Dies ist die Linux-App namens ParamIT, die unter Linux online ausgeführt werden kann und deren neueste Version als ParamITPack-1.0.tar.bz2 heruntergeladen werden kann. Es kann online im kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks für Workstations ausgeführt werden.
Laden Sie diese App namens ParamIT herunter und führen Sie sie online aus, um sie online mit OnWorks kostenlos unter Linux auszuführen.
Befolgen Sie diese Anweisungen, um diese App auszuführen:
- 1. Diese Anwendung auf Ihren PC heruntergeladen.
- 2. Geben Sie in unserem Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX den gewünschten Benutzernamen ein.
- 3. Laden Sie diese Anwendung in einem solchen Dateimanager hoch.
- 4. Starten Sie den OnWorks Linux-Online- oder Windows-Online-Emulator oder den MACOS-Online-Emulator von dieser Website.
- 5. Rufen Sie vom gerade gestarteten OnWorks Linux-Betriebssystem aus unseren Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX mit dem gewünschten Benutzernamen auf.
- 6. Laden Sie die Anwendung herunter, installieren Sie sie und führen Sie sie aus.
SCREENSHOTS
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ParamIT läuft unter Linux online
BESCHREIBUNG
ParamIT ist ein Toolkit, das die Entwicklung der molekularmechanischen Kraftfeldparametrisierung kleiner, widerstandsähnlicher Moleküle innerhalb des CHARMM General Force Field (CGenFF)-Protokolls unterstützt. Das entwickelte Toolkit hilft den Forschern auf folgende Weise: 1) Automatisierung der Erstellung mehrerer Eingabedateien für Quanten- und Molekularmechanikprogramme, 2) Automatisierung der Ausgabeanalyse und 3) Ersetzen der Verwendung vollständiger MM-Programme durch schnellere spezialisierte. Die entwickelten Werkzeuge umfassen: 1) Generator von Molekül-Wasser-Komplexen mit grafischer Benutzeroberfläche (GUI), 2) halbautomatische Frequenzanalyse unter Verwendung einer symbolischen Potentialenergieverteilungsmatrix und Vergleich optimierter interner Koordinaten, 3) GUI zur Ladungsanpassung mit drei Modi : manuell, Monte-Carlo-Sampling oder Brute-Force und 4) GUI für die Anpassung der Dieder-Terme. Die Verwendung dieser Tools verringert den Arbeitsaufwand, verringert manuelle Eingabefehler und reduziert die Zeit, die für die genaue MM-Parametrierung benötigt wird.Publikum
Wissenschaftsforschung
Benutzeroberfläche
Befehlszeile, Tk
Programmiersprache
C, Python
Dies ist eine Anwendung, die auch von https://sourceforge.net/projects/paramit/ abgerufen werden kann. Es wurde in OnWorks gehostet, um auf einfachste Weise online von einem unserer kostenlosen Betriebssysteme ausgeführt zu werden.
