Dies ist der Befehl tantan, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
Tantan – Tandem-Wiederholungsmaskierer mit geringer Komplexität für Biosequenzen
ZUSAMMENFASSUNG
Tantal [Optionen] Fasta-Sequenzdatei(en)
BESCHREIBUNG
Finden Sie einfache Wiederholungen in Sequenzen
Optionen (Standard Einstellungen):
-p interpretieren die Sequenzen als Proteine
-x Buchstabe, der anstelle von Kleinbuchstaben zum Maskieren verwendet werden soll
-c Groß-/Kleinschreibung in nicht maskierten Bereichen beibehalten
-m Datei für Buchstabenpaar-Scores (+1/-1, aber -p wählt BLOSUM62)
-r Wahrscheinlichkeit eines Wiederholungsstarts pro Position (0.005)
-e Wahrscheinlichkeit eines Wiederholungsendes pro Position (0.05)
-w maximal zu berücksichtigende Tandem-Wiederholungsperiode (100, aber -p wählt 50)
-d Wahrscheinlichkeitsabfall pro Periode (0.9)
-a Lückenexistenzkosten (0)
-b Kosten für Lückenerweiterung (unendlich: keine Lücken)
-s minimale Wiederholungswahrscheinlichkeit für Maskierung (0.5)
-f Ausgabetyp: 0=maskierte Sequenz, 1=Wiederholungswahrscheinlichkeiten,
2=Wiederholungszählungen, 3=BETT (0)
-h, --help
Hilfemeldung anzeigen und dann beenden
--Version
Versionsinformationen anzeigen und dann beenden
REPORTING Fehler
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Homepage: http://www.cbrc.jp/tantan/
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