Dies ist der Befehl plast, der im kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, Windows Online-Emulator oder MAC OS Online-Emulator ausgeführt werden kann.
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
plast - Suchtool für parallele lokale Sequenzausrichtung
BESCHREIBUNG
2.3.1
- Erstellungsdatum: 2016-02-09 09:47:45 - Betriebssystem: Linux-4.3.0-1-amd64 - Compiler: /usr/bin/cc
(5.3.1) - Host-CPU: 4 Kerne verfügbar
[*] kennzeichnet ein obligatorisches Argument.
-p [*]:
Programmname [plastp, tplastn, plastx, tplastx oder plastn]
-d [*]:
Betreff-Datenbankdatei
-i [*]:
Datenbankdatei abfragen
-o : PLAST-Bericht-Ausgabedatei
-e : Erwartungswert
-n : Größe der Nachbarschaft, die eine lückenlose Erweiterung durchführt
-s : Ungapped-Schwellenwert löst eine kleine Gapped-Erweiterung aus
-g : Schwellenwert für kleine Lückenerweiterung
-b : Bandbreite für kleine Lückenerweiterung
-a : Anzahl der zu verwendenden Prozessoren
-G : Kosten für das Öffnen einer Lücke
-E : Kosten für die Erweiterung einer Lücke
-xdrop-ungap :
X Dropoff-Wert für lückenlose Ausrichtung (in Bits) (Null bewirkt Standardverhalten 20
Bits)
-X : X-Abfallwert für die lückenhafte Ausrichtung (in Bits) (Null bewirkt Standardverhalten)
-Z : X-Dropoff-Wert für die endgültige Gapped-Ausrichtung in Bits (0.0 ruft das Standardverhalten auf)
-index-Schwellenwert :
Indexschwelle zur Berechnung der Ähnlichkeit zwischen Nachbarn
-F : Filterabfragesequenz
-M : Punktematrix (BLOSUM62 oder BLOSUM50)
-Strand :
Stränge für Plastn: „plus“, „minus“ oder „beides“ (Standard)
-r : Belohnung für eine Nukleotidübereinstimmung (Plastn)
-q : Strafe für eine Nukleotidfehlpaarung (Plastn)
-Force-Abfragereihenfolge :
Erzwingt die Reihenfolge der Abfragen in der Ausgabedatei.
-max-Datenbankgröße :
Maximal zulässige Größe (in Bytes) für eine Datenbank. Wenn sie größer ist, ist die Datenbank segmentiert.
-max-Treffer pro Abfrage :
Maximale Treffer pro Abfrage. Der Wert 0 gibt alle Treffer aus (Standard)
-max-hsp-pro-Treffer :
Maximale Ausrichtungen pro Treffer. Der Wert 0 gibt alle Treffer aus (Standard)
-outfmt :
Ausgabeformat: 1 für tabellarisch (Standard), 2 für erweitert tubuliert, 4 für NCBI
Explosionsartig.
-strands-list :
Liste der Stränge (z. B. „1,2,6“), die bei der Verwendung von Algorithmen mit Nukleotiden verwendet werden sollen
Datenbanken.
-optim-Codon-Stop :
Größe des erlaubten Bereichs zwischen dem letzten ungültigen Zeichen und dem nächsten Stopp
Codon
-Fabrik-Dispatcher :
Fabrik, die den Dispatcher erstellt.
-Fabrik-Statistiken :
Fabrik, die einen Statistik-Builder erstellt.
-Fabrik-Indexierung :
Fabrik, die einen Indexierungs-Builder erstellt.
-Fabrik-Hit-Ungap :
Fabrik, die den Ungap-Hits-Iterator erstellt.
-Fabrik-Hit-Smallgap :
Fabrik, die kleine Lücken erstellt, trifft auf Iterator.
-Fabrik-Hit-Fullgap :
Fabrik, die einen vollständigen Lückentreffer-Iterator erstellt.
-Fabrik-Hit-Komposition :
Factory, die eine Komposition erstellt, trifft auf Iterator.
-Fabrik-Lückenergebnis :
Fabrik, die Lückenausrichtungen erzeugt.
-Fabrik-Ungap-Ergebnis :
Fabrik, die das Ergebnis lückenloser Ausrichtungen erstellt.
-Splitter :
Fabrik, die einen Ausrichtungssplitter erstellt. Zeichenfolge: „normal“ oder „banded“ (Standard)
-optim-filter-ungap :
Optimierung, die durch Ungap-Ausrichtungen herausfiltert.
-Balkendiagramm :
Zeigen Sie während der Ausführung einen Fortschrittsbalken an.
-Balkendiagrammgröße :
Anzahl der Zeichen des Balkendiagramms.
-Progressionsdatei :
Speichern Sie den aktuellen Ausführungsprozentsatz in einer Datei.
-verbose :
Informationen während der Ausführung des Algorithmus anzeigen.
- vollständige Statistiken :
Statistiken zum Dump-Algorithmus.
-Statistiken :
Allgemeine Statistiken ausgeben.
-Statistiken-fmt :
Format der Statistiken: „raw“ (Standard) oder „xml“
-stats-auto :
Automatische Erstellung von Statistikdateien
-Ausrichtungsfortschritt :
Speichern Sie die während des Algorithmus wachsende Anzahl von Ungap/Ungap-Ausrichtungen in einer Datei.
-Ressourcen-Fortschritt :
Während des Algorithmus Informationen zu Ressourcen in eine Datei schreiben.
-plastrc :
Pfadname der Plast-Konfigurationsdatei.
-xmlfilter :
URI einer XML-Filterdatei.
-Samen-Nutzungsverhältnis :
Verhältnis der zu verwendenden Samen.
-Seeds-Index-Filter :
Für den Indexierungsfilter zu verwendende Seed-Länge.
-complete-subject-database-stats-file :
Dateipfad zu den Statistiken der kompletten Fachdatenbank
-W : Größe der Samen
-h : Hilfe
Zitieren von PLAST: Nguyen VH, Lavenier D. (2009) PLAST: parallel local alignment search tool
zum Datenbankvergleich. BMC Bioinformatics, Bd. 10, Nr. 329.
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