischSpanisch

Server ausführen | Ubuntu > | Fedora > |


OnWorks-Favicon

unauslöschlich - Online in der Cloud

Läuft unlöschbar im kostenlosen OnWorks-Hosting-Provider über Ubuntu Online, Fedora Online, Windows-Online-Emulator oder MAC OS-Online-Emulator

Dies ist der unauslöschliche Befehl, der im kostenlosen OnWorks-Hosting-Provider mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, Windows-Online-Emulator oder MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann

PROGRAMM:

NAME


unauslöschlich - leistungsstarker und flexibler Simulator der biologischen Evolution

ZUSAMMENFASSUNG


unauslöschlich

Über die Kommandozeile können keine Optionen übergeben werden.

BESCHREIBUNG


unauslöschlich kann die Evolution von mehrfach verteilten Nukleotiden, Aminosäuren oder Codons simulieren
Datensätze durch die Prozesse des Einfügens, Löschens und Ersetzens in kontinuierlichen
Zeit. Alle gängigen evolutionären Modelle werden unterstützt.

Die vollständige Dokumentation für unauslöschlich ist verfügbar unter
/usr/share/doc/indelible/help/index.html.

CONFIGURATION


unauslöschlich liest die Einstellungen für einen Simulationslauf aus einer Datei namens control.txt in
Aktuelles Verzeichnis. Die Datei ist in Blöcke aufgeteilt, wobei jeder Block einen steuert
Besonderer Aspekt der Simulation. Blöcke können weitere Unterblöcke enthalten. Kommentare können
im C- oder C++-Stil angegeben werden. Wenn unauslöschlich ausgeführt wird, ohne dass eine Steuerdatei vorhanden ist, und
Beispieldatei erzeugt.

[TYP] tippe
Jede Steuerdatei muss mit a . beginnen TYP Block. Die möglichen Typen sind NUKLEOTID,
AMINOSÄUREund KODON.

[DIE EINSTELLUNGEN]
Dieser Block legt nicht wesentliche Benutzereinstellungen fest, z. B. Ausgabedateitypen und
Formate, Seeds für den Zufallszahlengenerator und ob detailliert ausgegeben werden soll
Berichten.

[MODELL] Modellname
Dieser Block startet ein neues evolutionäres Modell, das für die Simulation verwendet wird. Die
bestimmte Parameter einschließlich Substitutionsmodelle, Indel-Raten und Codon-Site
Modelle werden über Untermodelle gesteuert. Modellname kann ein beliebiger Name Ihrer Wahl sein.

[BAUM] Baumname Newick
Dieser Block wird verwendet, um einen Leitbaum mit dem angegebenen Namen anzugeben Baumname.
Evolutionäre Abstände werden als Astlängen für den Baum in . dargestellt NEUICK
Format.

[GEÄST]
Mit diesen Blöcken werden instationäre und inhomogene Prozesse simuliert.
Auf verschiedenen Zweigen des Leitbaums können unterschiedliche Modelle angegeben werden, so dass
Zweige haben unterschiedliche Substitutionsmodelle, Indel-Längenverteilung, Rate
Heterogenität, Basenzusammensetzung etc.

[PARTITIONEN] Partitionsname
Bei jedem Lauf können mehrere Sequenzpartitionen simuliert werden. Für jede Partition
der Leitbaum, das Evolutionsmodell und die Sequenzlänge müssen angegeben werden.

[SICH ENTWICKELN]
Innerhalb dieses Blocks können mehrere Repliken einer Partition erzeugt werden.

COPYRIGHT


Copyright © 2010 William Fletcher Lizenz GPLv3+: GNU GPL Version 3 oder höher.
Dies ist freie Software: Es steht Ihnen frei, sie zu ändern und weiterzugeben. Es gibt KEINE GARANTIE,
soweit gesetzlich zulässig. Den vollständigen Lizenztext finden Sie unter
<http://gnu.org/licenses/gpl.html>.

Danksagung


William Fletcher und Ziheng Yang (2009). INDELible: Ein flexibler Simulator biologischer
Sequenzentwicklung, Molekular- Biologie und Evolution 26(8): 1879-1888.

Verwenden Sie unauslöschliche Online-Dienste mit den onworks.net-Diensten


Ad


Ad