Dies ist die Linux-App namens lr2rmats, die unter Linux online ausgeführt werden soll, deren neueste Version als lr2rmats-v0.1-alpha.tar.gz heruntergeladen werden kann. Es kann online im kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks für Workstations ausgeführt werden.
Laden Sie diese App namens lr2rmats herunter und führen Sie sie online aus, um sie online mit OnWorks kostenlos unter Linux auszuführen.
Befolgen Sie diese Anweisungen, um diese App auszuführen:
- 1. Diese Anwendung auf Ihren PC heruntergeladen.
- 2. Geben Sie in unserem Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX den gewünschten Benutzernamen ein.
- 3. Laden Sie diese Anwendung in einem solchen Dateimanager hoch.
- 4. Starten Sie den OnWorks Linux-Online- oder Windows-Online-Emulator oder den MACOS-Online-Emulator von dieser Website.
- 5. Rufen Sie vom gerade gestarteten OnWorks Linux-Betriebssystem aus unseren Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX mit dem gewünschten Benutzernamen auf.
- 6. Laden Sie die Anwendung herunter, installieren Sie sie und führen Sie sie aus.
SCREENSHOTS
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lr2rmats zur Online-Ausführung unter Linux
BESCHREIBUNG
lr2rmats ist eine auf Snakemake basierende, leichtgewichtige Pipeline, die darauf ausgelegt ist, sowohl Long-Read-Daten der dritten Generation als auch Short-Read-RNA-Seq-Daten der zweiten Generation zu verwenden, um eine erweiterte Gen-Annotationsdatei zu generieren. Die neu generierte Anmerkungsdatei könnte rMATS für die differentielle alternative Spleißanalyse zur Verfügung gestellt werden.Weitere Informationen finden Sie unter https://sourceforge.net/p/lr2rmats/wiki/Home/
Eigenschaften
- Lange gelesen
- RNA-seq
- Alternatives Spleißen
- Pacific Biosciences
- Oxford Nanopore-Technologien
Publikum
Wissenschaftsforschung
Benutzeroberfläche
Befehlszeile
Programmiersprache
Unix-Shell, Python, C
Dies ist eine Anwendung, die auch von https://sourceforge.net/projects/lr2rmats/ abgerufen werden kann. Es wurde in OnWorks gehostet, um auf einfachste Weise online von einem unserer kostenlosen Betriebssysteme ausgeführt zu werden.
