meryl – Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

Meryl – Zählung und Versorgung von Kilometern innerhalb und außerhalb des Kerngebiets

ZUSAMMENFASSUNG

für eine Erinnerung Anforderungen
Meryl -P -m kmersize [-c #] [-p] -s seq.fasta

Meryl -P -m kmersize [-c #] [-p] -n Mercount

Building a Tabelle
Meryl -B -m kmersize [-c #] [-p] [-v] [-f|-r|-C] [-L Kleinigkeit] [-U maximale Vorkommen]
[-fäden n | {-Segmente Segmente | -Erinnerung Megabyte} [-configbatch [-sge Berufsbezeichnung]]]
-s seq.fasta -o tblprefix

Meryl -countbatch Anzahl [-sgebuild "qsuboptionstring"] -o tblprefix

Meryl -mergebatch Anzahl [-sgemerge "qsuboptionstring"] -o tblprefix

Durchführen Geschäftstätigkeit on a Tabelle
Meryl -M Betrieb [-v] -s tblprefix [-s tblprefix2 ...] -o Ausgabe

Dumping a Tabelle
Meryl -Dh -s tblprefix

Meryl -Dt -n Mincount -s tblprefix

BESCHREIBUNG

Meryl berechnet den kmer-Gehalt genomischer Sequenzen. Kmer-Inhalte werden als dargestellt
Liste der kmer und die Häufigkeit, mit der sie jeweils in den Eingabesequenzen vorkommen. Der kmer kann sein
beschränkt auf nur den Vorwärts-kmer, nur den Rückwärts-kmer oder den kanonischen kmer
(lexikografisch kleiner als der Vorwärts- und Rückwärts-kmer an jedem Standort). Meryl kann
Melden Sie das Histogramm der Zählungen, die Liste der kmer und deren Zählungen oder führen Sie sie durch
mathematische und Mengenoperationen an den verarbeiteten Datendateien.

Die Ausgabe von Meryl besteht aus zwei Binärdateien, einer sogenannten Meryl-Datenbank, die schnell sein kann
ausgegeben, um ein Histogramm der Zählungen oder die tatsächlichen Zählungen bereitzustellen. Eine C++-Bibliothek wird mitgeliefert
für den direkten Zugriff auf die Dateien.

OPTIONAL

-P Schätzen Sie den Speicherbedarf. Gegeben sei eine Sequenzdatei (-s) oder eine Obergrenze für die
Anzahl der Mers in der Datei (-n), berechnen Sie die Tabellengröße (-t im Build) zu minimieren
die Speichernutzung. Dieser Modus erkennt die folgenden Optionen:

-m # Größe eines Mer (erforderlich)

-c # Homopolymerverdichtung (optional)

-p Positionen aktivieren

-s seq.fasta
Zu scannende Sequenzdatei, um die Anzahl der Mers zu bestimmen

-n # Berechnen Sie die Parameter unter der Annahme, dass eine Datei so viele Mers enthält

Nur einer von -s, -n müssen angegeben werden. Wenn beides gegeben ist, -s hat Priorität.

-B Berechnen Sie die Mer-Count-Tabellen anhand einer Sequenzdatei (-s) und viele Parameter. Von
Standardmäßig werden beide Stränge verarbeitet.

-f Nur für den Vorwärtsstrang bauen

-r Nur für den umgekehrten Strang bauen

-C Verwenden Sie kanonische MERS (setzt beide Stränge voraus)

-L # Speichern Sie KEINE Mers, die weniger als # Mal vorkommen

-U # Speichern Sie KEINE Mers, die mehr als # Mal vorkommen

-m # Größe eines Mer (erforderlich)

-c # Homopolymerverdichtung (optional)

-p Positionen aktivieren

-s seq.fasta
Sequenz, für die die Tabelle erstellt werden soll

-o tblprefix
Präfix der Ausgabetabelle

-v den Benutzer unterhalten

Das Meryl Der Prozess kann in einem großen Speicherstapel oder in vielen kleinen Speicherstapeln ausgeführt werden.
oder unter SGE-Kontrolle, alle mit oder ohne Verwendung mehrerer CPU-Kerne. Standardmäßig,
Die Berechnung erfolgt als ein großer sequenzieller Prozess. Multithread-Betrieb
ist mit zusätzlichem Speicheraufwand möglich, ebenso wie der segmentierte Betrieb mit zusätzlichem
I/O-Kosten.

Threaded Betrieb
Teilen Sie die Zählung in n nahezu gleich große Stücke auf. Dies erfordert ein Extra
h MB (von -P) pro Thread.

