Dies ist die Linux-App mit dem Namen miRDP2 zur Ausführung unter Linux online, deren neueste Version als miRDP2-v1.1.4.tar.gz heruntergeladen werden kann. Es kann online beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks für Workstations ausgeführt werden.
Laden Sie diese App namens miRDP2 herunter und führen Sie sie online aus, um sie unter Linux online mit OnWorks kostenlos auszuführen.
Befolgen Sie diese Anweisungen, um diese App auszuführen:
- 1. Diese Anwendung auf Ihren PC heruntergeladen.
- 2. Geben Sie in unserem Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX den gewünschten Benutzernamen ein.
- 3. Laden Sie diese Anwendung in einem solchen Dateimanager hoch.
- 4. Starten Sie den OnWorks Linux-Online- oder Windows-Online-Emulator oder den MACOS-Online-Emulator von dieser Website.
- 5. Rufen Sie vom gerade gestarteten OnWorks Linux-Betriebssystem aus unseren Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX mit dem gewünschten Benutzernamen auf.
- 6. Laden Sie die Anwendung herunter, installieren Sie sie und führen Sie sie aus.
miRDP2 soll unter Linux online ausgeführt werden
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BESCHREIBUNG
miRDeep-P2 (miRDP2) wurde entwickelt, um das Transkriptom von microRNAs (miRNAs) in Pflanzen genau und schnell zu analysieren. Es wird von miRDeep-P (miRDP) mit neuen Strategien und überarbeitetem Algorithmus übernommen. Wir haben miRDP2 getestet, um miRNA-Transkriptome in Pflanzen mit allmählich zunehmender Genomgröße wie Arabidopsis, Reis, Tomate, Mais und Weizen zu analysieren. Im Vergleich zu miRDeep-P und mehreren anderen Rechentools verarbeitete miRDP2 NGS-Daten mit höherer Geschwindigkeit. Durch die Einbeziehung neu aktualisierter pflanzlicher miRNA-Annotationskriterien wird auch die Genauigkeit von miRDP2 deutlich verbessert. Unsere Ergebnisse zeigen, dass miRDP2 ein schnelles und genaues Werkzeug zur Analyse des miRNA-Transkriptoms in Pflanzen ist.Referenz: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty972
Eigenschaften
- kleine RNA
- microRNA(miRNA)
- Sequenzierung der nächsten Generation (NGS)
- Perl
Publikum
Wissenschaftsforschung
Programmiersprache
Perl
Datenbankumgebung
Perl-DBI/DBD
Dies ist eine Anwendung, die auch von https://sourceforge.net/projects/mirdp2/ abgerufen werden kann. Es wurde in OnWorks gehostet, um es auf einfachste Weise online über eines unserer kostenlosen Betriebssysteme ausführen zu können.