Dies ist die Linux-App namens BLAST Ring Image Generator, deren neueste Version als BRIG-0.95-dist.zip heruntergeladen werden kann. Es kann online im kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks für Workstations ausgeführt werden.
Laden Sie diese App namens BLAST Ring Image Generator mit OnWorks kostenlos herunter und führen Sie sie online aus.
Befolgen Sie diese Anweisungen, um diese App auszuführen:
- 1. Diese Anwendung auf Ihren PC heruntergeladen.
- 2. Geben Sie in unserem Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX den gewünschten Benutzernamen ein.
- 3. Laden Sie diese Anwendung in einem solchen Dateimanager hoch.
- 4. Starten Sie den OnWorks Linux-Online- oder Windows-Online-Emulator oder den MACOS-Online-Emulator von dieser Website.
- 5. Rufen Sie vom gerade gestarteten OnWorks Linux-Betriebssystem aus unseren Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX mit dem gewünschten Benutzernamen auf.
- 6. Laden Sie die Anwendung herunter, installieren Sie sie und führen Sie sie aus.
SCREENSHOTS
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BLAST Ring-Bildgenerator
BESCHREIBUNG
BRIG ist eine plattformübergreifende (Windows/Mac/Unix) Anwendung, die zirkuläre Vergleiche zwischen einer großen Anzahl von Genomen anzeigen kann, wobei der Schwerpunkt auf der Verarbeitung von Genom-Assembly-Daten liegt.Bitte zitieren Sie das BRIG-Papier, wenn BRIG zur Generierung von Zahlen für Veröffentlichungen verwendet wird: NF Alikhan, NK Petty, NL Ben Zakour, SA Beatson (2011) BLAST Ring Image Generator (BRIG): simple prokaryote genome Comparisons, BMC Genomics, 12:402. PMID: 21824423
Eigenschaften
- Bilder zeigen Ähnlichkeit zwischen einer zentralen Referenzsequenz und anderen Sequenzen als konzentrische Ringe.
- BRIG führt alle BLAST-Vergleiche und Dateianalysen automatisch über eine einfache GUI durch.
- Contig-Grenzen und Read Coverage können für Draft-Genome angezeigt werden; benutzerdefinierte Grafiken und Anmerkungen können angezeigt werden.
- Unter Verwendung eines benutzerdefinierten Satzes von Genen als Eingabe kann BRIG das Vorhandensein, Fehlen, Verkürzen oder Sequenzvariieren von Genen in einem Satz vollständiger Genome, Entwurfsgenome oder sogar roher, unassemblierter Sequenzdaten anzeigen.
- BRIG akzeptiert auch SAM-formatierte Read-Mapping-Dateien, die es ermöglichen, genomische Regionen, die in unassemblierten Sequenzdaten aus mehreren Proben vorhanden sind, gleichzeitig zu vergleichen
Publikum
Wissenschaftsforschung
Programmiersprache
Javac
Dies ist eine Anwendung, die auch von https://sourceforge.net/projects/brig/ abgerufen werden kann. Es wurde in OnWorks gehostet, um auf einfachste Weise online von einem unserer kostenlosen Betriebssysteme ausgeführt zu werden.