-fäden n
- n Threads zum Erstellen

Segmentiert, sequenziell Betrieb
Teilen Sie die Zählung in Teile auf, die in nicht mehr als m MB passen
Speicher, oder in n gleich große Stücke. Jedes Stück wird nacheinander berechnet.
und die Ergebnisse werden am Ende zusammengeführt. Nur einer von -Erinnerung und -Segmente is
Installation!

-Erinnerung m
höchstens verwenden m MB Speicher pro Segment

-Segmente n
- n Segmente

Segmentiert, gestapelt Betrieb
Identisch mit sequentiell, mit der Ausnahme, dass jedes Segment manuell ausgeführt werden kann
parallel zu. Nur einer von -Erinnerung und -Segmente wird gebraucht. Siehe auch die
BEISPIEL Abschnitt auf dieser Seite.

-Erinnerung m
höchstens verwenden m MB Speicher pro Segment

-Segmente n
- n Segmente

-configbatch
Erstellen Sie die Chargen

-countbatch n
Chargennummer ausführen n

-mergebatch
die Chargen zusammenführen

Der Batch-Modus kann im Raster ausgeführt werden.

-sge Berufsbezeichnung
eindeutiger Jobname für diese Ausführung. Meryl wird Jobs mit Namen einreichen
mpBerufsbezeichnung, ncBerufsbezeichnung, NBerufsbezeichnung, für Phasen vorbereiten, zählen und zusammenführen.

-sgebuild "Optionen"

-sgemerge "Optionen"
alle zusätzlichen Optionen zu qsub(1) (z. B. „-p -153 -Sport Faden 2 -A
merylaccount") NB - -N wird ignoriert. Bitte zitieren Sie unbedingt die
Optionen

-M Führen Sie anhand einer Liste von Tabellen eine mathematische, logische oder Schwellenwertoperation durch. Es sei denn
Wenn angegeben, nehmen alle Operationen eine beliebige Anzahl von Datenbanken in Anspruch. Mathematische Operationen sind:

Min. count ist die Mindestanzahl für alle Datenbanken. Wenn das Mer NICHT existiert in
Bei allen Datenbanken hat das Mer einen Nullzähler und ist NICHT in der Ausgabe enthalten.

Mine existiert
count ist die Mindestanzahl für alle Datenbanken, die das Mer enthalten

max count ist die maximale Anzahl für alle Datenbanken

hinzufügen count ist die Summe der Zählungen für alle Datenbanken

unten count ist der erste minus der zweite (nur binär)

abs count ist der absolute Wert des ersten minus dem zweiten (nur binär)

Logische Operationen sind:

und gibt mer aus, wenn es in allen Datenbanken vorhanden ist

Und gibt mer aus, wenn es in mindestens einer, aber nicht allen Datenbanken vorhanden ist

or gibt mer aus, wenn es in mindestens einer Datenbank vorhanden ist

xor gibt mer aus, wenn es in einer ungeraden Anzahl von Datenbanken vorhanden ist

Schwellenwertoperationen sind:

weniger als x
gibt mer aus, wenn die Anzahl < x ist

weniger als oder gleich x
gibt mer aus, wenn die Anzahl <= x ist

größer als x
gibt mer aus, wenn die Anzahl > x ist

größer als oder gleich x
gibt mer aus, wenn die Anzahl >= x ist

gleich x
gibt mer aus, wenn es count == x hat

Schwellenwertoperationen funktionieren auf genau einer Datenbank.

-s tblprefix
- tblprefix als Datenbank

-o tblprefix
Erstellen Sie diese Ausgabe

-v den Benutzer unterhalten

-D Dump-Tabelle (nicht alle davon funktionieren)

-DD Erstellen Sie ein Histogramm des Abstands zwischen denselben Mers.

-Dt Dumper >= ein Schwellenwert. Verwenden -n um den Schwellenwert festzulegen.

-Dc Zählen Sie die Anzahl der Mers, der verschiedenen Mers und der einzigartigen Mers.

-Dh Geben Sie ein Histogramm der Mer-Zählungen aus (auf die Standardausgabe).

-s Lesen Sie hier die Zähltabelle (lassen Sie die .mcdat- oder .mcidx-Datei weg).

BEISPIEL

Stapel Schaffung of a Tabelle
Initialisieren Sie die Berechnung mit -configbatch, das alle Build-Optionen benötigt. Alles ausführen
-countbatch Jobs also -mergebatch zu vervollständigen.

Meryl -configbatch -B [Optionen] -o Datei
Meryl -countbatch 0 -o Datei
Meryl -countbatch 1 -o Datei
...
Meryl -countbatch N -o Datei
Meryl -mergebatch N -o Datei

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