Dies ist der Befehl positionDB, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
positionDB – Verwaltung von posDB-Dateien
ZUSAMMENFASSUNG
positionDB [-mersize k] [-merskip k] [-verwenden a-b,c] [-merbegin b] [-merend e] -Reihenfolge
s.fasta -Ausgang p.posDB
positionDB -Dump Datendatei
positionDB -test1 Sequenz.fasta
positionDB -test2 db.fasta Sequenz.fasta
OPTIONAL
zum an Image
-mersize k
Die Größe der Mers, Standard = 20.
-merskip k
Der Sprung zwischen Mers, Standard = 0
-verwenden a-b,c
Geben Sie an, welche Sequenzen verwendet werden sollen, Standard=alle
-merbegin b
Bauen Sie auf einer Teilmenge der Mers auf, beginnend bei Mer #b, Standard = alle Mers
-merend e
Bauen Sie auf einer Teilmenge der Mers auf und enden Sie bei Mer #e, Standard = alle Mers
-Reihenfolge s.fasta
Eingabesequenzen.
-Ausgang p.posDB
Name der Ausgabedatei.
Dumping Information Über mich an Image
-Dump datafile.posDB
Laufen geistige Gesundheit Tests
-test1 Sequenz.fasta
Testet, ob jedes einzelne Mer im gefunden wird positionDB. Meldet, wenn es nicht gefunden wird
a mer an der richtigen Position. Meldet nicht, wenn die Tabelle zu viel Material enthält.
-test2 db.fasta Sequenz.fasta
Baut ein positionDB von db.fasta, durchsucht dann die Tabelle nach jedem Mer in
Sequenz.fasta. Meldet alle gefundenen Mers.
Das ist ein alberner Test und Sie sollten ihn nicht machen.
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