mkdssp – Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

mkdssp - Sekundärstruktur für Proteine ​​in einer PDB-Datei berechnen

ZUSAMMENFASSUNG

mkdssp [OPTION] pdbfile [dsspfile]

BESCHREIBUNG

Das mkdssp Programm wurde ursprünglich von Wolfgang Kabsch und Chris Sander entworfen, um
Standardisierung der Sekundärstrukturzuordnung. DSSP ist eine Datenbank mit sekundärer Struktur
Zuordnungen (und vieles mehr) für alle Proteineinträge in der Proteindatenbank (PDB) und
mkdssp ist die Anwendung, die die DSSP-Einträge aus PDB-Einträgen berechnet. bitte beachten Sie
zur Verbesserung der Gesundheitsgerechtigkeit mkdssp die nicht vorhersagen sekundäre Struktur.

OPTIONAL

Wenn du rufst mkdssp mit nur einem Parameter wird es als PDB-Datei interpretiert, um
Prozess und Ausgabe werden an stdout gesendet. Wenn ein zweiter Parameter angegeben wird, ist dies
als Name der zu erstellenden DSSP-Datei interpretiert. Sowohl die Eingabe- als auch die Ausgabedatei
Namen können entweder .gz oder .bz2 als Erweiterung haben, was zur richtigen Komprimierung führt.

-i, --Eingang Dateinamen
Der Dateiname von a PDB formatierte Datei mit den Proteinstrukturdaten. Dies
Datei kann eine mit gzip oder bzip2 komprimierte Datei sein.

-o, --Ausgabe Dateinamen
Der Dateiname von a DSSP Datei zu erstellen. Wenn der Dateiname auf .gz oder .bz2 endet a
komprimierte Datei erstellt.

-v, - ausführlich
Schreiben Sie Diagnoseinformationen auf.

--Version
Drucken Sie die Versionsnummer und beenden Sie.

-h, --help
Drucken Sie die Hilfenachricht und beenden Sie das Programm. Das Verzeichnis mit den Parser-Skripten für
Frau.

THEORIE

Das DSSP-Programm berechnet die wahrscheinlichste gegebene Sekundärstrukturzuordnung
die 3D-Struktur eines Proteins. Es tut dies, indem es die Position der Atome in a . liest
Protein (die ATOM-Aufzeichnungen in einer PDB-Datei) gefolgt von der Berechnung der H-Brücken-Energie
zwischen allen Atomen. Die besten zwei H-Brücken für jedes Atom werden dann verwendet, um die meisten zu bestimmen
wahrscheinliche Klasse der Sekundärstruktur für jeden Rest im Protein.

Dies bedeutet, dass Sie eine vollständige und gültige 3D-Struktur benötigen, damit ein Protein in der Lage ist,
Berechnen Sie die Sekundärstruktur. Es gibt keine Magie in DSSP, also kann es zB nicht erraten
Sekundärstruktur für ein mutiertes Protein, für das Sie die 3D-Struktur nicht haben.

DSSP FILE FORMAT

Der Header-Teil jeder DSSP-Datei ist selbsterklärend, er enthält einige der Informationen
aus der PDB-Datei kopiert und es werden einige Statistiken während der Berechnung der
sekundäre Struktur.

Die zweite Hälfte der Datei enthält die berechneten Sekundärstrukturinformationen pro
Rückstand. Was folgt, ist eine kurze Erklärung für jede Spalte.

Kolonne Name und Vorname Beschreibung
────────────────────────────────────────────────── ─────────────────────────────────────────
# Die von mkdssp gezählte Restzahl
RESIDUE Die Rückstandsnummer wie in der PDB-Datei angegeben
gefolgt von einer Kettenkennung.

AA Der Ein-Buchstaben-Code für die Aminosäure. Wenn das
Buchstabe ist klein, dies bedeutet, dass dies a . ist
Cystein, das mit dem . eine Schwefelbrücke bildet
andere Aminosäure in dieser Spalte mit der gleichen
Kleinbuchstabe.
STRUKTUR Dies ist eine komplexe Spalte mit mehreren Unter
Säulen. Die erste Spalte enthält einen Buchstaben
Angabe der zugeordneten Sekundärstruktur
dieser Rückstand. Gültige Werte sind:
Code Beschreibung
H-Alpha-Helix
B Beta-Brücke
E-Strang
G-Helix-3
Ich Helix-5
T abbiegen
S-Bend
Was folgt, sind drei Spalten, die für
jeder der drei Helixtypen (3, 4 und 5)
ob dieser Rest ein Kandidat für die Bildung ist
diese Spirale. EIN > Zeichen zeigt an, dass es beginnt a
Helix, eine Zahl zeigt an, dass sie sich im Inneren befindet, z
helix und a < Zeichen bedeutet, dass es die Helix beendet.
Die nächste Spalte enthält ein S-Zeichen, wenn dies
Rückstände sind eine mögliche Biegung.
Dann gibt es eine Spalte, die die Chiralität anzeigt
und das kann entweder positiv oder negativ sein
(dh die Alpha-Torsion ist entweder positiv oder
Negativ).
Die letzten beiden Spalten enthalten Beta-Bridge-Labels.
Kleinbuchstabe bedeutet hier Parallelbrücke und somit
Großbuchstaben bedeutet antiparallel.
BP1 und BP2 Der erste und zweite Brückenpaarkandidat, dieser
gefolgt von einem Buchstaben, der das Blatt angibt.
ACC Die Zugänglichkeit dieses Rückstands, das ist der
Oberfläche ausgedrückt in Quadrat-Ångström, die
kann durch ein Wassermolekül erreicht werden.
NH-->O..O-->HN Vier Spalten, sie geben für jeden Rest die
H-Brücken-Energie mit einem anderen Rest, wobei die
der aktuelle Rest ist entweder Akzeptor oder Donor.
Jede Spalte enthält zwei Zahlen, die erste ist
ein Offset vom aktuellen Rest zum
Partnerrest in dieser H-Brücke (in DSSP
Nummerierung), die zweite Zahl ist die berechnete
Energie für diese H-Brücke.
TCO Der Kosinus des Winkels zwischen C=O des
aktueller Rest und C=O des vorherigen Rests. Zum
Alpha-Helices, TCO liegt nahe +1, für Beta-Sheets
Die Gesamtbetriebskosten liegen nahe -1. Nicht für Struktur verwendet
Definition.
Kappa Der virtuelle Bindungswinkel (Biegewinkel) definiert durch
die drei C-alpha-Atome des Reststroms
- 2, aktuell und aktuell + 2. Wird verwendet, um zu definieren
biegen (Strukturcode 'S').
PHI- und PSI-IUPAC-Peptid-Rückgrat-Torsionswinkel.
X-CA, Y-CA und Z-CA Die C-Alpha-Koordinaten

GESCHICHTE

Die ursprüngliche DSSP-Anwendung wurde von Wolfgang Kabsch und Chris Sander in Pascal geschrieben.
Diese Version ist eine komplette Neufassung in C++ basierend auf dem ursprünglichen Quellcode. Ein paar Fehler
wurden seitdem behoben und die Algorithmen wurden hier und da optimiert.

ALLES

Der Code braucht dringend ein Update. Das erste, was umgesetzt werden muss, ist die
verbesserte Erkennung von Pi-Helices. Eine zweite Verbesserung wäre die Verwendung von winkelabhängigen
Berechnung der H-Brücken-Energie.

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