mipe2dbSTS - Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

mipe2dbSTS.pl - Erzeugt eine Eingabedatei für die Übermittlung an dbSTS
in der Ausgabe enthalten: STS-Abschnitt der dbSTS-Einreichung
basierend auf MIPE-Version v1.1
Argumente: * mipe_file
* Konfigurationsdatei
* (optional) Liste der PCR-IDs

Die Konfigurationsdatei besteht aus Zeilen mit einem Schlüssel und einem Wert, getrennt durch ein Gleichheitszeichen ('=').
Der Schlüssel besteht aus dem Namen der NCBI-Einreichungsdatei in Kleinbuchstaben (siehe Website dbSTS), gefolgt von
einen Unterstrich und den Namen des Felds in Kleinbuchstaben in dieser Datei.
Die folgenden Felder sollten in der Konfigurationsdatei definiert werden:
pub_title=
pub_authors=
Quellenname=
Quelle_Organismus=
cont_name=
cont_fax=
cont_tel=
cont_email=
cont_lab=
cont_inst=
cont_addr=
Protokollname=
protocol_protokoll=
Puffername=
Puffer_Puffer=
sts_pcr_profile=
Für protocol_protocol, buffer_buffer und sts_pcr_profile sind weitere Zeilen notwendig (siehe Beispiel).

Ein Beispiel für eine Konfigurationsdatei sieht so aus:
pub_title=Genetische Kartierung von Hühner-SNPs
pub_authors=Aerts,JA; Veenendaal, T.; Crooijmans, RPMA; Grönen,MAM
source_name=Huhn genomische DNA
source_organism=Gallus gallus
cont_name=Jan Aerts
cont_fax=+31 317 483929
cont_tel=+31 317 483397
cont_email=[E-Mail geschützt]
cont_lab=Gruppe Tierzucht und Genomik
cont_inst=Hochschule Wageningen
cont_addr=Postfach 338, 6700 AH Wageningen, Niederlande
protocol_name=Protokoll_Aerts
protocol_protocol=Vorlage: 30-60 ng
protocol_protocol=Primer: je 4 µM
protocol_protocol=dNTPs: je 200 µM
protocol_protocol=Taq: 0.3 Einheiten
protocol_protocol=Volumen: 12 ul
buffer_name=Puffer_Aerts
Puffer_Puffer=MgCl2: 1.5 mM
Puffer_Puffer=(NH4)2SO4: 20 mM
buffer_buffer = Tris-HCl: 75 mM
buffer_buffer=Tween 20: 0.01% (w/v)
Puffer_Puffer=pH: 8.8

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